Publications

Epidemiology and Demography

Neonatal mortality in Kenyan hospitals: a multisite, retrospective, cohort study.Irimu, G. Aluvaala, J. Malla, L. Omoke, S. Ogero, M. Mbevi, G. Waiyego, M. Mwangi, C. Were, F. Gathara, D. Agweyu, A. Akech, S. English, M. Clinical Information Network, authors
BMJ Glob Health, (2021). 6:

Comparative analysis of spatial-temporal patterns of human metapneumovirus and respiratory syncytial virus in Africa using genetic data, 2011-2014.Oketch, J. W. Kamau, E. Otieno, J. R. Mwema, A. Lewa, C. Isoe, E. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Virol J, (2021). 18:104

Proposal for Human Respiratory Syncytial Virus Nomenclature below the Species Level.Salimi, V. Viegas, M. Trento, A. Agoti, C. N. Anderson, L. J. Avadhanula, V. Bahl, J. Bont, L. Brister, J. R. Cane, P. A. Galiano, M. Graham, B. S. Hatcher, E. L. Hellferscee, O. Henke, D. M. Hirve, S. Jackson, S. Keyaerts, E. Kragten-Tabatabaie, L. Lindstrom, S. Nauwelaers, I. Nokes, D. J. Openshaw, P. J. Peret, T. C. Piedra, P. A. Ramaekers, K. Rector, A. Trovao, N. S. von Gottberg, A. Zambon, M. Zhang, W. Williams, T. C. Barr, I. G. Buchholz, U. J.
Emerg Infect Dis, (2021). 27:1-9

Prevalence and predictors of vitamin D deficiency in young African children.Mogire, R. M. Morovat, A. Muriuki, J. M. Mentzer, A. J. Webb, E. L. Kimita, W. Ndungu, F. M. Macharia, A. W. Cutland, C. L. Sirima, S. B. Diarra, A. Tiono, A. B. Lule, S. A. Madhi, S. A. Sandhu, M. S. Prentice, A. M. Bejon, P. Pettifor, J. M. Elliott, A. M. Adeyemo, A. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
BMC Med, (2021). 19:115

Prevalence and mortality of epilepsies with convulsive and non-convulsive seizures in Kilifi, Kenya.Kariuki, S. M. Ngugi, A. K. Kombe, M. Z. Kazungu, M. Chengo, E. Odhiambo, R. Nyaguara, A. Neville, B. G. Newton, C. R.
Seizure, (2021). 89:51-55

Point-of-care haemoglobin testing in African hospitals: a neglected essential diagnostic test.Uyoga, S. George, E. C. Bates, I. Olupot-Olupot, P. Chimalizeni, Y. Molyneux, E. M. Maitland, K.
Br J Haematol, (2021). 193:894-901

Transfusion management of severe anaemia in African children: a consensus algorithm.Maitland, K. Kiguli, S. Olupot-Olupot, P. Opoka, R. O. Chimalizeni, Y. Alaroker, F. Uyoga, S. Kyeyune-Byabazaire, D. M'Baya, B. Bates, I. Williams, T. N. Munube, D. Mbanya, D. Molyneux, E. M. South, A. Walker, A. S. Gibb, D. M. George, E. C. Tract Stakeholders meeting group
Br J Haematol, (2021). 193:1247-1259

Randomised controlled trial of oxygen therapy and high-flow nasal therapy in African children with pneumonia.Maitland, K. Kiguli, S. Olupot-Olupot, P. Hamaluba, M. Thomas, K. Alaroker, F. Opoka, R. O. Tagoola, A. Bandika, V. Mpoya, A. Mnjella, H. Nabawanuka, E. Okiror, W. Nakuya, M. Aromut, D. Engoru, C. Oguda, E. Williams, T. N. Fraser, J. F. Harrison, D. A. Rowan, K. Coast trial group
Intensive Care Med, (2021). 47:566-576

Near-Complete Genome Sequences of Eight Human Astroviruses Recovered from Diarrheal Stool Samples of Hospitalized Children in Coastal Kenya in 2019.Lambisia, A. W. Phan, M. V. T. de Laurent, Z. R. Cotten, M. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Microbiol Resour Announc, (2021). 10:

Changes in Invasive Pneumococcal Disease Caused by Streptococcus pneumoniae Serotype 1 Following Introduction of PCV10 and PCV13: Findings from the PSERENADE Project.Bennett, J. C. Hetrich, M. K. Garcia Quesada, M. Sinkevitch, J. N. Deloria Knoll, M. Feikin, D. R. Zeger, S. L. Kagucia, E. W. Cohen, A. L. Ampofo, K. Brandileone, M. C. Bruden, D. Camilli, R. Castilla, J. Chan, G. Cook, H. Cornick, J. E. Dagan, R. Dalby, T. Danis, K. de Miguel, S. De Wals, P. Desmet, S. Georgakopoulou, T. Gilkison, C. Grgic-Vitek, M. Hammitt, L. L. Hilty, M. Ho, P. L. Jayasinghe, S. Kellner, J. D. Kleynhans, J. Knol, M. J. Kozakova, J. Kristinsson, K. G. Ladhani, S. N. MacDonald, L. Mackenzie, G. A. Mad'arova, L. McGeer, A. Mereckiene, J. Morfeldt, E. Mungun, T. Munoz-Almagro, C. Nuorti, J. P. Paragi, M. Pilishvili, T. Puentes, R. Saha, S. K. Sahu Khan, A. Savrasova, L. Scott, J. A. Skoczynska, A. Suga, S. van der Linden, M. Verani, J. R. von Gottberg, A. Winje, B. A. Yildirim, I. Zerouali, K. Hayford, K. The Pserenade, Team
Microorganisms, (2021). 9:

Employing learning health system principles to advance research on severe neonatal and paediatric illness in Kenya.English, M. Irimu, G. Akech, S. Aluvaala, J. Ogero, M. Isaaka, L. Malla, L. Tuti, T. Gathara, D. Oliwa, J. Agweyu, A.
BMJ Glob Health, (2021). 6:

UK prevalence of underlying conditions which increase the risk of severe COVID-19 disease: a point prevalence study using electronic health records.Walker, J. L. Grint, D. J. Strongman, H. Eggo, R. M. Peppa, M. Minassian, C. Mansfield, K. E. Rentsch, C. T. Douglas, I. J. Mathur, R. Wong, A. Y. S. Quint, J. K. Andrews, N. Bernal, J. L. Scott, J. A. Ramsay, M. Smeeth, L. McDonald, H. I.
BMC Public Health, (2021). 21:484

Malaria is a cause of iron deficiency in African children.Muriuki, J. M. Mentzer, A. J. Mitchell, R. Webb, E. L. Etyang, A. O. Kyobutungi, C. Morovat, A. Kimita, W. Ndungu, F. M. Macharia, A. W. Ngetsa, C. J. Makale, J. Lule, S. A. Musani, S. K. Raffield, L. M. Cutland, C. L. Sirima, S. B. Diarra, A. Tiono, A. B. Fried, M. Gwamaka, M. Adu-Afarwuah, S. Wirth, J. P. Wegmuller, R. Madhi, S. A. Snow, R. W. Hill, A. V. S. Rockett, K. A. Sandhu, M. S. Kwiatkowski, D. P. Prentice, A. M. Byrd, K. A. Ndjebayi, A. Stewart, C. P. Engle-Stone, R. Green, T. J. Karakochuk, C. D. Suchdev, P. S. Bejon, P. Duffy, P. E. Davey Smith, G. Elliott, A. M. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
Nat Med, (2021). 27:653-658

Endemic chikungunya fever in Kenyan children: a prospective cohort study.Nyamwaya, D. K. Otiende, M. Omuoyo, D. O. Githinji, G. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. R. de Laurent Z Otieno, J. R. Sang, R. Kamau, E. Cheruiyot, S. Otieno, E. Agoti, C. N. Bejon, P. Thumbi, S. M. Warimwe, G. M.
BMC Infect Dis, (2021). 21:186

Respiratory syncytial virus in young children: community cohort study integrating serological surveys, questionnaire and electronic health records, Born in Bradford cohort, England, 2008 to 2013.Zylbersztejn, A. Pembrey, L. Goldstein, H. Berbers, G. Schepp, R. van der Klis, F. Sande, C. Mason, D. Wright, J. Smyth, R. Hardelid, P.
Euro Surveill, (2021). 26:

The importance of supplementary immunisation activities to prevent measles outbreaks during the COVID-19 pandemic in Kenya.Mburu, C. N. Ojal, J. Chebet, R. Akech, D. Karia, B. Tuju, J. Sigilai, A. Abbas, K. Jit, M. Funk, S. Smits, G. van Gageldonk, P. G. M. van der Klis, F. R. M. Tabu, C. Nokes, D. J. Lshtm Cmmid Covid- Working Group Scott, J. Flasche, S. Adetifa, I.
BMC Med, (2021). 19:35

Impact of mobile phone delivered reminders and unconditional incentives on measles-containing vaccine timeliness and coverage: a randomised controlled trial in western Kenya.Kagucia, E. W. Ochieng, B. Were, J. Hayford, K. Obor, D. O'Brien, K. L. Gibson, D. G.
BMJ Glob Health, (2021). 6:

The utility of Escherichia coli as a contamination indicator for rural drinking water: Evidence from whole genome sequencing.Nowicki, S. deLaurent, Z. R. de Villiers, E. P. Githinji, G. Charles, K. J.
PLoS One, (2021). 16:e0245910

Integrating epidemiological and genetic data with different sampling intensities into a dynamic model of respiratory syncytial virus transmission.Kombe, I. K. Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Baguelin, M. Nokes, D. J. Medley, G. F.
Sci Rep, (2021). 11:1463

Undernutrition: a major but potentially preventable cause of poor outcomes in children living with sickle cell disease in Africa.Williams, T. N.
BMC Med, (2021). 19:17