Publications

Epidemiology and Demography

Identifying the research, advocacy, policy and implementation needs for the prevention and management of respiratory syncytial virus lower respiratory tract infection in low- and middle-income countries.Carbonell-Estrany, X. Simoes, E. A. F. Bont, L. J. Gentile, A. Homaira, N. Scotta, M. C. Stein, R. T. Torres, J. P. Sheikh, J. Broor, S. Khuri-Bulos, N. Nokes, D. J. Munywoki, P. K. Bassat, Q. Sharma, A. K. Basnet, S. Garba, M. De Jesus-Cornejo, J. Lupisan, S. P. Nunes, M. C. Divarathna, M. Fullarton, J. R. Rodgers-Gray, B. S. Keary, I. Renosa, M. D. C. Verwey, C. Moore, D. P. Noordeen, F. Kabra, S. do Vale, M. S. Paternina-De La Ossa, R. Marino, C. Figueras-Aloy, J. Krilov, L. Berezin, E. Zar, H. J. Paudel, K. Safadi, M. A. P. Dbaibo, G. Jroundi, I. Jha, R. Rafeek, R. A. M. Pinheiro, R. S. Bracht, M. Muthugala, R. Lanari, M. Martinon-Torres, F. Mitchell, I. Irimu, G. Pandey, A. Krishnan, A. Mejias, A. da Costa, M. S. C. Shrestha, S. Pernica, J. M. de Carvalho, F. C. Jalango, R. E. Ibrahim, H. Ewa, A. Ensinck, G. Ulloa-Gutierrez, R. Miralha, A. L. Lucion, M. F. Hassan, M. Z. Akhtar, Z. Aleem, M. A. Chowdhury, F. Rojo, P. Sande, C. Musau, A. Zaman, K. Helena, L. Arlant, F. Ghimire, P. Price, A. Subedi, K. U. Brenes-Chacon, H. Goswami, D. R. Rahman, M. Z. Hossain, M. E. Chisti, M. J. Vain, N. E. Lim, A. Chiu, A. Papenburg, J. Juarez, M. D. V. Senaratne, T. Arunasalam, S. Strand, T. A. Ayuk, A. Ogunrinde, O. Tavares, L. V. S. Garba, C. Garba, B. I. Dawa, J. Gordon, M. Osoro, E. Agoti, C. N. Nyawanda, B. Ngama, M. Tabu, C. Mathew, J. L. Cornacchia, A. Rai, G. K. Jain, A. Giongo, M. S. Paes, B. A.
Front Pediatr, (2022). 10:1033125

The Childhood Acute Illness and Nutrition (CHAIN) network nested case-cohort study protocol: a multi-omics approach to understanding mortality among children in sub-Saharan Africa and South Asia.Njunge, J. M. Tickell, K. Diallo, A. H. Sayeem Bin Shahid, A. S. M. Gazi, M. A. Saleem, A. Kazi, Z. Ali, S. Tigoi, C. Mupere, E. Lancioni, C. L. Yoshioka, E. Chisti, M. J. Mburu, M. Ngari, M. Ngao, N. Gichuki, B. Omer, E. Gumbi, W. Singa, B. Bandsma, R. Ahmed, T. Voskuijl, W. Williams, T. N. Macharia, A. Makale, J. Mitchel, A. Williams, J. Gogain, J. Janjic, N. Mandal, R. Wishart, D. S. Wu, H. Xia, L. Routledge, M. Gong, Y. Y. Espinosa, C. Aghaeepour, N. Liu, J. Houpt, E. Lawley, T. D. Browne, H. Shao, Y. Rwigi, D. Kariuki, K. Kaburu, T. Uhlig, H. H. Gartner, L. Jones, K. Koulman, A. Walson, J. Berkley, J.
Gates Open Res, (2022). 6:77

Global disparities in SARS-CoV-2 genomic surveillance.Brito, A. F. Semenova, E. Dudas, G. Hassler, G. W. Kalinich, C. C. Kraemer, M. U. G. Ho, J. Tegally, H. Githinji, G. Agoti, C. N. Matkin, L. E. Whittaker, C. Bulgarian, Sars-CoV-sequencing group Communicable Diseases Genomics, Network Covid- Impact Project Danish Covid-19 Genome, Consortium Fiocruz, Covid-Genomic Surveillance Network Gisaid core curation team Network for Genomic Surveillance in South, Africa Swiss, Sars-CoV-Sequencing Consortium Howden, B. P. Sintchenko, V. Zuckerman, N. S. Mor, O. Blankenship, H. M. de Oliveira, T. Lin, R. T. P. Siqueira, M. M. Resende, P. C. Vasconcelos, A. T. R. Spilki, F. R. Aguiar, R. S. Alexiev, I. Ivanov, I. N. Philipova, I. Carrington, C. V. F. Sahadeo, N. S. D. Branda, B. Gurry, C. Maurer-Stroh, S. Naidoo, D. von Eije, K. J. Perkins, M. D. van Kerkhove, M. Hill, S. C. Sabino, E. C. Pybus, O. G. Dye, C. Bhatt, S. Flaxman, S. Suchard, M. A. Grubaugh, N. D. Baele, G. Faria, N. R.
Nat Commun, (2022). 13:7003

Seroprevalence, correlates and kinetics of SARS-CoV-2 nucleocapsid IgG antibody in healthcare workers and nonclinical staff at a tertiary hospital: A prevaccine census study.Maina, D. Omuse, G. Ong'ete, G. Mugaine, P. Sayed, S. Moloo, Z. Shah, R. Etyang, A. Adam, R.
PLoS One, (2022). 17:e0267619

Sero-surveillance for IgG to SARS-CoV-2 at antenatal care clinics in three Kenyan referral hospitals: Repeated cross-sectional surveys 2020-21.Lucinde, R. K. Mugo, D. Bottomley, C. Karani, A. Gardiner, E. Aziza, R. Gitonga, J. N. Karanja, H. Nyagwange, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Nzomo, E. Kamuri, E. Thuranira, K. Agunda, S. Nyutu, G. Etyang, A. O. Adetifa, I. M. O. Kagucia, E. Uyoga, S. Otiende, M. Otieno, E. Ndwiga, L. Agoti, C. N. Aman, R. A. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Nyaguara, A. Ng'ang'a, W. Ochola, L. B. Namdala, E. Gaunya, O. Okuku, R. Barasa, E. Bejon, P. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Warimwe, G. M. Agweyu, A. Scott, J. A. G. Gallagher, K. E.
PLoS One, (2022). 17:e0265478

Evaluation of Dried Blood and Cerebrospinal Fluid Filter Paper Spots for Storing and Transporting Clinical Material for the Molecular Diagnosis of Invasive Meningococcal Disease.Kwambana-Adams, B. A. Clark, S. A. Tay, N. Agbla, S. Chaguza, C. Kagucia, E. W. Borrow, R. Heyderman, R. S.
Int J Mol Sci, (2022). 23:

High false discovery rate of the Architect anti-HCV screening test in blood donors in Uganda and evaluation of an algorithm for confirmatory testing.Lucey, O. Acana, S. Olupot-Olupot, P. Muhindo, R. Ayikobua, R. Uyoga, S. Kyeyune-Byabazaire, D. Cooke, G. Maitland, K.
Vox Sang, (2022). 117:1360-1367

Revealing the extent of the first wave of the COVID-19 pandemic in Kenya based on serological and PCR-test data.Ojal, J. Brand, S. P. C. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Barasa, E. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:127

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.Tegally, H. San, J. E. Cotten, M. Moir, M. Tegomoh, B. Mboowa, G. Martin, D. P. Baxter, C. Lambisia, A. W. Diallo, A. Amoako, D. G. Diagne, M. M. Sisay, A. Zekri, A. N. Gueye, A. S. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sow, A. Musa, A. O. Sesay, A. K. Abias, A. G. Elzagheid, A. I. Lagare, A. Kemi, A. S. Abar, A. E. Johnson, A. A. Fowotade, A. Oluwapelumi, A. O. Amuri, A. A. Juru, A. Kandeil, A. Mostafa, A. Rebai, A. Sayed, A. Kazeem, A. Balde, A. Christoffels, A. Trotter, A. J. Campbell, A. Keita, A. K. Kone, A. Bouzid, A. Souissi, A. Agweyu, A. Naguib, A. Gutierrez, A. V. Nkeshimana, A. Page, A. J. Yadouleton, A. Vinze, A. Happi, A. N. Chouikha, A. Iranzadeh, A. Maharaj, A. Batchi-Bouyou, A. L. Ismail, A. Sylverken, A. A. Goba, A. Femi, A. Sijuwola, A. E. Marycelin, B. Salako, B. L. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Diarra, B. Herring, B. L. Tsofa, B. Lekana-Douki, B. Mvula, B. Njanpop-Lafourcade, B. M. Marondera, B. T. Khaireh, B. A. Kouriba, B. Adu, B. Pool, B. McInnis, B. Brook, C. Williamson, C. Nduwimana, C. Anscombe, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Mapanguy, C. M. Loucoubar, C. Onwuamah, C. K. Ihekweazu, C. Malaka, C. N. Peyrefitte, C. Grace, C. Omoruyi, C. E. Rafai, C. D. Morang'a, C. M. Erameh, C. Lule, D. B. Bridges, D. J. Mukadi-Bamuleka, D. Park, D. Rasmussen, D. A. Baker, D. Nokes, D. J. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Grant, D. S. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Wanjohi, D. W. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Abworo, E. O. Otieno, E. Shumba, E. Barasa, E. Ahmed, E. B. Ahmed, E. A. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Manuel, E. Leendertz, F. Taweh, F. M. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Takawira, F. T. Derrar, F. Ajogbasile, F. V. Treurnicht, F. Onikepe, F. Ntoumi, F. Muyembe, F. M. Ragomzingba, F. E. Z. Dratibi, F. A. Iyanu, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Akpede, G. O. van Zyl, G. U. Awandare, G. A. Kpeli, G. S. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Omunakwe, H. E. Onywera, H. Abe, H. Karray, H. Nansumba, H. Triki, H. Kadjo, H. A. A. Elgahzaly, H. Gumbo, H. Mathieu, H. Kavunga-Membo, H. Smeti, I. Olawoye, I. B. Adetifa, I. M. O. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Muhammad, I. A. Ssewanyana, I. Wurie, I. Konstantinus, I. S. Halatoko, J. W. A. Ayei, J. Sonoo, J. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Musyoki, J. Nkurunziza, J. Uwanibe, J. N. Bhiman, J. N. Yasuda, J. Morais, J. Kiconco, J. Sandi, J. D. Huddleston, J. Odoom, J. K. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Kayiwa, J. T. Okolie, J. C. Xavier, J. S. Gyamfi, J. Wamala, J. F. Bonney, J. H. K. Nyandwi, J. Everatt, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Oguzie, J. U. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. Mogga, J. J. H. O'Grady, J. Siddle, K. J. Victoir, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Carvalho, K. S. Mohammed, K. S. Dellagi, K. Musonda, K. G. Duedu, K. O. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Kepler, L. M. Biscornet, L. de Oliveira Martins, L. Chabuka, L. Olubayo, L. Ojok, L. D. Deng, L. L. Ochola-Oyier, L. I. Tyers, L. Mine, M. Ramuth, M. Mastouri, M. ElHefnawi, M. Mbanne, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Momoh, M. Lima Mendonca, M. D. L. Venter, M. Paye, M. F. Faye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. G. Owusu, M. Wiley, M. R. Tatfeng, M. Y. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Beloufa, M. A. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Matobo, M. M. Kane, M. Salou, M. Mbulawa, M. B. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Rujeni, N. Abuzaid, N. Ismael, N. Elguindy, N. Top, N. M. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Francisco, N. M. Saasa, N. Bbosa, N. Murunga, N. Gumede, N. Wolter, N. Sitharam, N. Ndodo, N. Ajayi, N. A. Tordo, N. Mbhele, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Mba, N. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Femi, O. Adewumi, O. M. Testimony, O. Ogunsanya, O. A. Fakayode, O. Ogah, O. E. Oludayo, O. E. Faye, O. Smith-Lawrence, P. Ondoa, P. Combe, P. Nabisubi, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Okokhere, P. O. Bejon, P. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Kaleebu, P. Abechi, P. El-Shesheny, R. Joseph, R. Aziz, R. K. Essomba, R. G. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Neto Rodrigues, Rmdesa Audu, R. A. Carr, R. A. A. Gargouri, S. Masmoudi, S. Bootsma, S. Sankhe, S. Mohamed, S. I. Femi, S. Mhalla, S. Hosch, S. Kassim, S. K. Metha, S. Trabelsi, S. Agwa, S. H. Mwangi, S. W. Doumbia, S. Makiala-Mandanda, S. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Ahmed, S. M. Elhamoumi, S. Moyo, S. Lutucuta, S. Gaseitsiwe, S. Jalloh, S. Andriamandimby, S. F. Oguntope, S. Grayo, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. van Wyk, S. Schaffner, S. F. Kanyerezi, S. Ahuka-Mundeke, S. Rudder, S. Pillay, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Velavan, T. P. Schindler, T. Maponga, T. G. Bedford, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. George, U. E. Enouf, V. Nene, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Karim, W. A. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Ahmed, Y. A. Ramphal, Y. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Africa Pathogen Genomics Initiative double, dagger Ouma, A. E. O. von Gottberg, A. Githinji, G. Moeti, M. Tomori, O. Sabeti, P. C. Sall, A. A. Oyola, S. O. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. de Oliveira, T. Happi, C. Lessells, R. Nkengasong, J. Wilkinson, E.
Science, (2022). 378:eabq5358

Substantial misdiagnosis of severe malaria in African children.White, N. J. Watson, J. A. Uyoga, S. Williams, T. N. Maitland, K. M.
Lancet, (2022). 400:807

A computational framework for modelling infectious disease policy based on age and household structure with applications to the COVID-19 pandemic.Hilton, J. Riley, H. Pellis, L. Aziza, R. Brand, S. P. C. K. Kombe I Ojal, J. Parisi, A. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Manson-Sawko, R. House, T.
PLoS Comput Biol, (2022). 18:e1010390

The significance of spleen size in children with sickle cell anemia.Nardo-Marino, A. Glenthoj, A. Brewin, J. N. Petersen, J. Braunstein, T. H. Kurtzhals, J. A. L. Williams, T. N. Rees, D. C.
Am J Hematol, (2022). 97:1520-1528

"We should be at the table together from the beginning": perspectives on partnership from stakeholders at four research institutions in sub-Saharan Africa.Voller, S. Chitalu, C. M. Nyondo-Mipando, A. L. Opobo, T. Bangirana, C. A. Thorogood, N. Schellenberg, J. Chi, P.
Int J Equity Health, (2022). 21:111

Differences in epidemiology of enteropathogens in children pre- and post-rotavirus vaccine introduction in Kilifi, coastal Kenya.Agoti, C. N. Curran, M. D. Murunga, N. Ngari, M. Muthumbi, E. Lambisia, A. W. Frost, S. D. W. Blacklaws, B. A. Nokes, D. J. Drumright, L. N.
Gut Pathog, (2022). 14:32

Epidemiological impact and cost-effectiveness analysis of COVID-19 vaccination in Kenya.Orangi, S. Ojal, J. Brand, S. P. Orlendo, C. Kairu, A. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Adetifa, I. M. Scott, J. A. G. Bejon, P. Keeling, M. J. Flasche, S. Nokes, D. J. Barasa, E.
BMJ Glob Health, (2022). 7:

BIRC6 modifies risk of invasive bacterial infection in Kenyan children.Gilchrist, J. J. Kariuki, S. N. Watson, J. A. Band, G. Uyoga, S. Ndila, C. M. Mturi, N. Mwarumba, S. Mohammed, S. Mosobo, M. Alasoo, K. Rockett, K. A. Mentzer, A. J. Kwiatkowski, D. P. Hill, A. V. S. Maitland, K. Scott, J. A. G. Williams, T. N.
Elife, (2022). 11:

Improving the diagnosis of severe malaria in African children using platelet counts and plasma PfHRP2 concentrations.Watson, J. A. Uyoga, S. Wanjiku, P. Makale, J. Nyutu, G. M. Mturi, N. George, E. C. Woodrow, C. J. Day, N. P. J. Bejon, P. Opoka, R. O. Dondorp, A. M. John, C. C. Maitland, K. Williams, T. N. White, N. J.
Sci Transl Med, (2022). 14:eabn5040

Phagocytosis of Plasmodium falciparum ring-stage parasites predicts protection against malaria.Musasia, F. K. Nkumama, I. N. Frank, R. Kipkemboi, V. Schneider, M. Mwai, K. Odera, D. O. Rosenkranz, M. F├╝rle, K. Kimani, D. Tuju, J. Njuguna, P. Hamaluba, M. Kapulu, M. C. Wardemann, H. Abdi, A. I. Abebe, Y. Bejon, P. Billingsley, P. F. Bull, P. C. de Laurent, Z. Hoffman, S. L. James, E. R. Kariuki, S. Kimathi, R. Kinyanjui, S. Kivisi, C. Makale, J. Marsh, K. Mohammed, K. S. Mosobo, M. Musembi, J. Musyoki, J. Muthui, M. Mwacharo, J. Ndungu, F. Ngoi, J. M. Ngoto, O. Ogutu, B. Olewe, F. Omuoyo, D. OngÔÇÖecha, J. Otieno, E. Shangala, J. Sim, B. K. L. Richie, T. L. Wambua, J. Williams, T. N. Osier, F. H. A.
Nature Communications, (2022). 13:4098

Sickle cell anaemia and severe Plasmodium falciparum malaria: a secondary analysis of the Transfusion and Treatment of African Children Trial (TRACT).Uyoga, S. Olupot-Olupot, P. Connon, R. Kiguli, S. Opoka, R. O. Alaroker, F. Muhindo, R. Macharia, A. W. Dondorp, A. M. Gibb, D. M. Walker, A. S. George, E. C. Maitland, K. Williams, T. N.
Lancet Child Adolesc Health, (2022). 6:606-613

Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Seychelles, 2020-2021.Morobe, J. M. Pool, B. Marie, L. Didon, D. Lambisia, A. W. Makori, T. Mohammed, K. S. de Laurent, Z. R. Ndwiga, L. Mburu, M. W. Moraa, E. Murunga, N. Musyoki, J. Mwacharo, J. Nyamako, L. Riako, D. Ephnatus, P. Gambo, F. Naimani, J. Namulondo, J. Tembo, S. Z. Ogendi, E. Balde, T. Dratibi, F. A. Yahaya, A. A. Gumede, N. Achilla, R. A. Borus, P. K. Wanjohi, D. W. Tessema, S. K. Mwangangi, J. Bejon, P. Nokes, D. J. Ochola-Oyier, L. I. Githinji, G. Biscornet, L. Agoti, C. N.
Viruses, (2022). 14: