Publications

Epidemiology and Demography

Transmission networks of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya during the first two waves: A retrospective genomic study.Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Dellicour, S. Mohammed, K. S. Lambisia, A. W. de Laurent, Z. R. Morobe, J. M. Mburu, M. W. Omuoyo, D. O. Ongera, E. M. Ndwiga, L. Maitha, E. Kitole, B. Suleiman, T. Mwakinangu, M. Nyambu, J. K. Otieno, J. Salim, B. Musyoki, J. Murunga, N. Otieno, E. Kiiru, J. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Kinyanjui, S. Warimwe, G. Phan, M. Agweyu, A. Cotten, M. Barasa, E. Tsofa, B. Nokes, D. J. Bejon, P. Githinji, G.
Elife, (2022). 11:

The impact of malaria-protective red blood cell polymorphisms on parasite biomass in children with severe Plasmodium falciparum malaria.Uyoga, S. Watson, J. A. Wanjiku, P. Rop, J. C. Makale, J. Macharia, A. W. Kariuki, S. N. Nyutu, G. M. Shebe, M. Mosobo, M. Mturi, N. Rockett, K. A. Woodrow, C. J. Dondorp, A. M. Maitland, K. White, N. J. Williams, T. N.
Nat Commun, (2022). 13:3307

The erythrocyte membrane properties of beta thalassaemia heterozygotes and their consequences for Plasmodium falciparum invasion.Introini, V. Marin-Menendez, A. Nettesheim, G. Lin, Y. C. Kariuki, S. N. Smith, A. L. Jean, L. Brewin, J. N. Rees, D. C. Cicuta, P. Rayner, J. C. Penman, B. S.
Sci Rep, (2022). 12:8934

Global, regional, and national disease burden estimates of acute lower respiratory infections due to respiratory syncytial virus in children younger than 5 years in 2019: a systematic analysis.Li, Y. Wang, X. Blau, D. M. Caballero, M. T. Feikin, D. R. Gill, C. J. Madhi, S. A. Omer, S. B. Simoes, E. A. F. Campbell, H. Pariente, A. B. Bardach, D. Bassat, Q. Casalegno, J. S. Chakhunashvili, G. Crawford, N. Danilenko, D. Do, L. A. H. Echavarria, M. Gentile, A. Gordon, A. Heikkinen, T. Huang, Q. S. Jullien, S. Krishnan, A. Lopez, E. L. Markic, J. Mira-Iglesias, A. Moore, H. C. Moyes, J. Mwananyanda, L. Nokes, D. J. Noordeen, F. Obodai, E. Palani, N. Romero, C. Salimi, V. Satav, A. Seo, E. Shchomak, Z. Singleton, R. Stolyarov, K. Stoszek, S. K. von Gottberg, A. Wurzel, D. Yoshida, L. M. Yung, C. F. Zar, H. J. Respiratory Virus Global Epidemiology, Network Nair, H. Resceu investigators
Lancet, (2022). 399:2047-2064

Incidence of chikungunya virus infections among Kenyan children with neurological disease, 2014-2018: A cohort study.Nyamwaya, D. K. Otiende, M. Mwango, L. Kariuki, S. M. Otieno, B. Omuoyo, D. O. Githinji, G. Kitsao, B. S. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. de Laurent, Z. R. Davies, A. Mwarumba, S. Agoti, C. N. Thumbi, S. M. Hamaluba, M. M. Newton, C. R. Bejon, P. Warimwe, G. M.
PLoS Med, (2022). 19:e1003994

Epidemiology of COVID-19 infections on routine polymerase chain reaction (PCR) and serology testing in Coastal Kenya.Nyagwange, J. Ndwiga, L. Muteru, K. Wamae, K. Tuju, J. Testing Team, C. Kutima, B. Gitonga, J. Karanja, H. Mugo, D. Kasera, K. Amoth, P. Murunga, N. Babu, L. Otieno, E. Githinji, G. Nokes, D. J. Tsofa, B. Orindi, B. Barasa, E. Warimwe, G. Agoti, C. N. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2022). 7:69

Automating Pitted Red Blood Cell Counts Using Deep Neural Network Analysis: A New Method for Measuring Splenic Function in Sickle Cell Anaemia.Nardo-Marino, A. Braunstein, T. H. Petersen, J. Brewin, J. N. Mottelson, M. N. Williams, T. N. Kurtzhals, J. A. L. Rees, D. C. Glenthoj, A.
Front Physiol, (2022). 13:859906

A Clinical and Physiological Prospective Observational Study on the Management of Pediatric Shock in the Post-Fluid Expansion as Supportive Therapy Trial Era.Obonyo, N. G. Olupot-Olupot, P. Mpoya, A. Nteziyaremye, J. Chebet, M. Uyoga, S. Muhindo, R. Fanning, J. P. Shiino, K. Chan, J. Fraser, J. F. Maitland, K.
Pediatr Crit Care Med, (2022). 23:502-513

Vitamin D Deficiency and Its Association with Iron Deficiency in African Children.Mogire, R. M. Muriuki, J. M. Morovat, A. Mentzer, A. J. Webb, E. L. Kimita, W. Ndungu, F. M. Macharia, A. W. Cutland, C. L. Sirima, S. B. Diarra, A. Tiono, A. B. Lule, S. A. Madhi, S. A. Prentice, A. M. Bejon, P. Pettifor, J. M. Elliott, A. M. Adeyemo, A. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
Nutrients, (2022). 14:

Efficiency of transplacental transfer of respiratory syncytial virus (RSV) specific antibodies among pregnant women in Kenya.Nyiro, J. U. Bukusi, E. Mwaengo, D. Nyaguara, A. Nyawanda, B. Otieno, N. Bigogo, G. Murunga, N. Widdowson, M. A. Verani, J. R. Chaves, S. S. Mwangudza, H. Odundo, C. Berkley, J. A. Nokes, D. J. Munywoki, P. K.
Wellcome Open Res, (2022). 7:43

TRUE-1: Trial of Repurposed Unithiol for snakebite Envenoming phase 1 (safety, tolerability, pharmacokinetics and pharmacodynamics in healthy Kenyan adults).Abouyannis, M. FitzGerald, R. Ngama, M. Mwangudzah, H. Nyambura, Y. K. Ngome, S. Riako, D. Babu, L. Lewa, F. Else, L. Dily Penchala, S. Orindi, B. Mumba, N. Kalama, B. Ndungu, F. M. Adetifa, I. Khoo, S. Lalloo, D. G. Casewell, N. R. Hamaluba, M.
Wellcome Open Res, (2022). 7:90

Scaling up the primary health integrated care project for chronic conditions in Kenya: study protocol for an implementation research project.Nolte, E. Kamano, J. H. Naanyu, V. Etyang, A. Gasparrini, A. Hanson, K. Koros, H. Mugo, R. Murphy, A. Oyando, R. Pliakas, T. Were, V. Willis, R. Barasa, E. Perel, P.
BMJ Open, (2022). 12:e056261

Optimization of the SARS-CoV-2 ARTIC Network V4 Primers and Whole Genome Sequencing Protocol.Lambisia, A. W. Mohammed, K. S. Makori, T. O. Ndwiga, L. Mburu, M. W. Morobe, J. M. Moraa, E. O. Musyoki, J. Murunga, N. Mwangi, J. N. Nokes, D. J. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Githinji, G.
Front Med (Lausanne), (2022). 9:836728

Filling the data gaps on sickle cell anaemia in sub-Saharan Africa.Williams, T. N.
Lancet Haematol, (2022). 9:e172-e173

WHO preferred product characteristics for monoclonal antibodies for passive immunization against respiratory syncytial virus (RSV) disease in infants - Key considerations for global use.Sparrow, E. Adetifa, I. Chaiyakunapruk, N. Cherian, T. Fell, D. B. Graham, B. S. Innis, B. Kaslow, D. C. Karron, R. A. Nair, H. Neuzil, K. M. Saha, S. Smith, P. G. Srikantiah, P. Were, F. Zar, H. J. Feikin, D.
Vaccine, (2022). 40:3506-3510

Unmet need for COVID-19 vaccination coverage in Kenya.Muchiri, S. K. Muthee, R. Kiarie, H. Sitienei, J. Agweyu, A. Atkinson, P. M. Edson Utazi, C. Tatem, A. J. Alegana, V. A.
Vaccine, (2022). 40:2011-2019

Whole blood versus red cell concentrates for children with severe anaemia: a secondary analysis of the Transfusion and Treatment of African Children (TRACT) trial.George, E. C. Uyoga, S. M'Baya, B. Kyeyune Byabazair, D. Kiguli, S. Olupot-Olupot, P. Opoka, R. O. Chagaluka, G. Alaroker, F. Williams, T. N. Bates, I. Mbanya, D. Gibb, D. M. Walker, A. S. Maitland, K. Tract trial study group
Lancet Glob Health, (2022). 10:e360-e368

A predictive algorithm for identifying children with sickle cell anemia among children admitted to hospital with severe anemia in Africa.Olupot-Olupot, P. Connon, R. Kiguli, S. Opoka, R. O. Alaroker, F. Uyoga, S. Nakuya, M. Okiror, W. Nteziyaremye, J. Ssenyondo, T. Nabawanuka, E. Kayaga, J. Williams Mukisa, C. Amorut, D. Muhindo, R. Frost, G. Walsh, K. Macharia, A. W. Gibb, D. M. Walker, A. S. George, E. C. Maitland, K. Williams, T. N.
Am J Hematol, (2022). 97:527-536

Malaria hospitalisation in East Africa: age, phenotype and transmission intensity.Kamau, A. Paton, R. S. Akech, S. Mpimbaza, A. Khazenzi, C. Ogero, M. Mumo, E. Alegana, V. A. Agweyu, A. Mturi, N. Mohammed, S. Bigogo, G. Audi, A. Kapisi, J. Sserwanga, A. Namuganga, J. F. Kariuki, S. Otieno, N. A. Nyawanda, B. O. Olotu, A. Salim, N. Athuman, T. Abdulla, S. Mohamed, A. F. Mtove, G. Reyburn, H. Gupta, S. Lourenco, J. Bejon, P. Snow, R. W.
BMC Med, (2022). 20:28

Identification of missed viruses by metagenomic sequencing of clinical respiratory samples from Kenya.Phan, M. V. T. Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Otieno, G. P. Ngama, M. Kellam, P. Cotten, M. Nokes, D. J.
Sci Rep, (2022). 12:202