Publications

Epidemiology and Demography

Whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 isolates from symptomatic and asymptomatic individuals in Tanzania.Mziray, S. R. van Zwetselaar, M. Kayuki, C. C. Mbelele, P. M. Makubi, A. N. Magesa, A. S. Kisonga, R. M. Sonda, T. B. Kibiki, G. S. Githinji, G. Heysell, S. K. Chilongola, J. O. Mpagama, S. G.
Front Med (Lausanne), (2023). 9:1034682

Trends in inpatient and post-discharge mortality among young infants admitted to Kilifi County Hospital, Kenya: a retrospective cohort study.Talbert, A. Ngari, M. Obiero, C. Nyaguara, A. Mwangome, M. Mturi, N. Ouma, N. Otiende, M. Berkley, J.
BMJ Open, (2023). 13:e067482

The impact of the COVID-19 pandemic on vaccine coverage in Kilifi, Kenya: A retrospective cohort study.Lucinde, R. K. Karia, B. Ouma, N. Amadi, D. Nyundo, C. Mataza, C. Nyaguara, A. Scott, J. A. G. Gallagher, K. E. Kagucia, E.
Vaccine, (2023). 41:666-675

Serum immunoglobulin G and mucosal immunoglobulin A antibodies from prepandemic samples collected in Kilifi, Kenya, neutralize SARS-CoV-2 in vitro.Nyagwange, J. Kutima, B. Mwai, K. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. Mugo, D. Sein, Y. Wright, D. Omuoyo, D. O. Nyiro, J. U. Tuju, J. Nokes, D. J. Agweyu, A. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Scott, J. A. G. Lambe, T. Nduati, E. Agoti, C. Warimwe, G. M.
Int J Infect Dis, (2023). 127:11-16

Safety of age-dosed, single low-dose primaquine in children with glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency who are infected with Plasmodium falciparum in Uganda and the Democratic Republic of the Congo: a randomised, double-blind, placebo-controlled, non-inferiority trial.Taylor, W. R. Olupot-Olupot, P. Onyamboko, M. A. Peerawaranun, P. Weere, W. Namayanja, C. Onyas, P. Titin, H. Baseke, J. Muhindo, R. Kayembe, D. K. Ndjowo, P. O. Basara, B. B. Bongo, G. S. Okalebo, C. B. Abongo, G. Uyoga, S. Williams, T. N. Taya, C. Dhorda, M. Tarning, J. Dondorp, A. M. Waithira, N. Fanello, C. Maitland, K. Mukaka, M. Day, N. J. P.
Lancet Infect Dis, (2023). 23:471-483

Hydroxyurea treatment is associated with lower malaria incidence in children with sickle cell anemia in sub-Saharan Africa.Olupot-Olupot, P. Tomlinson, G. Williams, T. N. Tshilolo, L. Santos, B. Smart, L. R. McElhinney, K. Howard, T. A. Aygun, B. Stuber, S. E. Lane, A. Latham, T. S. Ware, R. E.
Blood, (2023). 141:1402-1410

Respiratory syncytial virus prevention within reach: the vaccine and monoclonal antibody landscape.Mazur, N. I. Terstappen, J. Baral, R. Bardaji, A. Beutels, P. Buchholz, U. J. Cohen, C. Crowe, J. E, Jr. Cutland, C. L. Eckert, L. Feikin, D. Fitzpatrick, T. Fong, Y. Graham, B. S. Heikkinen, T. Higgins, D. Hirve, S. Klugman, K. P. Kragten-Tabatabaie, L. Lemey, P. Libster, R. Lowensteyn, Y. Mejias, A. Munoz, F. M. Munywoki, P. K. Mwananyanda, L. Nair, H. Nunes, M. C. Ramilo, O. Richmond, P. Ruckwardt, T. J. Sande, C. Srikantiah, P. Thacker, N. Waldstein, K. A. Weinberger, D. Wildenbeest, J. Wiseman, D. Zar, H. J. Zambon, M. Bont, L.
Lancet Infect Dis, (2023). 23:e2-e21

Impact of Intermittent Presumptive Treatment for Malaria in Pregnancy on Hospital Birth Outcomes on the Kenyan Coast.Kamau, A. Musau, M. Mwakio, S. Amadi, D. Nyaguara, A. Bejon, P. Seale, A. C. Berkley, J. A. Snow, R. W.
Clin Infect Dis, (2023). 76:e875-e883

SARS-CoV-2 seroprevalence in three Kenyan health and demographic surveillance sites, December 2020-May 2021.Etyang, A. O. Adetifa, I. Omore, R. Misore, T. Ziraba, A. K. Ng'oda, M. A. Gitau, E. Gitonga, J. Mugo, D. Kutima, B. Karanja, H. Toroitich, M. Nyagwange, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Aman, R. Amoth, P. Mwangangi, M. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Akech, D. Sigilai, A. Karia, B. Karani, A. Voller, S. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Otiende, M. Bottomley, C. Nyaguara, A. Uyoga, S. Gallagher, K. Kagucia, E. W. Onyango, D. Tsofa, B. Mwangangi, J. Maitha, E. Barasa, E. Bejon, P. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G. Agweyu, A.
PLOS Glob Public Health, (2022). 2:e0000883

Drivers of respiratory syncytial virus seasonal epidemics in children under 5 years in Kilifi, coastal Kenya.Wambua, J. Munywoki, P. K. Coletti, P. Nyawanda, B. O. Murunga, N. Nokes, D. J. Hens, N.
PLoS One, (2022). 17:e0278066

Identifying the research, advocacy, policy and implementation needs for the prevention and management of respiratory syncytial virus lower respiratory tract infection in low- and middle-income countries.Carbonell-Estrany, X. Simoes, E. A. F. Bont, L. J. Gentile, A. Homaira, N. Scotta, M. C. Stein, R. T. Torres, J. P. Sheikh, J. Broor, S. Khuri-Bulos, N. Nokes, D. J. Munywoki, P. K. Bassat, Q. Sharma, A. K. Basnet, S. Garba, M. De Jesus-Cornejo, J. Lupisan, S. P. Nunes, M. C. Divarathna, M. Fullarton, J. R. Rodgers-Gray, B. S. Keary, I. Renosa, M. D. C. Verwey, C. Moore, D. P. Noordeen, F. Kabra, S. do Vale, M. S. Paternina-De La Ossa, R. Marino, C. Figueras-Aloy, J. Krilov, L. Berezin, E. Zar, H. J. Paudel, K. Safadi, M. A. P. Dbaibo, G. Jroundi, I. Jha, R. Rafeek, R. A. M. Pinheiro, R. S. Bracht, M. Muthugala, R. Lanari, M. Martinon-Torres, F. Mitchell, I. Irimu, G. Pandey, A. Krishnan, A. Mejias, A. da Costa, M. S. C. Shrestha, S. Pernica, J. M. de Carvalho, F. C. Jalango, R. E. Ibrahim, H. Ewa, A. Ensinck, G. Ulloa-Gutierrez, R. Miralha, A. L. Lucion, M. F. Hassan, M. Z. Akhtar, Z. Aleem, M. A. Chowdhury, F. Rojo, P. Sande, C. Musau, A. Zaman, K. Helena, L. Arlant, F. Ghimire, P. Price, A. Subedi, K. U. Brenes-Chacon, H. Goswami, D. R. Rahman, M. Z. Hossain, M. E. Chisti, M. J. Vain, N. E. Lim, A. Chiu, A. Papenburg, J. Juarez, M. D. V. Senaratne, T. Arunasalam, S. Strand, T. A. Ayuk, A. Ogunrinde, O. Tavares, L. V. S. Garba, C. Garba, B. I. Dawa, J. Gordon, M. Osoro, E. Agoti, C. N. Nyawanda, B. Ngama, M. Tabu, C. Mathew, J. L. Cornacchia, A. Rai, G. K. Jain, A. Giongo, M. S. Paes, B. A.
Front Pediatr, (2022). 10:1033125

The Childhood Acute Illness and Nutrition (CHAIN) network nested case-cohort study protocol: a multi-omics approach to understanding mortality among children in sub-Saharan Africa and South Asia.Njunge, J. M. Tickell, K. Diallo, A. H. Sayeem Bin Shahid, A. S. M. Gazi, M. A. Saleem, A. Kazi, Z. Ali, S. Tigoi, C. Mupere, E. Lancioni, C. L. Yoshioka, E. Chisti, M. J. Mburu, M. Ngari, M. Ngao, N. Gichuki, B. Omer, E. Gumbi, W. Singa, B. Bandsma, R. Ahmed, T. Voskuijl, W. Williams, T. N. Macharia, A. Makale, J. Mitchel, A. Williams, J. Gogain, J. Janjic, N. Mandal, R. Wishart, D. S. Wu, H. Xia, L. Routledge, M. Gong, Y. Y. Espinosa, C. Aghaeepour, N. Liu, J. Houpt, E. Lawley, T. D. Browne, H. Shao, Y. Rwigi, D. Kariuki, K. Kaburu, T. Uhlig, H. H. Gartner, L. Jones, K. Koulman, A. Walson, J. Berkley, J.
Gates Open Res, (2022). 6:77

Global disparities in SARS-CoV-2 genomic surveillance.Brito, A. F. Semenova, E. Dudas, G. Hassler, G. W. Kalinich, C. C. Kraemer, M. U. G. Ho, J. Tegally, H. Githinji, G. Agoti, C. N. Matkin, L. E. Whittaker, C. Bulgarian, Sars-CoV-sequencing group Communicable Diseases Genomics, Network Covid- Impact Project Danish Covid-19 Genome, Consortium Fiocruz, Covid-Genomic Surveillance Network Gisaid core curation team Network for Genomic Surveillance in South, Africa Swiss, Sars-CoV-Sequencing Consortium Howden, B. P. Sintchenko, V. Zuckerman, N. S. Mor, O. Blankenship, H. M. de Oliveira, T. Lin, R. T. P. Siqueira, M. M. Resende, P. C. Vasconcelos, A. T. R. Spilki, F. R. Aguiar, R. S. Alexiev, I. Ivanov, I. N. Philipova, I. Carrington, C. V. F. Sahadeo, N. S. D. Branda, B. Gurry, C. Maurer-Stroh, S. Naidoo, D. von Eije, K. J. Perkins, M. D. van Kerkhove, M. Hill, S. C. Sabino, E. C. Pybus, O. G. Dye, C. Bhatt, S. Flaxman, S. Suchard, M. A. Grubaugh, N. D. Baele, G. Faria, N. R.
Nat Commun, (2022). 13:7003

Seroprevalence, correlates and kinetics of SARS-CoV-2 nucleocapsid IgG antibody in healthcare workers and nonclinical staff at a tertiary hospital: A prevaccine census study.Maina, D. Omuse, G. Ong'ete, G. Mugaine, P. Sayed, S. Moloo, Z. Shah, R. Etyang, A. Adam, R.
PLoS One, (2022). 17:e0267619

Sero-surveillance for IgG to SARS-CoV-2 at antenatal care clinics in three Kenyan referral hospitals: Repeated cross-sectional surveys 2020-21.Lucinde, R. K. Mugo, D. Bottomley, C. Karani, A. Gardiner, E. Aziza, R. Gitonga, J. N. Karanja, H. Nyagwange, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Nzomo, E. Kamuri, E. Thuranira, K. Agunda, S. Nyutu, G. Etyang, A. O. Adetifa, I. M. O. Kagucia, E. Uyoga, S. Otiende, M. Otieno, E. Ndwiga, L. Agoti, C. N. Aman, R. A. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Nyaguara, A. Ng'ang'a, W. Ochola, L. B. Namdala, E. Gaunya, O. Okuku, R. Barasa, E. Bejon, P. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Warimwe, G. M. Agweyu, A. Scott, J. A. G. Gallagher, K. E.
PLoS One, (2022). 17:e0265478

Evaluation of Dried Blood and Cerebrospinal Fluid Filter Paper Spots for Storing and Transporting Clinical Material for the Molecular Diagnosis of Invasive Meningococcal Disease.Kwambana-Adams, B. A. Clark, S. A. Tay, N. Agbla, S. Chaguza, C. Kagucia, E. W. Borrow, R. Heyderman, R. S.
Int J Mol Sci, (2022). 23:

High false discovery rate of the Architect anti-HCV screening test in blood donors in Uganda and evaluation of an algorithm for confirmatory testing.Lucey, O. Acana, S. Olupot-Olupot, P. Muhindo, R. Ayikobua, R. Uyoga, S. Kyeyune-Byabazaire, D. Cooke, G. Maitland, K.
Vox Sang, (2022). 117:1360-1367

Revealing the extent of the first wave of the COVID-19 pandemic in Kenya based on serological and PCR-test data.Ojal, J. Brand, S. P. C. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Barasa, E. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:127

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.Tegally, H. San, J. E. Cotten, M. Moir, M. Tegomoh, B. Mboowa, G. Martin, D. P. Baxter, C. Lambisia, A. W. Diallo, A. Amoako, D. G. Diagne, M. M. Sisay, A. Zekri, A. N. Gueye, A. S. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sow, A. Musa, A. O. Sesay, A. K. Abias, A. G. Elzagheid, A. I. Lagare, A. Kemi, A. S. Abar, A. E. Johnson, A. A. Fowotade, A. Oluwapelumi, A. O. Amuri, A. A. Juru, A. Kandeil, A. Mostafa, A. Rebai, A. Sayed, A. Kazeem, A. Balde, A. Christoffels, A. Trotter, A. J. Campbell, A. Keita, A. K. Kone, A. Bouzid, A. Souissi, A. Agweyu, A. Naguib, A. Gutierrez, A. V. Nkeshimana, A. Page, A. J. Yadouleton, A. Vinze, A. Happi, A. N. Chouikha, A. Iranzadeh, A. Maharaj, A. Batchi-Bouyou, A. L. Ismail, A. Sylverken, A. A. Goba, A. Femi, A. Sijuwola, A. E. Marycelin, B. Salako, B. L. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Diarra, B. Herring, B. L. Tsofa, B. Lekana-Douki, B. Mvula, B. Njanpop-Lafourcade, B. M. Marondera, B. T. Khaireh, B. A. Kouriba, B. Adu, B. Pool, B. McInnis, B. Brook, C. Williamson, C. Nduwimana, C. Anscombe, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Mapanguy, C. M. Loucoubar, C. Onwuamah, C. K. Ihekweazu, C. Malaka, C. N. Peyrefitte, C. Grace, C. Omoruyi, C. E. Rafai, C. D. Morang'a, C. M. Erameh, C. Lule, D. B. Bridges, D. J. Mukadi-Bamuleka, D. Park, D. Rasmussen, D. A. Baker, D. Nokes, D. J. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Grant, D. S. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Wanjohi, D. W. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Abworo, E. O. Otieno, E. Shumba, E. Barasa, E. Ahmed, E. B. Ahmed, E. A. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Manuel, E. Leendertz, F. Taweh, F. M. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Takawira, F. T. Derrar, F. Ajogbasile, F. V. Treurnicht, F. Onikepe, F. Ntoumi, F. Muyembe, F. M. Ragomzingba, F. E. Z. Dratibi, F. A. Iyanu, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Akpede, G. O. van Zyl, G. U. Awandare, G. A. Kpeli, G. S. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Omunakwe, H. E. Onywera, H. Abe, H. Karray, H. Nansumba, H. Triki, H. Kadjo, H. A. A. Elgahzaly, H. Gumbo, H. Mathieu, H. Kavunga-Membo, H. Smeti, I. Olawoye, I. B. Adetifa, I. M. O. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Muhammad, I. A. Ssewanyana, I. Wurie, I. Konstantinus, I. S. Halatoko, J. W. A. Ayei, J. Sonoo, J. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Musyoki, J. Nkurunziza, J. Uwanibe, J. N. Bhiman, J. N. Yasuda, J. Morais, J. Kiconco, J. Sandi, J. D. Huddleston, J. Odoom, J. K. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Kayiwa, J. T. Okolie, J. C. Xavier, J. S. Gyamfi, J. Wamala, J. F. Bonney, J. H. K. Nyandwi, J. Everatt, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Oguzie, J. U. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. Mogga, J. J. H. O'Grady, J. Siddle, K. J. Victoir, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Carvalho, K. S. Mohammed, K. S. Dellagi, K. Musonda, K. G. Duedu, K. O. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Kepler, L. M. Biscornet, L. de Oliveira Martins, L. Chabuka, L. Olubayo, L. Ojok, L. D. Deng, L. L. Ochola-Oyier, L. I. Tyers, L. Mine, M. Ramuth, M. Mastouri, M. ElHefnawi, M. Mbanne, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Momoh, M. Lima Mendonca, M. D. L. Venter, M. Paye, M. F. Faye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. G. Owusu, M. Wiley, M. R. Tatfeng, M. Y. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Beloufa, M. A. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Matobo, M. M. Kane, M. Salou, M. Mbulawa, M. B. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Rujeni, N. Abuzaid, N. Ismael, N. Elguindy, N. Top, N. M. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Francisco, N. M. Saasa, N. Bbosa, N. Murunga, N. Gumede, N. Wolter, N. Sitharam, N. Ndodo, N. Ajayi, N. A. Tordo, N. Mbhele, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Mba, N. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Femi, O. Adewumi, O. M. Testimony, O. Ogunsanya, O. A. Fakayode, O. Ogah, O. E. Oludayo, O. E. Faye, O. Smith-Lawrence, P. Ondoa, P. Combe, P. Nabisubi, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Okokhere, P. O. Bejon, P. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Kaleebu, P. Abechi, P. El-Shesheny, R. Joseph, R. Aziz, R. K. Essomba, R. G. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Neto Rodrigues, Rmdesa Audu, R. A. Carr, R. A. A. Gargouri, S. Masmoudi, S. Bootsma, S. Sankhe, S. Mohamed, S. I. Femi, S. Mhalla, S. Hosch, S. Kassim, S. K. Metha, S. Trabelsi, S. Agwa, S. H. Mwangi, S. W. Doumbia, S. Makiala-Mandanda, S. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Ahmed, S. M. Elhamoumi, S. Moyo, S. Lutucuta, S. Gaseitsiwe, S. Jalloh, S. Andriamandimby, S. F. Oguntope, S. Grayo, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. van Wyk, S. Schaffner, S. F. Kanyerezi, S. Ahuka-Mundeke, S. Rudder, S. Pillay, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Velavan, T. P. Schindler, T. Maponga, T. G. Bedford, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. George, U. E. Enouf, V. Nene, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Karim, W. A. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Ahmed, Y. A. Ramphal, Y. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Africa Pathogen Genomics Initiative double, dagger Ouma, A. E. O. von Gottberg, A. Githinji, G. Moeti, M. Tomori, O. Sabeti, P. C. Sall, A. A. Oyola, S. O. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. de Oliveira, T. Happi, C. Lessells, R. Nkengasong, J. Wilkinson, E.
Science, (2022). 378:eabq5358

Substantial misdiagnosis of severe malaria in African children.White, N. J. Watson, J. A. Uyoga, S. Williams, T. N. Maitland, K. M.
Lancet, (2022). 400:807