Publications

Biosciences

Plasmodium falciparum adapts its investment into replication versus transmission according to the host environment.Abdi, A. I. Achcar, F. Sollelis, L. Silva-Filho, J. L. Mwikali, K. Muthui, M. Mwangi, S. Kimingi, H. W. Orindi, B. Andisi Kivisi, C. Alkema, M. Chandrasekar, A. Bull, P. C. Bejon, P. Modrzynska, K. Bousema, T. Marti, M.
Elife, (2023). 12:

Pf7: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 20,000 worldwide samples.MalariaGen, Abdel Hamid, M. M. Abdelraheem, M. H. Acheampong, D. O. Ahouidi, A. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amaratunga, C. Amenga-Etego, L. Andagalu, B. Anderson, T. Andrianaranjaka, V. Aniebo, I. Aninagyei, E. Ansah, F. Ansah, P. O. Apinjoh, T. Arnaldo, P. Ashley, E. Auburn, S. Awandare, G. A. Ba, H. Baraka, V. Barry, A. Bejon, P. Bertin, G. I. Boni, M. F. Borrmann, S. Bousema, T. Bouyou-Akotet, M. Branch, O. Bull, P. C. Cheah, H. Chindavongsa, K. Chookajorn, T. Chotivanich, K. Claessens, A. Conway, D. J. Corredor, V. Courtier, E. Craig, A. D'Alessandro, U. Dama, S. Day, N. Denis, B. Dhorda, M. Diakite, M. Djimde, A. Dolecek, C. Dondorp, A. Doumbia, S. Drakeley, C. Drury, E. Duffy, P. Echeverry, D. F. Egwang, T. G. Enosse, S. M. M. Erko, B. Fairhurst, R. M. Faiz, A. Fanello, C. A. Fleharty, M. Forbes, M. Fukuda, M. Gamboa, D. Ghansah, A. Golassa, L. Goncalves, S. Harrison, G. L. A. Healy, S. A. Hendry, J. A. Hernandez-Koutoucheva, A. Hien, T. T. Hill, C. A. Hombhanje, F. Hott, A. Htut, Y. Hussein, M. Imwong, M. Ishengoma, D. Jackson, S. A. Jacob, C. G. Jeans, J. Johnson, K. J. Kamaliddin, C. Kamau, E. Keatley, J. Kochakarn, T. Konate, D. S. Konate, A. Kone, A. Kwiatkowski, D. P. Kyaw, M. P. Kyle, D. Lawniczak, M. Lee, S. K. Lemnge, M. Lim, P. Lon, C. Loua, K. M. Mandara, C. I. Marfurt, J. Marsh, K. Maude, R. J. Mayxay, M. Maiga-Ascofare, O. Miotto, O. Mita, T. Mobegi, V. Mohamed, A. O. Mokuolu, O. A. Montgomery, J. Morang'a, C. M. Mueller, I. Murie, K. Newton, P. N. Ngo Duc, T. Nguyen, T. Nguyen, T. N. Nguyen Thi Kim, T. Nguyen Van, H. Noedl, H. Nosten, F. Noviyanti, R. Ntui, V. N. Nzila, A. Ochola-Oyier, L. I. Ocholla, H. Oduro, A. Omedo, I. Onyamboko, M. A. Ouedraogo, J. B. Oyebola, K. Oyibo, W. A. Pearson, R. Peshu, N. Phyo, A. P. Plowe, C. V. Price, R. N. Pukrittayakamee, S. Quang, H. H. Randrianarivelojosia, M. Rayner, J. C. Ringwald, P. Rosanas-Urgell, A. Rovira-Vallbona, E. Ruano-Rubio, V. Ruiz, L. Saunders, D. Shayo, A. Siba, P. Simpson, V. J. Sissoko, M. S. Smith, C. Su, X. Z. Sutherland, C. Takala-Harrison, S. Talman, A. Tavul, L. Thanh, N. V. Thathy, V. Thu, A. M. Toure, M. Tshefu, A. Verra, F. Vinetz, J. Wellems, T. E. Wendler, J. White, N. J. Whitton, G. Yavo, W. van der Pluijm, R. W.
Wellcome Open Res, (2023). 8:22

Validation of saline, PBS and a locally produced VTM at varying storage conditions to detect the SARS-CoV-2 virus by qRT-PCR.Ngetsa, C. Osoti, V. Okanda, D. Marura, F. Shah, K. Karanja, H. Mugo, D. Gitonga, J. Mutunga, M. Lewa, C. Orindi, B. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I.
PLoS One, (2023). 18:e0280685

Anti-merozoite antibodies induce natural killer cell effector function and are associated with immunity against malaria.Odera, D. O. Tuju, J. Mwai, K. Nkumama, I. N. Furle, K. Chege, T. Kimathi, R. Diehl, S. Musasia, F. K. Rosenkranz, M. Njuguna, P. Hamaluba, M. Kapulu, M. C. Frank, R. Chmi-Sika Study Team Osier, F. H. A. Abdi, A. I. Chi, P. C. de Laurent, Z. Jao, I. Kamuya, D. Kamuyu, G. Makale, J. Murungi, L. Musyoki, J. Muthui, M. Mwacharo, J. Kariuki, S. Mwanga, D. Mwongeli, J. Ndungu, F. Njue, M. Nyangweso, G. Kimani, D. Ngoi, J. M. Musembi, J. Ngoto, O. Otieno, E. Ooko, M. Shangala, J. Wambua, J. Mohammed, K. S. Omuoyo, D. Mosobo, M. Kibinge, N. Kinyanjui, S. Bejon, P. Lowe, B. Marsh, K. Marsh, V. Abebe, Y. Billingsley, P. F. Sim, B. K. L. Hoffman, S. L. James, E. R. Richie, T. L. Audi, A. Olewe, F. Oloo, J. Ongecha, J. Ongas, M. O. Koskei, N. Bull, P. C. Hodgson, S. H. Kivisi, C. Imwong, M. Murphy, S. C. Ogutu, B. Tarning, J. Winterberg, M. Williams, T. N.
Sci Transl Med, (2023). 15:eabn5993

Comparison of Structural Changes in Nodding Syndrome and Other Epilepsies Associated With Onchocerca volvulus.Mazumder, R. Lubowa, S. K. Salamon, N. Jackson, N. J. Kawooya, M. Akun, P. R. Anguzu, R. Ogwang, R. J. Kubofcik, J. Nutman, T. Marsh, K. Newton, C. Vincent, A. Idro, R.
Neurol Neuroimmunol Neuroinflamm, (2023). 10:

Serum immunoglobulin G and mucosal immunoglobulin A antibodies from prepandemic samples collected in Kilifi, Kenya, neutralize SARS-CoV-2 in vitro.Nyagwange, J. Kutima, B. Mwai, K. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. Mugo, D. Sein, Y. Wright, D. Omuoyo, D. O. Nyiro, J. U. Tuju, J. Nokes, D. J. Agweyu, A. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Scott, J. A. G. Lambe, T. Nduati, E. Agoti, C. Warimwe, G. M.
Int J Infect Dis, (2023). 127:11-16

Impact of Intermittent Presumptive Treatment for Malaria in Pregnancy on Hospital Birth Outcomes on the Kenyan Coast.Kamau, A. Musau, M. Mwakio, S. Amadi, D. Nyaguara, A. Bejon, P. Seale, A. C. Berkley, J. A. Snow, R. W.
Clin Infect Dis, (2023). 76:e875-e883

The CINAMR (Clinical Information Network-Antimicrobial Resistance) Project: A pilot microbial surveillance using hospitals linked to regional laboratories in Kenya: Study Protocol.Akech, S. Nyamwaya, B. Gachoki, J. Ogero, M. Kigo, J. Maina, M. Mutua, E. Ooko, E. Bejon, P. Mwarumba, S. Bahati, F. Mvera, B. Musyimi, R. Onsare, R. Hutter, J. Tanui, E. Wesangula, E. Turner, P. Dunachie, S. Lucey, O. McKnight, J. Cinamr Investigators
Wellcome Open Res, (2022). 7:256

SARS-CoV-2 seroprevalence in three Kenyan health and demographic surveillance sites, December 2020-May 2021.Etyang, A. O. Adetifa, I. Omore, R. Misore, T. Ziraba, A. K. Ng'oda, M. A. Gitau, E. Gitonga, J. Mugo, D. Kutima, B. Karanja, H. Toroitich, M. Nyagwange, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Aman, R. Amoth, P. Mwangangi, M. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Akech, D. Sigilai, A. Karia, B. Karani, A. Voller, S. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Otiende, M. Bottomley, C. Nyaguara, A. Uyoga, S. Gallagher, K. Kagucia, E. W. Onyango, D. Tsofa, B. Mwangangi, J. Maitha, E. Barasa, E. Bejon, P. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G. Agweyu, A.
PLOS Glob Public Health, (2022). 2:e0000883

The global burden of Chikungunya fever among children: A systematic literature review and meta-analysis.Nyamwaya, D. K. Thumbi, S. M. Bejon, P. Warimwe, G. M. Mokaya, J.
PLOS Glob Public Health, (2022). 2:e0000914

The effect of malaria on childhood anemia in a quasi-experimental study of 7,384 twins from 23 Sub-Saharan African countries.Starck, T. Dambach, P. Rouamba, T. Tinto, H. Osier, F. Oldenburg, C. E. Adam, M. Barnighausen, T. Jaenisch, T. Bulstra, C. A.
Front Public Health, (2022). 10:1009865

Assessment of a diverse panel of transmitted/founder HIV-1 infectious molecular clones in a luciferase based CD8 T-cell mediated viral inhibition assay.Fernandez, N. Hayes, P. Makinde, J. Hare, J. King, D. Xu, R. Rehawi, O. Mezzell, A. T. Kato, L. Mugaba, S. Serwanga, J. Chemweno, J. Nduati, E. Price, M. A. Osier, F. Ochsenbauer, C. Yue, L. Hunter, E. Gilmour, J. Iavi protocol C investigators
Front Immunol, (2022). 13:1029029

Vectorial capacity and TEP1 genotypes of Anopheles gambiae sensu lato mosquitoes on the Kenyan coast.Bartilol, B. Omuoyo, D. Karisa, J. Ominde, K. Mbogo, C. Mwangangi, J. Maia, M. Rono, M. K.
Parasit Vectors, (2022). 15:448

Malaria vector bionomics in Taita-Taveta County, coastal Kenya.Karisa, J. Ominde, K. Muriu, S. Munyao, V. Mwikali, K. Babu, L. Ondieki, Z. Bartilol, B. Tuwei, M. Wanjiku, C. Maia, M. Midega, J. Rono, M. Peshu, N. Mbogo, C. Mwangangi, J. M.
Parasit Vectors, (2022). 15:430

Malaria attributable fractions with changing transmission intensity: Bayesian latent class vs logistic models.Mwai, K. Nkumama, I. Thairu, A. Mburu, J. Odera, D. Kimathi, R. Nyamako, L. Tuju, J. Kinyanjui, S. Musenge, E. Osier, F.
Malar J, (2022). 21:326

Asplenia and spleen hypofunction.Lenti, M. V. Luu, S. Carsetti, R. Osier, F. Ogwang, R. Nnodu, O. E. Wiedermann, U. Spencer, J. Locatelli, F. Corazza, G. R. Di Sabatino, A.
Nat Rev Dis Primers, (2022). 8:71

Sero-surveillance for IgG to SARS-CoV-2 at antenatal care clinics in three Kenyan referral hospitals: Repeated cross-sectional surveys 2020-21.Lucinde, R. K. Mugo, D. Bottomley, C. Karani, A. Gardiner, E. Aziza, R. Gitonga, J. N. Karanja, H. Nyagwange, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Nzomo, E. Kamuri, E. Thuranira, K. Agunda, S. Nyutu, G. Etyang, A. O. Adetifa, I. M. O. Kagucia, E. Uyoga, S. Otiende, M. Otieno, E. Ndwiga, L. Agoti, C. N. Aman, R. A. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Nyaguara, A. Ng'ang'a, W. Ochola, L. B. Namdala, E. Gaunya, O. Okuku, R. Barasa, E. Bejon, P. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Warimwe, G. M. Agweyu, A. Scott, J. A. G. Gallagher, K. E.
PLoS One, (2022). 17:e0265478

Complement-mediated serum bactericidal activity of antibodies elicited by the Shigella sonnei GMMA vaccine in adults from a shigellosis-endemic country: Exploratory analysis of a Phase 2a randomized study.Kapulu, M. C. Nakakana, U. Scire, A. S. Sarakinou, E. Conti, V. Rossi, O. Acquaviva, A. Necchi, F. Obiero, C. W. Martin, L. B. Bejon, P. Njuguna, P. Micoli, F. Podda, A.
Front Immunol, (2022). 13:971866

Revealing the extent of the first wave of the COVID-19 pandemic in Kenya based on serological and PCR-test data.Ojal, J. Brand, S. P. C. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Barasa, E. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:127

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.Tegally, H. San, J. E. Cotten, M. Moir, M. Tegomoh, B. Mboowa, G. Martin, D. P. Baxter, C. Lambisia, A. W. Diallo, A. Amoako, D. G. Diagne, M. M. Sisay, A. Zekri, A. N. Gueye, A. S. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sow, A. Musa, A. O. Sesay, A. K. Abias, A. G. Elzagheid, A. I. Lagare, A. Kemi, A. S. Abar, A. E. Johnson, A. A. Fowotade, A. Oluwapelumi, A. O. Amuri, A. A. Juru, A. Kandeil, A. Mostafa, A. Rebai, A. Sayed, A. Kazeem, A. Balde, A. Christoffels, A. Trotter, A. J. Campbell, A. Keita, A. K. Kone, A. Bouzid, A. Souissi, A. Agweyu, A. Naguib, A. Gutierrez, A. V. Nkeshimana, A. Page, A. J. Yadouleton, A. Vinze, A. Happi, A. N. Chouikha, A. Iranzadeh, A. Maharaj, A. Batchi-Bouyou, A. L. Ismail, A. Sylverken, A. A. Goba, A. Femi, A. Sijuwola, A. E. Marycelin, B. Salako, B. L. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Diarra, B. Herring, B. L. Tsofa, B. Lekana-Douki, B. Mvula, B. Njanpop-Lafourcade, B. M. Marondera, B. T. Khaireh, B. A. Kouriba, B. Adu, B. Pool, B. McInnis, B. Brook, C. Williamson, C. Nduwimana, C. Anscombe, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Mapanguy, C. M. Loucoubar, C. Onwuamah, C. K. Ihekweazu, C. Malaka, C. N. Peyrefitte, C. Grace, C. Omoruyi, C. E. Rafai, C. D. Morang'a, C. M. Erameh, C. Lule, D. B. Bridges, D. J. Mukadi-Bamuleka, D. Park, D. Rasmussen, D. A. Baker, D. Nokes, D. J. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Grant, D. S. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Wanjohi, D. W. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Abworo, E. O. Otieno, E. Shumba, E. Barasa, E. Ahmed, E. B. Ahmed, E. A. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Manuel, E. Leendertz, F. Taweh, F. M. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Takawira, F. T. Derrar, F. Ajogbasile, F. V. Treurnicht, F. Onikepe, F. Ntoumi, F. Muyembe, F. M. Ragomzingba, F. E. Z. Dratibi, F. A. Iyanu, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Akpede, G. O. van Zyl, G. U. Awandare, G. A. Kpeli, G. S. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Omunakwe, H. E. Onywera, H. Abe, H. Karray, H. Nansumba, H. Triki, H. Kadjo, H. A. A. Elgahzaly, H. Gumbo, H. Mathieu, H. Kavunga-Membo, H. Smeti, I. Olawoye, I. B. Adetifa, I. M. O. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Muhammad, I. A. Ssewanyana, I. Wurie, I. Konstantinus, I. S. Halatoko, J. W. A. Ayei, J. Sonoo, J. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Musyoki, J. Nkurunziza, J. Uwanibe, J. N. Bhiman, J. N. Yasuda, J. Morais, J. Kiconco, J. Sandi, J. D. Huddleston, J. Odoom, J. K. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Kayiwa, J. T. Okolie, J. C. Xavier, J. S. Gyamfi, J. Wamala, J. F. Bonney, J. H. K. Nyandwi, J. Everatt, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Oguzie, J. U. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. Mogga, J. J. H. O'Grady, J. Siddle, K. J. Victoir, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Carvalho, K. S. Mohammed, K. S. Dellagi, K. Musonda, K. G. Duedu, K. O. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Kepler, L. M. Biscornet, L. de Oliveira Martins, L. Chabuka, L. Olubayo, L. Ojok, L. D. Deng, L. L. Ochola-Oyier, L. I. Tyers, L. Mine, M. Ramuth, M. Mastouri, M. ElHefnawi, M. Mbanne, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Momoh, M. Lima Mendonca, M. D. L. Venter, M. Paye, M. F. Faye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. G. Owusu, M. Wiley, M. R. Tatfeng, M. Y. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Beloufa, M. A. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Matobo, M. M. Kane, M. Salou, M. Mbulawa, M. B. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Rujeni, N. Abuzaid, N. Ismael, N. Elguindy, N. Top, N. M. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Francisco, N. M. Saasa, N. Bbosa, N. Murunga, N. Gumede, N. Wolter, N. Sitharam, N. Ndodo, N. Ajayi, N. A. Tordo, N. Mbhele, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Mba, N. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Femi, O. Adewumi, O. M. Testimony, O. Ogunsanya, O. A. Fakayode, O. Ogah, O. E. Oludayo, O. E. Faye, O. Smith-Lawrence, P. Ondoa, P. Combe, P. Nabisubi, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Okokhere, P. O. Bejon, P. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Kaleebu, P. Abechi, P. El-Shesheny, R. Joseph, R. Aziz, R. K. Essomba, R. G. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Neto Rodrigues, Rmdesa Audu, R. A. Carr, R. A. A. Gargouri, S. Masmoudi, S. Bootsma, S. Sankhe, S. Mohamed, S. I. Femi, S. Mhalla, S. Hosch, S. Kassim, S. K. Metha, S. Trabelsi, S. Agwa, S. H. Mwangi, S. W. Doumbia, S. Makiala-Mandanda, S. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Ahmed, S. M. Elhamoumi, S. Moyo, S. Lutucuta, S. Gaseitsiwe, S. Jalloh, S. Andriamandimby, S. F. Oguntope, S. Grayo, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. van Wyk, S. Schaffner, S. F. Kanyerezi, S. Ahuka-Mundeke, S. Rudder, S. Pillay, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Velavan, T. P. Schindler, T. Maponga, T. G. Bedford, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. George, U. E. Enouf, V. Nene, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Karim, W. A. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Ahmed, Y. A. Ramphal, Y. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Africa Pathogen Genomics Initiative double, dagger Ouma, A. E. O. von Gottberg, A. Githinji, G. Moeti, M. Tomori, O. Sabeti, P. C. Sall, A. A. Oyola, S. O. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. de Oliveira, T. Happi, C. Lessells, R. Nkengasong, J. Wilkinson, E.
Science, (2022). 378:eabq5358