Publications

Publications

Biosciences

Induction of an early IFN-gamma cellular response and high plasma levels of SDF-1alpha are inversely associated with COVID-19 severity and residence in rural areas in Kenyan patients.Wanjiku, P. Orindi, B. Kimotho, J. Sayed, S. Shah, R. Saleh, M. Mwacharo, J. Maronga, C. Olouch, V. Karanu, A. Shah, J. Nneka, Z. Ochola-Oyier, L. I. Abdi, A. I. Dunachie, S. Bejon, P. Nduati, E. W. Ndungu, F. M.
PLoS One, (2025). 20:e0316967

Genomic and clinical epidemiology of SARS-CoV-2 in coastal Kenya: insights into variant circulation, reinfection, and multiple lineage importations during a post-pandemic wave.Lambisia, A. W. Katama, E. N. Moraa, E. Mwita, J. M. Gallagher, K. Mutunga, M. Nyale, E. Omungala, J. Mwanga, M. Murunga, N. Nyiro, J. Nyagwange, J. Sande, C. Bejon, P. Githinji, G. Dellicour, S. Phan, M. V. T. Cotten, M. Ochola-Oyier, L. I. Holmes, E. C. Agoti, C. N.
BMC Glob Public Health, (2025). 3:80

MALDI-TOF MS for identification of Afro-tropical secondary malaria vectors.Tuwei, M. Karisa, J. Wanjiku, C. Kiuru, C. Ondieki, Z. Odongo, T. Mure, F. Otieno, B. Meli, P. Okoko, M. Bartilol, B. Gona, R. Constantino, L. Cole, G. Anastacio, T. Armazia, R. Alves, C. Rui, P. Ramaita, E. Rono, M. Candrinho, B. Mwangangi, J. Mbogo, C. Charlwood, D. Saute, F. Rabinovich, R. Chaccour, C. Maia, M. F.
Malar J, (2025). 24:284

Volatile pyrethroid spatial repellents for preventing mosquito bites: a systematic review and meta-analysis.Chen, I. Miller, S. L. Msellemu, D. Lugenge, A. G. Swai, J. K. Achee, N. Andres, M. Bibbs, C. S. Chareonviriyaphap, T. Charlwood, J. D. Devine, G. Elman, N. Fillinger, U. Flores-Mendoza, C. Gibson, S. Govella, N. Gowelo, S. Horstmann, S. Kawada, H. Kline, D. Lloyd, A. Lobo, N. F. Maia, M. F. Mmbando, A. Moreno-Gomez, M. Morrison, A. C. Mponzi, W. Mwanga, E. P. Njoroge, M. Ogoma, S. B. Okumu, F. O. Opiyo, M. Oumbouke, W. A. Paliga, J. Pongsiri, A. Ponlawat, A. Saeaung, M. Salazar, F. Sangoro, O. Stevenson, J. C. Sukkanon, C. Syafruddin, D. Tambwe, M. M. Tangena, J. A. Vajda, E. A. Vazquez-Prokopec, G. Wagman, J. M. Yan, C. Allen, I. E. Moore, S. J.
EBioMedicine, (2025). 119:105891

Advancing the course of HIV genomics research in Africa.Agamah, F. E. Arbuthnot, P. Tindana, P. Munung, N. S. Kasule, M. Ghansah, A. Mosepele, M. Gaolathe, T. Kekitiinwa, A. Nduati, E. Jumare, J. Gomez-Olive, F. X. Liebenberg, L. Dandara, C. Osawe, S. Julius, R. Muzambi, T. Natus, T. Omumbo, J. Mayne, E. Abimiku, A. Richardson, S. Matshaba, M. Skelton, M.
BMJ Glob Health, (2025). 10:

Making MALDI-TOF MS for entomological parameters accessible: A practical guide for in-house library creation.Karisa, J. Tuwei, M. Ominde, K. Bartilol, B. Ondieki, Z. Musani, H. Rono, M. Mbogo, C. Bejon, P. Mwangangi, J. Wanjiku, C. Maia, M.
PLoS One, (2025). 20:e0330605

Unique genetic signatures in HIV-1 subtype A1 and A1D recombinant envelope glycoprotein distinguish contemporary transmitted/founder viruses from historical strains in East Africa.Kato, F. Kapaata, A. Galiwango, R. Nakyanzi, A. Ndekezi, C. Natwijuka, F. Omara, D. Obuku, A. E. Foley, B. Kaleebu, P. Nduati, E. Balinda, S. N.
Front Microbiol, (2025). 16:1632581

Ivermectin to Control Malaria - A Cluster-Randomized Trial.Chaccour, C. Maia, M. Kariuki, M. Ruiz-Castillo, P. Wanjiku, C. Kasiwa, L. Brazeal, A. Casellas, A. Ngama, M. Onyango, T. Elobolobo, E. Kazungu, K. Mael, M. Wangari, W. Nuru, K. Otuko, R. Sanz, A. Ringera, I. Matano, A. Mitora, S. Ribes, M. Brew, J. Gorski, N. Nicolas, P. Stanulovic, S. Omondi, I. Furnival-Adams, J. Tunez, L. Mbarak, J. Vegove, V. Yaa, E. Mramba, S. Kibet, Y. Nyambura, N. Rotich, C. Wanjiru, S. Vura, M. Wanjiku, F. Sam, L. Collins, L. Xia, K. Hammann, F. Saute, F. Rudd, M. Rist, C. Jones, C. Mwangangi, J. Rabinovich, N. R.
N Engl J Med, (2025). 393:362-375

R21/Matrix-M malaria vaccine drives diverse immune responses in pre-exposed adults: insights from a phase IIb controlled human malaria infection trial.Kibwana, E. Bundi, C. Kimani, D. Nyamako, L. Keter, K. Mutiso, A. Ogwang, R. Bellamy, D. Rapi, K. Bajer, A. Provstgaard-Morys, S. Stockdale, L. Munoz, O. Datoo, M. S. Lawrie, A. Ramos-Lopez, F. Roberts, R. Hamaluba, M. Hill, A. V. S. Bejon, P. Ewer, K. J. Kapulu, M.
Front Immunol, (2025). 16:1620365

Aflatoxin exposure and mortality in acutely ill children: results from the CHAIN network cohort.Xia, L. Wu, H. Saleem, A. F. Mupere, E. Lancioni, C. Diallo, H. Potani, I. Ali, S. A. Voskuijl, W. Chisti, M. J. Shahid, Asmsb Timbwa, M. Mwaringa, S. Tigoi, C. Ngari, M. Singa, B. Tickell, K. D. Njunge, J. Bandsma, R. Ahmed, T. Berkley, J. Walson, J. L. Gong, Y. Routledge, M. N.
BMJ Glob Health, (2025). 10:

Vaccine-induced responses to R21/Matrix-M - an analysis of samples from a phase 1b age de-escalation, dose-escalation trial.Bundi, C. Bellamy, D. Kibwana, E. Nyamako, L. Ogwang, R. Keter, K. Kimani, D. Salman, A. M. Provstgaard-Morys, S. Stockdale, L. Hill, A. V. S. Bejon, P. Olotu, A. Hamaluba, M. Ewer, K. J. Kapulu, M. C.
Front Immunol, (2025). 16:1620366

Toxicity of ivermectin to bed bugs (Cimex hemipterus) and risk factors associated with infestation in Kwale County, coastal Kenya.Odongo, T. Omondi, I. Wanjiku, C. Okoko, M. Kiuru, C. Kariuki, M. Ringera, I. Otieno, B. Mure, F. Furnival-Adams, J. Gutierrez, A. S. Otuko, R. Rabinovich, N. R. Mwangangi, J. Chaccour, C. Maia, M. F.
Parasit Vectors, (2025). 18:269

Genomic surveillance reveals geographical heterogeneity and differences in known and novel insecticide resistance mechanisms in Anopheles arabiensis across Kenya.Polo, B. Bennett, K. L. Barasa, S. Brenas, J. Agumba, S. Mwangangi, J. Wachira, L. Kitur, S. Matoke-Muhia, D. Mburu, D. M. Ramaita, E. Juma, E. O. Mbogo, C. Ochomo, E. Clarkson, C. S. Miles, A. Kamau, L.
BMC Genomics, (2025). 26:599

Emergence and transmission dynamics of the FY.4 Omicron variant in Kenya.Musundi, S. Mwanga, M. Lambisia, A. Morobe, J. M. Murunga, N. Moraa, E. Ndwiga, L. Cheruiyot, R. Musyoki, J. Mutunga, M. Guzman-Rincon, L. M. Sande, C. Mwangangi, J. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Nokes, D. J. Agoti, C. N. Nyiro, J. Githinji, G.
Virus Evol, (2025). 11:veaf035

Phenotypic and genotypic insecticide resistance profiles of main malaria vectors in Kwale county, coastal Kenya.Okoko, M. Karisa, J. Gona, R. Odongo, T. Otieno, B. Yaa, F. Bartilol, B. Meli, P. Ondieki, Z. Tuwei, M. Wanjiku, C. Shee, F. Chaccour, C. Kiuru, C. Maia, M. F.
Malar J, (2025). 24:191

The genome sequence of varicella-zoster virus (Varicellovirus humanalpha3) obtained by metagenomics from a patient presenting with an exanthem rash.Musundi, S. Okanda, D. Lambisia, A. Morobe, J. M. Muthanje, E. Ochola-Oyier, L. I. Carter, D. P. Agoti, C. N. Kiiru, J. Githinji, G.
Microbiol Resour Announc, (2025). 14:e0024825

OSBPL11 is an African-specific locus associated with 25-hydroxyvitamin D concentrations and cardiometabolic health.Mogire, R. M. Muriuki, J. M. Bayimenye, R. F. Mentzer, A. J. Chong, A. Gouveia, M. H. Bentley, A. R. Band, G. King'ori, P. Mitchell, R. Webb, E. L. Sengupta, D. Ekunwe, L. Ndungu, F. M. Morovat, A. Macharia, A. W. Cutland, C. L. Hemani, G. Sirima, S. B. Ramsay, M. Figueiredo, C. A. Prentice, A. M. Madhi, S. A. Raffield, L. M. Sandhu, M. S. Bejon, P. Smith, G. D. Elliott, A. M. Williams, T. N. Rotimi, C. Bourne, C. R. Burgett, A. Adeyemo, A. Atkinson, S. H.
medRxiv, (2025). :

COVID-19 mortality in Africa and Asia - Authors' reply.Bejon, P. Agweyu, A. Oyier, I. Hamaluba, M. Kamuya, D. Kinyanjui, S. Barasa, E.
Lancet Infect Dis, (2025). 25:e440

Safety and broad immunogenicity of HIVconsvX conserved mosaic candidate T-cell vaccines vectored by ChAdOx1 and MVA in HIV-CORE 006: a double-blind, randomised, placebo-controlled phase 1 trial in healthy adults living without HIV-1 in eastern and southern Africa.Chanda, C. Kibengo, F. Mutua, M. Ogada, F. Muturi-Kioi, V. Akis Yildirim, B. M. Amondi, M. Baines, A. Basajja, V. Borthwick, N. Bosire, K. Chambula, E. Chetty, P. Chinyenze, K. Chirro, O. Crook, A. De Bont, J. Fernandez, N. Ejou, P. Farah, B. Glaze, M. Gombe, B. Gumbe, A. Hayes, P. Itwi, S. Juma, S. Kabarambi, A. Kabengele, C. Kafeero, P. Kakande, A. Kanungi, J. Kidega, W. King, D. Mahira, R. Malogo, R. Matsoso, M. Michelo, C. Moyo, A. Mugaba, S. Mugenya, I. Muhumuza, P. Mujadidi, Y. F. Muriuki, M. Musale, V. Mutua, G. Muwowo, M. Mwale, F. Mwangi, I. Nakimbugwe, M. Namuyanja, A. Nduati, E. Nielsen, L. Nyange, J. Oino, G. Okech, B. Omosa-Manyonyi, G. Otieno, D. Palmer, S. Phiri, H. Ramko, K. Rutishauser, R. L. Sayeed, E. Sajabi, R. Serwanga, J. G. T. Wee E Wenden, C. Cicconi, P. Fast, P. Gilmour, J. Jaoko, W. Kaleebu, P. Kilembe, W. Kuipers, H. Sanders, E. J. Hanke, T.
Lancet Microbe, (2025). 6:101041

Genetic diversity and natural selection of Plasmodium falciparum Pf41 vaccine candidate in clinical isolates from Senegal.Sane, R. Sambe, B. S. Diagne, A. Faye, J. Sarr, F. D. Diaw, S. O. M. Sarr, I. Diatta, A. S. Diatta, H. A. M. Sembene, P. M. Vigan-Womas, I. Toure-Balde, A. Osier, F. Niang, M.
Sci Rep, (2025). 15:16516