Publications

Biosciences

COVID-19 transmission dynamics underlying epidemic waves in Kenya.Brand, S. P. C. Ojal, J. Aziza, R. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Nyagwange, J. Karanja, H. Gitonga, J. N. Mugo, D. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Murunga, N. Otiende, M. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Githinji, G. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Barasa, E.
Science, (2021). 374:989-994

Assessing the Level and Determinants of COVID-19 Vaccine Confidence in Kenya.Orangi, S. Pinchoff, J. Mwanga, D. Abuya, T. Hamaluba, M. Warimwe, G. Austrian, K. Barasa, E.
Vaccines (Basel), (2021). 9:

Malaria infection and severe disease risks in Africa.Paton, R. S. Kamau, A. Akech, S. Agweyu, A. Ogero, M. Mwandawiro, C. Mturi, N. Mohammed, S. Mpimbaza, A. Kariuki, S. Otieno, N. A. Nyawanda, B. O. Mohamed, A. F. Mtove, G. Reyburn, H. Gupta, S. Bejon, P. Lourenco, J. Snow, R. W.
Science, (2021). 373:926-931

Equity for excellence in academic institutions: a manifesto for change.Wedekind, L. Noe, A. Mokaya, J. Tamandjou, C. Kapulu, M. Ruecker, A. Kestelyn, E. Zimba, M. Khatamzas, E. Eziefula, A. C. Mackintosh, C. L. Nascimento, R. Ariana, P. Best, D. Gibbs, E. Dunachie, S. Hadley, G. Ravenswood, H. Young, B. Kamau, C. Marsh, K. McShane, H. Hale, R. McPhilbin, E. Ovseiko, P. V. Oxford Equity in Academia, consortium Surender, R. Worland, C. White, L. J. Matthews, P. C.
Wellcome Open Res, (2021). 6:142

Tracking the introduction and spread of SARS-CoV-2 in coastal Kenya.Githinji, G. de Laurent, Z. R. Mohammed, K. S. Omuoyo, D. O. Macharia, P. M. Morobe, J. M. Otieno, E. Kinyanjui, S. M. Agweyu, A. Maitha, E. Kitole, B. Suleiman, T. Mwakinangu, M. Nyambu, J. Otieno, J. Salim, B. Kasera, K. Kiiru, J. Aman, R. Barasa, E. Warimwe, G. Bejon, P. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Nat Commun, (2021). 12:4809

Understanding the benefits and burdens associated with a malaria human infection study in Kenya: experiences of study volunteers and other stakeholders.Chi, P. C. Owino, E. A. Jao, I. Olewe, F. Ogutu, B. Bejon, P. Kapulu, M. Kamuya, D. Marsh, V. Chmi-Sika Study Team
Trials, (2021). 22:494

Improving statistical power in severe malaria genetic association studies by augmenting phenotypic precision.Watson, J. A. Ndila, C. M. Uyoga, S. Macharia, A. Nyutu, G. Mohammed, S. Ngetsa, C. Mturi, N. Peshu, N. Tsofa, B. Rockett, K. Leopold, S. Kingston, H. George, E. C. Maitland, K. Day, N. P. Dondorp, A. M. Bejon, P. Williams, T. N. Holmes, C. C. White, N. J.
Elife, (2021). 10:

Chronic Immune Activation and CD4(+) T Cell Lymphopenia in Healthy African Individuals: Perspectives for SARS-CoV-2 Vaccine Efficacy.Wolday, D. Ndungu, F. M. Gomez-Perez, G. P. de Wit, T. F. R.
Front Immunol, (2021). 12:693269

Temporal trends of SARS-CoV-2 seroprevalence during the first wave of the COVID-19 epidemic in Kenya.Adetifa, I. M. O. Uyoga, S. Gitonga, J. N. Mugo, D. Otiende, M. Nyagwange, J. Karanja, H. K. Tuju, J. Wanjiku, P. Aman, R. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Rombo, C. Yegon, C. Kithi, K. Odhiambo, E. Rotich, T. Orgut, I. Kihara, S. Bottomley, C. Kagucia, E. W. Gallagher, K. E. Etyang, A. Voller, S. Lambe, T. Wright, D. Barasa, E. Tsofa, B. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Agweyu, A. Scott, J. A. G. Warimwe, G. M.
Nat Commun, (2021). 12:3966

Identifying prognostic factors of severe metabolic acidosis and uraemia in African children with severe falciparum malaria: a secondary analysis of a randomized trial.Mzumara, G. Leopold, S. Marsh, K. Dondorp, A. Ohuma, E. O. Mukaka, M.
Malar J, (2021). 20:282

The Plasmodium falciparum Rh5 invasion protein complex reveals an excess of rare variant mutations.Ndwiga, L. Osoti, V. Ochwedo, K. O. Wamae, K. Bejon, P. Rayner, J. C. Githinji, G. Ochola-Oyier, L. I.
Malar J, (2021). 20:278

Epilepsy in Onchocerca volvulus Sero-Positive Patients From Northern Uganda-Clinical, EEG and Brain Imaging Features.Ogwang, R. Ningwa, A. Akun, P. Bangirana, P. Anguzu, R. Mazumder, R. Salamon, N. Henning, O. J. Newton, C. R. Abbo, C. Mwaka, A. D. Marsh, K. Idro, R.
Front Neurol, (2021). 12:687281

A review of the frequencies of Plasmodium falciparum Kelch 13 artemisinin resistance mutations in Africa.Ndwiga, L. Kimenyi, K. M. Wamae, K. Osoti, V. Akinyi, M. Omedo, I. Ishengoma, D. S. Duah-Quashie, N. Andagalu, B. Ghansah, A. Amambua-Ngwa, A. Tukwasibwe, S. Tessema, S. K. Karema, C. Djimde, A. A. Dondorp, A. M. Raman, J. Snow, R. W. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I.
Int J Parasitol Drugs Drug Resist, (2021). 16:155-161

Arterolane-piperaquine-mefloquine versus arterolane-piperaquine and artemether-lumefantrine in the treatment of uncomplicated Plasmodium falciparum malaria in Kenyan children: a single-centre, open-label, randomised, non-inferiority trial.Hamaluba, M. van der Pluijm, R. W. Weya, J. Njuguna, P. Ngama, M. Kalume, P. Mwambingu, G. Ngetsa, C. Wambua, J. Boga, M. Mturi, N. Lal, A. A. Khuroo, A. Taylor, W. R. J. Goncalves, S. Miotto, O. Dhorda, M. Mutinda, B. Mukaka, M. Waithira, N. Hoglund, R. M. Imwong, M. Tarning, J. Day, N. P. J. White, N. J. Bejon, P. Dondorp, A. M.
Lancet Infect Dis, (2021). 21:1395-1406

Determinants of the varied profiles of Plasmodium falciparum infections among infants living in Kintampo, Ghana.Botwe, A. K. Oppong, F. B. Gyaase, S. Owusu-Agyei, S. Asghar, M. Asante, K. P. Farnert, A. Osier, F.
Malar J, (2021). 20:240

Systemic and cerebrospinal fluid immune and complement activation in Ugandan children and adolescents with long-standing nodding syndrome: A case-control study.Ogwang, R. Muhanguzi, D. Mwikali, K. Anguzu, R. Kubofcik, J. Nutman, T. B. Taylor, M. Newton, C. R. Vincent, A. Conroy, A. L. Marsh, K. Idro, R.
Epilepsia Open, (2021). 6:297-309

protGear: A protein microarray data pre-processing suite.Mwai, K. Kibinge, N. Tuju, J. Kamuyu, G. Kimathi, R. Mburu, J. Chepsat, E. Nyamako, L. Chege, T. Nkumama, I. Kinyanjui, S. Musenge, E. Osier, F.
Comput Struct Biotechnol J, (2021). 19:2518-2525

Spatial-temporal clustering of malaria using routinely collected health facility data on the Kenyan Coast.Kamau, A. Mtanje, G. Mataza, C. Bejon, P. Snow, R. W.
Malar J, (2021). 20:227

Prevalence and predictors of vitamin D deficiency in young African children.Mogire, R. M. Morovat, A. Muriuki, J. M. Mentzer, A. J. Webb, E. L. Kimita, W. Ndungu, F. M. Macharia, A. W. Cutland, C. L. Sirima, S. B. Diarra, A. Tiono, A. B. Lule, S. A. Madhi, S. A. Sandhu, M. S. Prentice, A. M. Bejon, P. Pettifor, J. M. Elliott, A. M. Adeyemo, A. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
BMC Med, (2021). 19:115

Entomological and Anthropological Factors Contributing to Persistent Malaria Transmission in Kenya, Ethiopia, and Cameroon.Bamou, R. Rono, M. Degefa, T. Midega, J. Mbogo, C. Ingosi, P. Kamau, A. Ambelu, A. Birhanu, Z. Tushune, K. Kopya, E. Awono-Ambene, P. Tchuinkam, T. Njiokou, F. Yewhalaw, D. Antonio Nkondjio, C. Mwangangi, J.
J Infect Dis, (2021). 223:S155-S170