Global disparities in SARS-CoV-2 genomic surveillance.
Brito, A. F., Semenova, E., Dudas, G., Hassler, G. W., Kalinich, C. C., Kraemer, M. U. G., Ho, J., Tegally, H., Githinji, G., Agoti, C. N., Matkin, L. E., Whittaker, C., Howden, B. P., Sintchenko, V., Zuckerman, N. S., Mor, O., Blankenship, H. M., de Oliveira, T., Lin, R. T. P., Siqueira, M. M., Resende, P. C., Vasconcelos, A. T. R., Spilki, F. R., Aguiar, R. S., Alexiev, I., Ivanov, I. N., Philipova, I., Carrington, C. V. F., Sahadeo, N. S. D., Branda, B., Gurry, C., Maurer-Stroh, S., Naidoo, D., von Eije, K. J., Perkins, M. D., van Kerkhove, M., Hill, S. C., Sabino, E. C., Pybus, O. G., Dye, C., Bhatt, S., Flaxman, S., Suchard, M. A., Grubaugh, N. D., Baele, G., Faria, N. R.
Nat Commun, (2022). 13:7003

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.
Tegally, H., San, J. E., Cotten, M., Moir, M., Tegomoh, B., Mboowa, G., Martin, D. P., Baxter, C., Lambisia, A. W., Diallo, A., Amoako, D. G., Diagne, M. M., Sisay, A., Zekri, A. N., Gueye, A. S., Sangare, A. K., Ouedraogo, A. S., Sow, A., Musa, A. O., Sesay, A. K., Abias, A. G., Elzagheid, A. I., Lagare, A., Kemi, A. S., Abar, A. E., Johnson, A. A., Fowotade, A., Oluwapelumi, A. O., Amuri, A. A., Juru, A., Kandeil, A., Mostafa, A., Rebai, A., Sayed, A., Kazeem, A., Balde, A., Christoffels, A., Trotter, A. J., Campbell, A., Keita, A. K., Kone, A., Bouzid, A., Souissi, A., Agweyu, A., Naguib, A., Gutierrez, A. V., Nkeshimana, A., Page, A. J., Yadouleton, A., Vinze, A., Happi, A. N., Chouikha, A., Iranzadeh, A., Maharaj, A., Batchi-Bouyou, A. L., Ismail, A., Sylverken, A. A., Goba, A., Femi, A., Sijuwola, A. E., Marycelin, B., Salako, B. L., Oderinde, B. S., Bolajoko, B., Diarra, B., Herring, B. L., Tsofa, B., Lekana-Douki, B., Mvula, B., Njanpop-Lafourcade, B. M., Marondera, B. T., Khaireh, B. A., Kouriba, B., Adu, B., Pool, B., McInnis, B., Brook, C., Williamson, C., Nduwimana, C., Anscombe, C., Pratt, C. B., Scheepers, C., Akoua-Koffi, C. G., Agoti, C. N., Mapanguy, C. M., Loucoubar, C., Onwuamah, C. K., Ihekweazu, C., Malaka, C. N., Peyrefitte, C., Grace, C., Omoruyi, C. E., Rafai, C. D., Morang'a, C. M., Erameh, C., Lule, D. B., Bridges, D. J., Mukadi-Bamuleka, D., Park, D., Rasmussen, D. A., Baker, D., Nokes, D. J., Ssemwanga, D., Tshiabuila, D., Amuzu, D. S. Y., Goedhals, D., Grant, D. S., Omuoyo, D. O., Maruapula, D., Wanjohi, D. W., Foster-Nyarko, E., Lusamaki, E. K., Simulundu, E., Ong'era, E. M., Ngabana, E. N., Abworo, E. O., Otieno, E., Shumba, E., Barasa, E., Ahmed, E. B., Ahmed, E. A., Lokilo, E., Mukantwari, E., Philomena, E., Belarbi, E., Simon-Loriere, E., Anoh, E. A., Manuel, E., Leendertz, F., Taweh, F. M., Wasfi, F., Abdelmoula, F., Takawira, F. T., Derrar, F., Ajogbasile, F. V., Treurnicht, F., Onikepe, F., Ntoumi, F., Muyembe, F. M., Ragomzingba, F. E. Z., Dratibi, F. A., Iyanu, F. A., Mbunsu, G. K., Thilliez, G., Kay, G. L., Akpede, G. O., van Zyl, G. U., Awandare, G. A., Kpeli, G. S., Schubert, G., Maphalala, G. P., Ranaivoson, H. C., Omunakwe, H. E., Onywera, H., Abe, H., Karray, H., Nansumba, H., Triki, H., Kadjo, H. A. A., Elgahzaly, H., Gumbo, H., Mathieu, H., Kavunga-Membo, H., Smeti, I., Olawoye, I. B., Adetifa, I. M. O., Odia, I., Ben Boubaker, I. B., Mohammad, I. A., Ssewanyana, I., Wurie, I., Konstantinus, I. S., Halatoko, J. W. A., Ayei, J., Sonoo, J., Makangara, J. C., Tamfum, J. M., Heraud, J. M., Shaffer, J. G., Giandhari, J., Musyoki, J., Nkurunziza, J., Uwanibe, J. N., Bhiman, J. N., Yasuda, J., Morais, J., Kiconco, J., Sandi, J. D., Huddleston, J., Odoom, J. K., Morobe, J. M., Gyapong, J. O., Kayiwa, J. T., Okolie, J. C., Xavier, J. S., Gyamfi, J., Wamala, J. F., Bonney, J. H. K., Nyandwi, J., Everatt, J., Nakaseegu, J., Ngoi, J. M., Namulondo, J., Oguzie, J. U., Andeko, J. C., Lutwama, J. J., Mogga, J. J. H., O'Grady, J., Siddle, K. J., Victoir, K., Adeyemi, K. T., Tumedi, K. A., Carvalho, K. S., Mohammed, K. S., Dellagi, K., Musonda, K. G., Duedu, K. O., Fki-Berrajah, L., Singh, L., Kepler, L. M., Biscornet, L., de Oliveira Martins, L., Chabuka, L., Olubayo, L., Ojok, L. D., Deng, L. L., Ochola-Oyier, L. I., Tyers, L., Mine, M., Ramuth, M., Mastouri, M., ElHefnawi, M., Mbanne, M., Matsheka, M. I., Kebabonye, M., Diop, M., Momoh, M., Lima Mendonca, M. D. L., Venter, M., Paye, M. F., Faye, M., Nyaga, M. M., Mareka, M., Damaris, M. M., Mburu, M. W., Mpina, M. G., Owusu, M., Wiley, M. R., Tatfeng, M. Y., Ayekaba, M. O., Abouelhoda, M., Beloufa, M. A., Seadawy, M. G., Khalifa, M. K., Matobo, M. M., Kane, M., Salou, M., Mbulawa, M. B., Mwenda, M., Allam, M., Phan, M. V. T., Abid, N., Rujeni, N., Abuzaid, N., Ismael, N., Elguindy, N., Top, N. M., Dia, N., Mabunda, N., Hsiao, N. Y., Silochi, N. B., Francisco, N. M., Saasa, N., Bbosa, N., Murunga, N., Gumede, N., Wolter, N., Sitharam, N., Ndodo, N., Ajayi, N. A., Tordo, N., Mbhele, N., Razanajatovo, N. H., Iguosadolo, N., Mba, N., Kingsley, O. C., Sylvanus, O., Femi, O., Adewumi, O. M., Testimony, O., Ogunsanya, O. A., Fakayode, O., Ogah, O. E., Oludayo, O. E., Faye, O., Smith-Lawrence, P., Ondoa, P., Combe, P., Nabisubi, P., Semanda, P., Oluniyi, P. E., Arnaldo, P., Quashie, P. K., Okokhere, P. O., Bejon, P., Dussart, P., Bester, P. A., Mbala, P. K., Kaleebu, P., Abechi, P., El-Shesheny, R., Joseph, R., Aziz, R. K., Essomba, R. G., Ayivor-Djanie, R., Njouom, R., Phillips, R. O., Gorman, R., Kingsley, R. A., Neto Rodrigues, R. M. D. E. S. A., Audu, R. A., Carr, R. A. A., Gargouri, S., Masmoudi, S., Bootsma, S., Sankhe, S., Mohamed, S. I., Femi, S., Mhalla, S., Hosch, S., Kassim, S. K., Metha, S., Trabelsi, S., Agwa, S. H., Mwangi, S. W., Doumbia, S., Makiala-Mandanda, S., Aryeetey, S., Ahmed, S. S., Ahmed, S. M., Elhamoumi, S., Moyo, S., Lutucuta, S., Gaseitsiwe, S., Jalloh, S., Andriamandimby, S. F., Oguntope, S., Grayo, S., Lekana-Douki, S., Prosolek, S., Ouangraoua, S., van Wyk, S., Schaffner, S. F., Kanyerezi, S., Ahuka-Mundeke, S., Rudder, S., Pillay, S., Nabadda, S., Behillil, S., Budiaki, S. L., van der Werf, S., Mashe, T., Mohale, T., Le-Viet, T., Velavan, T. P., Schindler, T., Maponga, T. G., Bedford, T., Anyaneji, U. J., Chinedu, U., Ramphal, U., George, U. E., Enouf, V., Nene, V., Gorova, V., Roshdy, W. H., Karim, W. A., Ampofo, W. K., Preiser, W., Choga, W. T., Ahmed, Y. A., Ramphal, Y., Bediako, Y., Naidoo, Y., Butera, Y., de Laurent, Z. R., Africa Pathogen Genomics, Initiative., Ouma, A. E. O., von Gottberg, A., Githinji, G., Moeti, M., Tomori, O., Sabeti, P. C., Sall, A. A., Oyola, S. O., Tebeje, Y. K., Tessema, S. K., de Oliveira, T., Happi, C., Lessells, R., Nkengasong, J., Wilkinson, E.
Science, (2022). :eabq5358

Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Seychelles, 2020-2021.
Morobe, J. M., Pool, B., Marie, L., Didon, D., Lambisia, A. W., Makori, T., Mohammed, K. S., de Laurent, Z. R., Ndwiga, L., Mburu, M. W., Moraa, E., Murunga, N., Musyoki, J., Mwacharo, J., Nyamako, L., Riako, D., Ephnatus, P., Gambo, F., Naimani, J., Namulondo, J., Tembo, S. Z., Ogendi, E., Balde, T., Dratibi, F. A., Yahaya, A. A., Gumede, N., Achilla, R. A., Borus, P. K., Wanjohi, D. W., Tessema, S. K., Mwangangi, J., Bejon, P., Nokes, D. J., Ochola-Oyier, L. I., Githinji, G., Biscornet, L., Agoti, C. N.
Viruses, (2022). 14:1318

Transmission networks of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya during the first two waves: A retrospective genomic study.
Agoti, C. N., Ochola-Oyier, L. I., Dellicour, S., Mohammed, K. S., Lambisia, A. W., de Laurent, Z. R., Morobe, J. M., Mburu, M. W., Omuoyo, D. O., Ongera, E. M., Ndwiga, L., Maitha, E., Kitole, B., Suleiman, T., Mwakinangu, M., Nyambu, J. K., Otieno, J., Salim, B., Musyoki, J., Murunga, N., Otieno, E., Kiiru, J. N., Kasera, K., Amoth, P., Mwangangi, M., Aman, R., Kinyanjui, S., Warimwe, G., Phan, M., Agweyu, A., Cotten, M., Barasa, E., Tsofa, B., Nokes, D. J., Bejon, P., Githinji, G.
Elife, (2022). 11:e71703

Optimization of the SARS-CoV-2 ARTIC Network V4 Primers and Whole Genome Sequencing Protocol.
Lambisia, A. W., Mohammed, K. S., Makori, T. O., Ndwiga, L., Mburu, M. W., Morobe, J. M., Moraa, E. O., Musyoki, J., Murunga, N., Mwangi, J. N., Nokes, D. J., Agoti, C. N., Ochola-Oyier, L. I., Githinji, G.
Front Med (Lausanne), (2022). 9:836728