Publications

Epidemiology and Demography

Spatial heterogeneity of low-birthweight deliveries on the Kenyan coast.Musau, M. M. Mwakio, S. Amadi, D. Nyaguara, A. Bejon, P. Berkley, J. A. Snow, R. W. Kamau, A.
BMC Pregnancy Childbirth, (2023). 23:270

Genomic epidemiology of human adenovirus F40 and F41 in coastal Kenya: A retrospective hospital-based surveillance study (2013-2022).Lambisia, A. W. Makori, T. O. Mutunga, M. Cheruiyot, R. Murunga, N. Quick, J. Githinji, G. Nokes, D. J. Houldcroft, C. J. Agoti, C. N.
Virus Evol, (2023). 9:vead023

Phylogenomic analysis uncovers a 9-year variation of Uganda influenza type-A strains from the WHO-recommended vaccines and other Africa strains.Nabakooza, G. Owuor, D. C. de Laurent, Z. R. Galiwango, R. Owor, N. Kayiwa, J. T. Jjingo, D. Agoti, C. N. Nokes, D. J. Kateete, D. P. Kitayimbwa, J. M. Frost, S. D. W. Lutwama, J. J.
Sci Rep, (2023). 13:5516

Estimating the cost-effectiveness of maternal vaccination and monoclonal antibodies for respiratory syncytial virus in Kenya and South Africa.Koltai, M. Moyes, J. Nyawanda, B. Nyiro, J. Munywoki, P. K. Tempia, S. Li, X. Antillon, M. Bilcke, J. Flasche, S. Beutels, P. Nokes, D. J. Cohen, C. Jit, M.
BMC Med, (2023). 21:120

Estimates of the national burden of respiratory syncytial virus in Kenyan children aged under 5 years, 2010-2018.Nyawanda, B. O. Murunga, N. Otieno, N. A. Bigogo, G. Nyiro, J. U. Vodicka, E. Bulterys, M. Nokes, D. J. Munywoki, P. K. Emukule, G. O.
BMC Med, (2023). 21:122

Recurrent spontaneous Escherichia coli meningitis in an adult: a case report.Amulele, A. V. Ong'ayo, G. Arara, A. M. Machanja, E. W. Etyang, A. Aliyan, N. A. Wareham, D. W. Berkley, J. A. Gordon, N. C.
JAC Antimicrob Resist, (2023). 5:dlad029

A systematic review of Hepatitis B virus (HBV) prevalence and genotypes in Kenya: Data to inform clinical care and health policy.Downs, L. O. Campbell, C. Yonga, P. Githinji, G. Ansari, M. A. Matthews, P. C. Etyang, A. O.
PLOS Glob Public Health, (2023). 3:e0001165

Toward a global virus genomic surveillance network.Hill, V. Githinji, G. Vogels, C. B. F. Bento, A. I. Chaguza, C. Carrington, C. V. F. Grubaugh, N. D.
Cell Host Microbe, (2023). 31:861-873

Regular measurement is essential but insufficient to improve quality of healthcare.Agweyu, A. Hill, K. Diaz, T. Jackson, D. Hailu, B. G. Muzigaba, M.
BMJ, (2023). 380:e073412

Cardiovascular abnormalities in chest radiographs of children with pneumonia, Uganda.Nabawanuka, E. Ameda, F. Erem, G. Bugeza, S. Opoka, R. O. Kiguli, S. Amorut, D. Aloroker, F. Olupot-Olupot, P. Mnjalla, H. Mpoya, A. Maitland, K.
Bull World Health Organ, (2023). 101:202-210

Anti-merozoite antibodies induce natural killer cell effector function and are associated with immunity against malaria.Odera, D. O. Tuju, J. Mwai, K. Nkumama, I. N. Furle, K. Chege, T. Kimathi, R. Diehl, S. Musasia, F. K. Rosenkranz, M. Njuguna, P. Hamaluba, M. Kapulu, M. C. Frank, R. Chmi-Sika Study Team Osier, F. H. A. Abdi, A. I. Chi, P. C. de Laurent, Z. Jao, I. Kamuya, D. Kamuyu, G. Makale, J. Murungi, L. Musyoki, J. Muthui, M. Mwacharo, J. Kariuki, S. Mwanga, D. Mwongeli, J. Ndungu, F. Njue, M. Nyangweso, G. Kimani, D. Ngoi, J. M. Musembi, J. Ngoto, O. Otieno, E. Ooko, M. Shangala, J. Wambua, J. Mohammed, K. S. Omuoyo, D. Mosobo, M. Kibinge, N. Kinyanjui, S. Bejon, P. Lowe, B. Marsh, K. Marsh, V. Abebe, Y. Billingsley, P. F. Sim, B. K. L. Hoffman, S. L. James, E. R. Richie, T. L. Audi, A. Olewe, F. Oloo, J. Ongecha, J. Ongas, M. O. Koskei, N. Bull, P. C. Hodgson, S. H. Kivisi, C. Imwong, M. Murphy, S. C. Ogutu, B. Tarning, J. Winterberg, M. Williams, T. N.
Sci Transl Med, (2023). 15:eabn5993

Trends in inpatient and post-discharge mortality among young infants admitted to Kilifi County Hospital, Kenya: a retrospective cohort study.Talbert, A. Ngari, M. Obiero, C. Nyaguara, A. Mwangome, M. Mturi, N. Ouma, N. Otiende, M. Berkley, J.
BMJ Open, (2023). 13:e067482

The impact of the COVID-19 pandemic on vaccine coverage in Kilifi, Kenya: A retrospective cohort study.Lucinde, R. K. Karia, B. Ouma, N. Amadi, D. Nyundo, C. Mataza, C. Nyaguara, A. Scott, J. A. G. Gallagher, K. E. Kagucia, E.
Vaccine, (2023). 41:666-675

Serum immunoglobulin G and mucosal immunoglobulin A antibodies from prepandemic samples collected in Kilifi, Kenya, neutralize SARS-CoV-2 in vitro.Nyagwange, J. Kutima, B. Mwai, K. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. Mugo, D. Sein, Y. Wright, D. Omuoyo, D. O. Nyiro, J. U. Tuju, J. Nokes, D. J. Agweyu, A. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Scott, J. A. G. Lambe, T. Nduati, E. Agoti, C. Warimwe, G. M.
Int J Infect Dis, (2023). 127:11-16

Safety of age-dosed, single low-dose primaquine in children with glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency who are infected with Plasmodium falciparum in Uganda and the Democratic Republic of the Congo: a randomised, double-blind, placebo-controlled, non-inferiority trial.Taylor, W. R. Olupot-Olupot, P. Onyamboko, M. A. Peerawaranun, P. Weere, W. Namayanja, C. Onyas, P. Titin, H. Baseke, J. Muhindo, R. Kayembe, D. K. Ndjowo, P. O. Basara, B. B. Bongo, G. S. Okalebo, C. B. Abongo, G. Uyoga, S. Williams, T. N. Taya, C. Dhorda, M. Tarning, J. Dondorp, A. M. Waithira, N. Fanello, C. Maitland, K. Mukaka, M. Day, N. J. P.
Lancet Infect Dis, (2023). 23:471-483

Hydroxyurea treatment is associated with lower malaria incidence in children with sickle cell anemia in sub-Saharan Africa.Olupot-Olupot, P. Tomlinson, G. Williams, T. N. Tshilolo, L. Santos, B. Smart, L. R. McElhinney, K. Howard, T. A. Aygun, B. Stuber, S. E. Lane, A. Latham, T. S. Ware, R. E.
Blood, (2023). 141:1402-1410

Respiratory syncytial virus prevention within reach: the vaccine and monoclonal antibody landscape.Mazur, N. I. Terstappen, J. Baral, R. Bardaji, A. Beutels, P. Buchholz, U. J. Cohen, C. Crowe, J. E, Jr. Cutland, C. L. Eckert, L. Feikin, D. Fitzpatrick, T. Fong, Y. Graham, B. S. Heikkinen, T. Higgins, D. Hirve, S. Klugman, K. P. Kragten-Tabatabaie, L. Lemey, P. Libster, R. Lowensteyn, Y. Mejias, A. Munoz, F. M. Munywoki, P. K. Mwananyanda, L. Nair, H. Nunes, M. C. Ramilo, O. Richmond, P. Ruckwardt, T. J. Sande, C. Srikantiah, P. Thacker, N. Waldstein, K. A. Weinberger, D. Wildenbeest, J. Wiseman, D. Zar, H. J. Zambon, M. Bont, L.
Lancet Infect Dis, (2023). 23:e2-e21

Impact of Intermittent Presumptive Treatment for Malaria in Pregnancy on Hospital Birth Outcomes on the Kenyan Coast.Kamau, A. Musau, M. Mwakio, S. Amadi, D. Nyaguara, A. Bejon, P. Seale, A. C. Berkley, J. A. Snow, R. W.
Clin Infect Dis, (2023). 76:e875-e883

A pragmatic randomized controlled trial of standard care versus corticosteroids plus standard care for treatment of pneumonia in adults admitted to Kenyan hospitals (SONIA).Lucinde, R. Abdi, A. Orindi, B. Mwakio, S. Gathuri, H. Onyango, E. Chira, S. Ogero, M. Isaaka, L. Shangala, J. Oginga, I. N. Wachira, A. Manuthu, E. Kariuki, H. Nyikuli, J. Wekesa, C. Otedo, A. Bosire, H. Okoth, S. B. Ongalo, W. Mukabi, D. Lusamba, W. Muthui, B. Kirui, N. Adembesa, I. Mithi, C. Sood, M. Ahmed, N. Gituma, B. Ongaki, V. B. Giabe, M. Omondi, C. Ombajo, L. A. Kagucia, W. English, M. Hamaluba, M. Ochola-Oyier, L. I. Kamuya, D. Bejon, P. Agweyu, A. Akech, S. Etyang, A. O.
Wellcome Open Res, (2022). 7:269

SARS-CoV-2 seroprevalence in three Kenyan health and demographic surveillance sites, December 2020-May 2021.Etyang, A. O. Adetifa, I. Omore, R. Misore, T. Ziraba, A. K. Ng'oda, M. A. Gitau, E. Gitonga, J. Mugo, D. Kutima, B. Karanja, H. Toroitich, M. Nyagwange, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Aman, R. Amoth, P. Mwangangi, M. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Akech, D. Sigilai, A. Karia, B. Karani, A. Voller, S. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Otiende, M. Bottomley, C. Nyaguara, A. Uyoga, S. Gallagher, K. Kagucia, E. W. Onyango, D. Tsofa, B. Mwangangi, J. Maitha, E. Barasa, E. Bejon, P. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G. Agweyu, A.
PLOS Glob Public Health, (2022). 2:e0000883