Publications

Epidemiology and Demography

A26 Transmission patterns and evolution of RSV in a community outbreak identified by genomic analysis.Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Phan, M. V. T. Otieno, J. R. Kamau, E. Bett, A. Kombe, I. Githinji, G. Medley, G. F. Cane, P. A. Kellam, P. Cotton, M. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:

A49 Molecular evolutionary dynamics of respiratory syncytial virus group A in recurrent epidemics in coastal Kenya.Otieno, J. R. Agoti, C. N. Gitahi, C. W. Bett, A. Ngama, M. Medley, G. F. Cane, P. A. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:

Sustained reduction in vaccine-type invasive pneumococcal disease despite waning effects of a catch-up campaign in Kilifi, Kenya: A mathematical model based on pre-vaccination data.Ojal, J. Flasche, S. Hammitt, L. L. Akech, D. Kiti, M. C. Kamau, T. Adetifa, I. Nurhonen, M. Scott, J. A. G. Auranen, K.
Vaccine, (2017). 35:4561-4568

Global, regional, and national disease burden estimates of acute lower respiratory infections due to respiratory syncytial virus in young children in 2015: a systematic review and modelling study.Shi, T. McAllister, D. A. O'Brien, K. L. Simoes, E. A. F. Madhi, S. A. Gessner, B. D. Polack, F. P. Balsells, E. Acacio, S. Aguayo, C. Alassani, I. Ali, A. Antonio, M. Awasthi, S. Awori, J. O. Azziz-Baumgartner, E. Baggett, H. C. Baillie, V. L. Balmaseda, A. Barahona, A. Basnet, S. Bassat, Q. Basualdo, W. Bigogo, G. Bont, L. Breiman, R. F. Brooks, W. A. Broor, S. Bruce, N. Bruden, D. Buchy, P. Campbell, S. Carosone-Link, P. Chadha, M. Chipeta, J. Chou, M. Clara, W. Cohen, C. de Cuellar, E. Dang, D. A. Dash-Yandag, B. Deloria-Knoll, M. Dherani, M. Eap, T. Ebruke, B. E. Echavarria, M. de Freitas Lazaro Emediato, C. C. Fasce, R. A. Feikin, D. R. Feng, L. Gentile, A. Gordon, A. Goswami, D. Goyet, S. Groome, M. Halasa, N. Hirve, S. Homaira, N. Howie, S. R. C. Jara, J. Jroundi, I. Kartasasmita, C. B. Khuri-Bulos, N. Kotloff, K. L. Krishnan, A. Libster, R. Lopez, O. Lucero, M. G. Lucion, F. Lupisan, S. P. Marcone, D. N. McCracken, J. P. Mejia, M. Moisi, J. C. Montgomery, J. M. Moore, D. P. Moraleda, C. Moyes, J. Munywoki, P. Mutyara, K. Nicol, M. P. Nokes, D. J. Nymadawa, P. da Costa Oliveira, M. T. Oshitani, H. Pandey, N. Paranhos-Baccala, G. Phillips, L. N. Picot, V. S. Rahman, M. Rakoto-Andrianarivelo, M. Rasmussen, Z. A. Rath, B. A. Robinson, A. Romero, C. Russomando, G. Salimi, V. Sawatwong, P. Scheltema, N. Schweiger, B. Scott, J. A. G. Seidenberg, P. Shen, K. Singleton, R. Sotomayor, V. Strand, T. A. Sutanto, A. Sylla, M. Tapia, M. D. Thamthitiwat, S. Thomas, E. D. Tokarz, R. Turner, C. Venter, M. Waicharoen, S. Wang, J. Watthanaworawit, W. Yoshida, L. M. Yu, H. Zar, H. J. Campbell, H. Nair, H. R. S. V. Global Epidemiology Network
Lancet, (2017). 390:946-958

Prevalence of Inherited Hemoglobin Disorders and Relationships with Anemia and Micronutrient Status among Children in Yaounde and Douala, Cameroon.Engle-Stone, R. Williams, T. N. Nankap, M. Ndjebayi, A. Gimou, M. M. Oyono, Y. Tarini, A. Brown, K. H. Green, R.
Nutrients, (2017). 9:

Assessing the efficiency of catch-up campaigns for the introduction of pneumococcal conjugate vaccine: a modelling study based on data from PCV10 introduction in Kilifi, Kenya.Flasche, S. Ojal, J. Le Polain de Waroux, O. Otiende, M. O'Brien, K. L. Kiti, M. Nokes, D. J. Edmunds, W. J. Scott, J. A. G.
BMC Med, (2017). 15:113

Safety of Induced Sputum Collection in Children Hospitalized With Severe or Very Severe Pneumonia.DeLuca, A. N. Hammitt, L. L. Kim, J. Higdon, M. M. Baggett, H. C. Brooks, W. A. Howie, S. R. C. Deloria Knoll, M. Kotloff, K. L. Levine, O. S. Madhi, S. A. Murdoch, D. R. Scott, J. A. G. Thea, D. M. Amornintapichet, T. Awori, J. O. Chuananon, S. Driscoll, A. J. Ebruke, B. E. Hossain, L. Jahan, Y. Kagucia, E. W. Kazungu, S. Moore, D. P. Mudau, A. Mwananyanda, L. Park, D. E. Prosperi, C. Seidenberg, P. Sylla, M. Tapia, M. D. Zaman, S. M. A. O'Brien, K. L. Perch Study Group
Clin Infect Dis, (2017). 64:S301-S308

Defining the vaccination window for respiratory syncytial virus (RSV) using age-seroprevalence data for children in Kilifi, Kenya.Nyiro, J. U. Kombe, I. K. Sande, C. J. Kipkoech, J. Kiyuka, P. K. Onyango, C. O. Munywoki, P. K. Kinyanjui, T. M. Nokes, D. J.
PLoS One, (2017). 12:e0177803

Resistance to malaria through structural variation of red blood cell invasion receptors.Leffler, E. M. Band, G. Busby, G. B. J. Kivinen, K. Le, Q. S. Clarke, G. M. Bojang, K. A. Conway, D. J. Jallow, M. Sisay-Joof, F. Bougouma, E. C. Mangano, V. D. Modiano, D. Sirima, S. B. Achidi, E. Apinjoh, T. O. Marsh, K. Ndila, C. M. Peshu, N. Williams, T. N. Drakeley, C. Manjurano, A. Reyburn, H. Riley, E. Kachala, D. Molyneux, M. Nyirongo, V. Taylor, T. Thornton, N. Tilley, L. Grimsley, S. Drury, E. Stalker, J. Cornelius, V. Hubbart, C. Jeffreys, A. E. Rowlands, K. Rockett, K. A. Spencer, C. C. A. Kwiatkowski, D. P. Malaria Genomic Epidemiology, Network
Science, (2017). 356:

Myocardial and haemodynamic responses to two fluid regimens in African children with severe malnutrition and hypovolaemic shock (AFRIM study).Obonyo, N. Brent, B. Olupot-Olupot, P. Boele van Hensbroek, M. Kuipers, I. Wong, S. Shiino, K. Chan, J. Fraser, J. van Woensel, J. B. M. Maitland, K.
Crit Care, (2017). 21:103

Transmission patterns and evolution of respiratory syncytial virus in a community outbreak identified by genomic analysis.Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Phan, M. V. T. Otieno, J. R. Kamau, E. Bett, A. Kombe, I. Githinji, G. Medley, G. F. Cane, P. A. Kellam, P. Cotten, M. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:vex006

Case-control vaccine effectiveness studies: Preparation, design, and enrollment of cases and controls.Verani, J. R. Baqui, A. H. Broome, C. V. Cherian, T. Cohen, C. Farrar, J. L. Feikin, D. R. Groome, M. J. Hajjeh, R. A. Johnson, H. L. Madhi, S. A. Mulholland, K. O'Brien, K. L. Parashar, U. D. Patel, M. M. Rodrigues, L. C. Santosham, M. Scott, J. A. Smith, P. G. Sommerfelt, H. Tate, J. E. Victor, J. C. Whitney, C. G. Zaidi, A. K. Zell, E. R.
Vaccine, (2017). 35:3295-3302

Case-control vaccine effectiveness studies: Data collection, analysis and reporting results.Verani, J. R. Baqui, A. H. Broome, C. V. Cherian, T. Cohen, C. Farrar, J. L. Feikin, D. R. Groome, M. J. Hajjeh, R. A. Johnson, H. L. Madhi, S. A. Mulholland, K. O'Brien, K. L. Parashar, U. D. Patel, M. M. Rodrigues, L. C. Santosham, M. Scott, J. A. Smith, P. G. Sommerfelt, H. Tate, J. E. Victor, J. C. Whitney, C. G. Zaidi, A. K. Zell, E. R.
Vaccine, (2017). 35:3303-3308

Blood Pressure and Arterial Stiffness in Kenyan Adolescents With alpha(+)Thalassemia.Etyang, A. O. Khayeka-Wandabwa, C. Kapesa, S. Muthumbi, E. Odipo, E. Wamukoya, M. Ngomi, N. Haregu, T. Kyobutungi, C. Tendwa, M. Makale, J. Macharia, A. Cruickshank, J. K. Smeeth, L. Scott, J. A. Williams, T. N.
J Am Heart Assoc, (2017). 6:

High Frequency of Blackwater Fever Among Children Presenting to Hospital With Severe Febrile Illnesses in Eastern Uganda.Olupot-Olupot, P. Engoru, C. Uyoga, S. Muhindo, R. Macharia, A. Kiguli, S. Opoka, R. O. Akech, S. Ndila, C. Nyeko, R. Mtove, G. Nteziyaremye, J. Chebet, M. George, E. C. Babiker, A. G. Gibb, D. M. Williams, T. N. Maitland, K.
Clin Infect Dis, (2017). 64:939-946

Human genetic and metabolite variation reveals that methylthioadenosine is a prognostic biomarker and an inflammatory regulator in sepsis.Wang, L. Ko, E. R. Gilchrist, J. J. Pittman, K. J. Rautanen, A. Pirinen, M. Thompson, J. W. Dubois, L. G. Langley, R. J. Jaslow, S. L. Salinas, R. E. Rouse, D. C. Moseley, M. A. Mwarumba, S. Njuguna, P. Mturi, N. Wellcome Trust Case Control, Consortium Kenyan Bacteraemia Study, Group Williams, T. N. Scott, J. A. Hill, A. V. Woods, C. W. Ginsburg, G. S. Tsalik, E. L. Ko, D. C.
Sci Adv, (2017). 3:e1602096

Mortality after Inpatient Treatment for Severe Pneumonia in Children: a Cohort Study.Ngari, M. M. Fegan, G. Mwangome, M. K. Ngama, M. J. Mturi, N. Scott, J. A. G. Bauni, E. Nokes, D. J. Berkley, J. A.
Paediatr Perinat Epidemiol, (2017). 31:233-242

Recent sequence variation in probe binding site affected detection of respiratory syncytial virus group B by real-time RT-PCR.Kamau, E. Agoti, C. N. Lewa, C. S. Oketch, J. Owor, B. E. Otieno, G. P. Bett, A. Cane, P. A. Nokes, D. J.
J Clin Virol, (2017). 88:21-25

Spread and Evolution of Respiratory Syncytial Virus A Genotype ON1, Coastal Kenya, 2010-2015.Otieno, J. R. Kamau, E. M. Agoti, C. N. Lewa, C. Otieno, G. Bett, A. Ngama, M. Cane, P. A. Nokes, D. J.
Emerg Infect Dis, (2017). 23:264-271

Characterisation of the opposing effects of G6PD deficiency on cerebral malaria and severe malarial anaemia.Clarke, G. M. Rockett, K. Kivinen, K. Hubbart, C. Jeffreys, A. E. Rowlands, K. Jallow, M. Conway, D. J. Bojang, K. A. Pinder, M. Usen, S. Sisay-Joof, F. Sirugo, G. Toure, O. Thera, M. A. Konate, S. Sissoko, S. Niangaly, A. Poudiougou, B. Mangano, V. D. Bougouma, E. C. Sirima, S. B. Modiano, D. Amenga-Etego, L. N. Ghansah, A. Koram, K. A. Wilson, M. D. Enimil, A. Evans, J. Amodu, O. K. Olaniyan, S. Apinjoh, T. Mugri, R. Ndi, A. Ndila, C. M. Uyoga, S. Macharia, A. Peshu, N. Williams, T. N. Manjurano, A. Sepulveda, N. Clark, T. G. Riley, E. Drakeley, C. Reyburn, H. Nyirongo, V. Kachala, D. Molyneux, M. Dunstan, S. J. Phu, N. H. Quyen, N. N. Thai, C. Q. Hien, T. T. Manning, L. Laman, M. Siba, P. Karunajeewa, H. Allen, S. Allen, A. Davis, T. M. Michon, P. Mueller, I. Molloy, S. F. Campino, S. Kerasidou, A. Cornelius, V. J. Hart, L. Shah, S. S. Band, G. Spencer, C. C. Agbenyega, T. Achidi, E. Doumbo, O. K. Farrar, J. Marsh, K. Taylor, T. Kwiatkowski, D. P. Malaria, G. E. N. Consortium
Elife, (2017). 6: