Publications

Epidemiology and Demography

Near-Complete Genome Sequences of Eight Human Astroviruses Recovered from Diarrheal Stool Samples of Hospitalized Children in Coastal Kenya in 2019.Lambisia, A. W. Phan, M. V. T. de Laurent, Z. R. Cotten, M. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Microbiol Resour Announc, (2021). 10:

Changes in Invasive Pneumococcal Disease Caused by Streptococcus pneumoniae Serotype 1 Following Introduction of PCV10 and PCV13: Findings from the PSERENADE Project.Bennett, J. C. Hetrich, M. K. Garcia Quesada, M. Sinkevitch, J. N. Deloria Knoll, M. Feikin, D. R. Zeger, S. L. Kagucia, E. W. Cohen, A. L. Ampofo, K. Brandileone, M. C. Bruden, D. Camilli, R. Castilla, J. Chan, G. Cook, H. Cornick, J. E. Dagan, R. Dalby, T. Danis, K. de Miguel, S. De Wals, P. Desmet, S. Georgakopoulou, T. Gilkison, C. Grgic-Vitek, M. Hammitt, L. L. Hilty, M. Ho, P. L. Jayasinghe, S. Kellner, J. D. Kleynhans, J. Knol, M. J. Kozakova, J. Kristinsson, K. G. Ladhani, S. N. MacDonald, L. Mackenzie, G. A. Mad'arova, L. McGeer, A. Mereckiene, J. Morfeldt, E. Mungun, T. Munoz-Almagro, C. Nuorti, J. P. Paragi, M. Pilishvili, T. Puentes, R. Saha, S. K. Sahu Khan, A. Savrasova, L. Scott, J. A. Skoczynska, A. Suga, S. van der Linden, M. Verani, J. R. von Gottberg, A. Winje, B. A. Yildirim, I. Zerouali, K. Hayford, K. The Pserenade, Team
Microorganisms, (2021). 9:

Employing learning health system principles to advance research on severe neonatal and paediatric illness in Kenya.English, M. Irimu, G. Akech, S. Aluvaala, J. Ogero, M. Isaaka, L. Malla, L. Tuti, T. Gathara, D. Oliwa, J. Agweyu, A.
BMJ Glob Health, (2021). 6:

UK prevalence of underlying conditions which increase the risk of severe COVID-19 disease: a point prevalence study using electronic health records.Walker, J. L. Grint, D. J. Strongman, H. Eggo, R. M. Peppa, M. Minassian, C. Mansfield, K. E. Rentsch, C. T. Douglas, I. J. Mathur, R. Wong, A. Y. S. Quint, J. K. Andrews, N. Bernal, J. L. Scott, J. A. Ramsay, M. Smeeth, L. McDonald, H. I.
BMC Public Health, (2021). 21:484

Malaria is a cause of iron deficiency in African children.Muriuki, J. M. Mentzer, A. J. Mitchell, R. Webb, E. L. Etyang, A. O. Kyobutungi, C. Morovat, A. Kimita, W. Ndungu, F. M. Macharia, A. W. Ngetsa, C. J. Makale, J. Lule, S. A. Musani, S. K. Raffield, L. M. Cutland, C. L. Sirima, S. B. Diarra, A. Tiono, A. B. Fried, M. Gwamaka, M. Adu-Afarwuah, S. Wirth, J. P. Wegmuller, R. Madhi, S. A. Snow, R. W. Hill, A. V. S. Rockett, K. A. Sandhu, M. S. Kwiatkowski, D. P. Prentice, A. M. Byrd, K. A. Ndjebayi, A. Stewart, C. P. Engle-Stone, R. Green, T. J. Karakochuk, C. D. Suchdev, P. S. Bejon, P. Duffy, P. E. Davey Smith, G. Elliott, A. M. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
Nat Med, (2021). 27:653-658

Endemic chikungunya fever in Kenyan children: a prospective cohort study.Nyamwaya, D. K. Otiende, M. Omuoyo, D. O. Githinji, G. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. R. de Laurent Z Otieno, J. R. Sang, R. Kamau, E. Cheruiyot, S. Otieno, E. Agoti, C. N. Bejon, P. Thumbi, S. M. Warimwe, G. M.
BMC Infect Dis, (2021). 21:186

Respiratory syncytial virus in young children: community cohort study integrating serological surveys, questionnaire and electronic health records, Born in Bradford cohort, England, 2008 to 2013.Zylbersztejn, A. Pembrey, L. Goldstein, H. Berbers, G. Schepp, R. van der Klis, F. Sande, C. Mason, D. Wright, J. Smyth, R. Hardelid, P.
Euro Surveill, (2021). 26:

The importance of supplementary immunisation activities to prevent measles outbreaks during the COVID-19 pandemic in Kenya.Mburu, C. N. Ojal, J. Chebet, R. Akech, D. Karia, B. Tuju, J. Sigilai, A. Abbas, K. Jit, M. Funk, S. Smits, G. van Gageldonk, P. G. M. van der Klis, F. R. M. Tabu, C. Nokes, D. J. Lshtm Cmmid Covid- Working Group Scott, J. Flasche, S. Adetifa, I.
BMC Med, (2021). 19:35

Impact of mobile phone delivered reminders and unconditional incentives on measles-containing vaccine timeliness and coverage: a randomised controlled trial in western Kenya.Kagucia, E. W. Ochieng, B. Were, J. Hayford, K. Obor, D. O'Brien, K. L. Gibson, D. G.
BMJ Glob Health, (2021). 6:

The utility of Escherichia coli as a contamination indicator for rural drinking water: Evidence from whole genome sequencing.Nowicki, S. deLaurent, Z. R. de Villiers, E. P. Githinji, G. Charles, K. J.
PLoS One, (2021). 16:e0245910

Integrating epidemiological and genetic data with different sampling intensities into a dynamic model of respiratory syncytial virus transmission.Kombe, I. K. Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Baguelin, M. Nokes, D. J. Medley, G. F.
Sci Rep, (2021). 11:1463

Undernutrition: a major but potentially preventable cause of poor outcomes in children living with sickle cell disease in Africa.Williams, T. N.
BMC Med, (2021). 19:17

Respiratory syncytial virus seasonality in three epidemiological zones of Kenya.Rose, E. B. Nyawanda, B. O. Munywoki, P. K. Murunga, N. Bigogo, G. M. Otieno, N. A. Onyango, C. Chaves, S. S. Verani, J. R. Emukule, G. O. Widdowson, M. A. Nokes, D. J. Gerber, S. I. Langley, G. E.
Influenza Other Respir Viruses, (2021). 15:195-201

Seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 IgG antibodies in Kenyan blood donors.Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Karanja, H. K. Nyagwange, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Aman, R. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Rombo, C. Yegon, C. Kithi, K. Odhiambo, E. Rotich, T. Orgut, I. Kihara, S. Otiende, M. Bottomley, C. Mupe, Z. N. Kagucia, E. W. Gallagher, K. E. Etyang, A. Voller, S. Gitonga, J. N. Mugo, D. Agoti, C. N. Otieno, E. Ndwiga, L. Lambe, T. Wright, D. Barasa, E. Tsofa, B. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Agweyu, A. Scott, J. A. G. Warimwe, G. M.
Science, (2021). 371:79-82

Risk factors for anaemia among Ghanaian women and children vary by population group and climate zone.Petry, N. Wirth, J. P. Adu-Afarwuah, S. Wegmuller, R. Woodruff, B. A. Tanumihardjo, S. A. Bentil, H. Donkor, W. E. S. Williams, T. N. Shahab-Ferdows, S. Selenje, L. Mahama, A. Steiner-Asiedu, M. Rohner, F.
Matern Child Nutr, (2021). 17:e13076

Plasma Plasmodium falciparum Histidine-rich Protein 2 Concentrations in Children With Malaria Infections of Differing Severity in Kilifi, Kenya.Uyoga, S. Wanjiku, P. Rop, J. C. Makale, J. Macharia, A. W. Nyutu, G. M. Shebe, M. Awuondo, K. A. Mturi, N. Woodrow, C. J. Dondorp, A. M. Maitland, K. Williams, T. N.
Clin Infect Dis, (2021). 73:e2415-e2423

Iron Deficiency Is Associated With Reduced Levels of Plasmodium falciparum-specific Antibodies in African Children.Bundi, C. K. Nalwoga, A. Lubyayi, L. Muriuki, J. M. Mogire, R. M. Opi, H. Mentzer, A. J. Mugyenyi, C. K. Mwacharo, J. Webb, E. L. Bejon, P. Williams, T. N. Gikunju, J. K. Beeson, J. G. Elliott, A. M. Ndungu, F. M. Atkinson, S. H.
Clin Infect Dis, (2021). 73:43-49

Characteristics of SARS-CoV-2 infections in households in rural coastal Kenya: a prospective genomic study..Agoti, C.N. Nyiro, J. Murunga, N. Lambisia, A.W. Mohammed, K.S. de Laurent, Z.R. Morobe, J.M. Mburu, M.W. Ndwiga, L. Ongera, E.M. Makori, T. Musyoki, J. Mwangangi, J. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Bejon, P. Githinji, G. Nokes , D. J. Gallagher, K. E.
1st International Conference on Public Health in Africa (CPHIA-2021), (2021). :

Serosurveillance for SARS-CoV-2 Antibodies in a cohort of Health Care Workers in Kenya..Etyang, A. O. Lucinde, R. Gitonga, J. N. Kalu, C. Karani, A. Nyagwange, J. Mugo, D. Karanja, H. K. Tuju, J. Mutiso, A. Maroko, H. Okubi, L. Maitha, E. Mukabi, D. The HCW SARS-CoV-2 Serosurveillance Team, Aman, R. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. NgÔÇÖangÔÇÖa, W. Nyaguara, A. Voller, S. Otiende, M. Bottomley, C. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Adetifa, I.M.O. Gallagher, K. E. Uyoga, S. Barasa, E. Bejon, P. Tsofa, B. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G.
1st International Conference on Public Health in Africa (CPHIA), (2021). :

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Kenya: March 2020-October 2021..Githinji, G. Lambisia, W. A. Mohamed, K. S. Morobe, M. J. de Laurent, Z. R. Mburu, W. M. Ongera, M. E. Omuoyo, O. D. Ndwiga, L. Otieno, E. Murunga, N. Musyoki, J. KWTRP COVID Testing Team. Kilifi Rapid Response Team. Kiiru, J. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Kinyanjui, S. Warimwe, G. M. Agweyu, A. Barasa, E. Tsofa, B. Mwangangi, J. Matoke, D. Nokes, D. J. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N.
1st International Conference on Public Health in Africa (CPHIA-2021), (2021). :