Publications

Epidemiology and Demography

Comparative performance of WANTAI ELISA for total immunoglobulin to receptor binding protein and an ELISA for IgG to spike protein in detecting SARS-CoV-2 antibodies in Kenyan populations.Nyagwange, J. Kutima, B. Mwai, K. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. Mugo, D. Uyoga, S. Tuju, J. Ochola-Oyier, L. I. Ndungu, F. Bejon, P. Agweyu, A. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Warimwe, G. M.
J Clin Virol, (2022). 146:105061

Spatial-temporal distribution and sequence diversity of group a human respiratory syncytial viruses in Kenya preceding the emergence of ON1 genotype.Wangui, J. Nokes, D. J. Mobegi, V. A. Otieno, J. R. Agoti, C. N. Ngeranwa, J. J. N. Bulimo, W. D.
Influenza Other Respir Viruses, (2022). 16:501-510

Malaria protection due to sickle haemoglobin depends on parasite genotype.Band, G. Leffler, E. M. Jallow, M. Sisay-Joof, F. Ndila, C. M. Macharia, A. W. Hubbart, C. Jeffreys, A. E. Rowlands, K. Nguyen, T. Goncalves, S. Ariani, C. V. Stalker, J. Pearson, R. D. Amato, R. Drury, E. Sirugo, G. d'Alessandro, U. Bojang, K. A. Marsh, K. Peshu, N. Saelens, J. W. Diakite, M. Taylor, S. M. Conway, D. J. Williams, T. N. Rockett, K. A. Kwiatkowski, D. P.
Nature, (2022). 602:106-111

Hepcidin regulation in Kenyan children with severe malaria and non-typhoidal Salmonella bacteremia.Abuga, K. M. Muriuki, J. M. Uyoga, S. M. Mwai, K. Makale, J. Mogire, R. M. Macharia, A. W. Mohammed, S. Muthumbi, E. Mwarumba, S. Mturi, N. Bejon, P. Scott, J. A. G. Nairz, M. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
Haematologica, (2022). 107:1589-1598

Risk factors of anaemia and iron deficiency in Somali children and women: Findings from the 2019 Somalia Micronutrient Survey.Wirth, J. P. Sesay, F. Mbai, J. Ali, S. I. Donkor, W. E. S. Woodruff, B. A. Pilane, Z. Mohamud, K. M. Muse, A. Yussuf, H. O. Mohamed, W. S. Veraguth, R. Rezzi, S. Williams, T. N. Mohamoud, A. M. Mohamud, F. M. Galvin, M. Rohner, F. Katambo, Y. Petry, N.
Matern Child Nutr, (2022). 18:e13254

Seroprevalence of Antibodies to Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Among Healthcare Workers in Kenya.Etyang, A. O. Lucinde, R. Karanja, H. Kalu, C. Mugo, D. Nyagwange, J. Gitonga, J. Tuju, J. Wanjiku, P. Karani, A. Mutua, S. Maroko, H. Nzomo, E. Maitha, E. Kamuri, E. Kaugiria, T. Weru, J. Ochola, L. B. Kilimo, N. Charo, S. Emukule, N. Moracha, W. Mukabi, D. Okuku, R. Ogutu, M. Angujo, B. Otiende, M. Bottomley, C. Otieno, E. Ndwiga, L. Nyaguara, A. Voller, S. Agoti, C. N. Nokes, D. J. Ochola-Oyier, L. I. Aman, R. Amoth, P. Mwangangi, M. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Adetifa, I. M. O. Wangeci Kagucia, E. Gallagher, K. Uyoga, S. Tsofa, B. Barasa, E. Bejon, P. Scott, J. A. G. Agweyu, A. Warimwe, G. M.
Clin Infect Dis, (2022). 74:288-293

Pharmacokinetics and pharmacodynamics of azithromycin in severe malaria bacterial co-infection in African children (TABS-PKPD): a protocol for a Phase II randomised controlled trial.Olupot-Olupot, P. Okiror, W. Mnjalla, H. Muhindo, R. Uyoga, S. Mpoya, A. Williams, T. N. terHeine, R. Burger, D. M. Urban, B. Connon, R. George, E. C. Gibb, D. M. Walker, A. S. Maitland, K.
Wellcome Open Res, (2021). 6:161

Mortality in rural coastal Kenya measured using the Kilifi Health and Demographic Surveillance System: a 16-year descriptive analysis.Otiende, M. Bauni, E. Nyaguara, A. Amadi, D. Nyundo, C. Tsory, E. Walumbe, D. Kinuthia, M. Kihuha, N. Kahindi, M. Nyutu, G. Moisi, J. Deribew, A. Agweyu, A. Marsh, K. Tsofa, B. Bejon, P. Bottomley, C. Williams, T. N. Scott, J. A. G.
Wellcome Open Res, (2021). 6:327

Children's Oxygen Administration Strategies And Nutrition Trial (COAST-Nutrition): a protocol for a phase II randomised controlled trial.Kiguli, S. Olopot-Olupot, P. Alaroker, F. Engoru, C. Opoka, R. O. Tagoola, A. Hamaluba, M. Mnjalla, H. Mpoya, A. Mogaka, C. Nalwanga, D. Nabawanuka, E. Nokes, J. Nyaigoti, C. Briend, A. van Woensel, J. B. M. Grieve, R. Sadique, Z. Williams, T. N. Thomas, K. Harrison, D. A. Rowan, K. Maitland, K.
Wellcome Open Res, (2021). 6:221

Individual's daily behaviour and intergenerational mixing in different social contexts of Kenya.Del Fava, E. Adema, I. Kiti, M. C. Poletti, P. Merler, S. Nokes, D. J. Manfredi, P. Melegaro, A.
Sci Rep, (2021). 11:21589

Quantifying previous SARS-CoV-2 infection through mixture modelling of antibody levels.Bottomley, C. Otiende, M. Uyoga, S. Gallagher, K. Kagucia, E. W. Etyang, A. O. Mugo, D. Gitonga, J. Karanja, H. Nyagwange, J. Adetifa, I. M. O. Agweyu, A. Nokes, D. J. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G.
Nat Commun, (2021). 12:6196

Characterizing the Countrywide Epidemic Spread of Influenza A(H1N1)pdm09 Virus in Kenya between 2009 and 2018.Owuor, D. C. de Laurent, Z. R. Kikwai, G. K. Mayieka, L. M. Ochieng, M. Muller, N. F. Otieno, N. A. Emukule, G. O. Hunsperger, E. A. Garten, R. Barnes, J. R. Chaves, S. S. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Viruses, (2021). 13:

A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.Wilkinson, E. Giovanetti, M. Tegally, H. San, J. E. Lessells, R. Cuadros, D. Martin, D. P. Rasmussen, D. A. Zekri, A. N. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sesay, A. K. Priscilla, A. Kemi, A. S. Olubusuyi, A. M. Oluwapelumi, A. O. O. Hammami, A. Amuri, A. A. Sayed, A. Ouma, A. E. O. Elargoubi, A. Ajayi, N. A. Victoria, A. F. Kazeem, A. George, A. Trotter, A. J. Yahaya, A. A. Keita, A. K. Diallo, A. Kone, A. Souissi, A. Chtourou, A. Gutierrez, A. V. Page, A. J. Vinze, A. Iranzadeh, A. Lambisia, A. Ismail, A. Rosemary, A. Sylverken, A. Femi, A. Ibrahimi, A. Marycelin, B. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Dhaala, B. Herring, B. L. Njanpop-Lafourcade, B. M. Kleinhans, B. McInnis, B. Tegomoh, B. Brook, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Peyrefitte, C. Daubenberger, C. Morang'a, C. M. Nokes, D. J. Amoako, D. G. Bugembe, D. L. Park, D. Baker, D. Doolabh, D. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Bassirou, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Shumba, E. El Fahime, E. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Leendertz, F. Ajili, F. Enoch, F. O. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Mosha, F. S. Takawira, F. T. Derrar, F. Bouzid, F. Onikepe, F. Adeola, F. Muyembe, F. M. Tanser, F. Dratibi, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Githinji, G. van Zyl, G. Awandare, G. A. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Lemriss, H. Anise, H. Abe, H. Karray, H. H. Nansumba, H. Elgahzaly, H. A. Gumbo, H. Smeti, I. Ayed, I. B. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Gaaloul, I. Gazy, I. Mudau, I. Ssewanyana, I. Konstantinus, I. Lekana-Douk, J. B. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Li, J. Yasuda, J. Mends, J. Q. Kiconco, J. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Okolie, J. C. Kayiwa, J. T. Edwards, J. A. Gyamfi, J. Farah, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. O'Grady, J. Siddle, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Said, K. M. Hae-Young, K. Duedu, K. O. Belyamani, L. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Martins, L. O. Tyers, L. Ramuth, M. Mastouri, M. Aouni, M. El Hefnawi, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Turki, M. Paye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. Nwando, M. Owusu, M. Wiley, M. R. Youtchou, M. T. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Sekhele, M. Ouadghiri, M. Diagne, M. M. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Touil, N. Rujeni, N. Kharrat, N. Ismael, N. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Nsenga, N. Gumede, N. Mulder, N. Ndodo, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Judith, O. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Peter, O. Femi, O. Idowu, O. Testimony, O. Chukwuma, O. E. Ogah, O. E. Onwuamah, C. K. Cyril, O. Faye, O. Tomori, O. Ondoa, P. Combe, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Carr, R. A. A. El Kabbaj, S. Gargouri, S. Masmoudi, S. Sankhe, S. Lawal, S. B. Kassim, S. Trabelsi, S. Metha, S. Kammoun, S. Lemriss, S. Agwa, S. H. A. Calvignac-Spencer, S. Schaffner, S. F. Doumbia, S. Mandanda, S. M. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Elhamoumi, S. Andriamandimby, S. Tope, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. Mundeke, S. A. Rudder, S. Panji, S. Pillay, S. Engelbrecht, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Aanniz, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Schindler, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. Jessica, U. George, U. Fonseca, V. Enouf, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Sall, A. A. Rebai, A. von Gottberg, A. Kouriba, B. Williamson, C. Bridges, D. J. Chikwe, I. Bhiman, J. N. Mine, M. Cotten, M. Moyo, S. Gaseitsiwe, S. Saasa, N. Sabeti, P. C. Kaleebu, P. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. Happi, C. Nkengasong, J. de Oliveira, T.
Science, (2021). 374:423-431

Anti-Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Immunoglobulin G Antibody Seroprevalence Among Truck Drivers and Assistants in Kenya.Kagucia, E. W. Gitonga, J. N. Kalu, C. Ochomo, E. Ochieng, B. Kuya, N. Karani, A. Nyagwange, J. Karia, B. Mugo, D. Karanja, H. K. Tuju, J. Mutiso, A. Maroko, H. Okubi, L. Maitha, E. Ajuck, H. Mukabi, D. Moracha, W. Bulimu, D. Andanje, N. Aman, R. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Nyaguara, A. Voller, S. Otiende, M. Bottomley, C. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Adetifa, I. M. O. Etyang, A. O. Gallagher, K. E. Uyoga, S. Barasa, E. Bejon, P. Tsofa, B. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G. Magarini Sub-County Tda Sars-CoV-2 Serosurveillance Team, The Busia County T. D. A. Sars-CoV-Serosurveillance Team
Open Forum Infect Dis, (2021). 8:ofab314

COVID-19 transmission dynamics underlying epidemic waves in Kenya.Brand, S. P. C. Ojal, J. Aziza, R. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Nyagwange, J. Karanja, H. Gitonga, J. N. Mugo, D. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Murunga, N. Otiende, M. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Githinji, G. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Barasa, E.
Science, (2021). 374:989-994

Whole genome sequencing of two human rhinovirus A types (A101 and A15) detected in Kenya, 2016-2018.Luka, M. M. Kamau, E. de Laurent, Z. R. Morobe, J. M. Alii, L. K. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Wellcome Open Res, (2021). 6:178

Pulse oximetry adoption and oxygen orders at paediatric admission over 7 years in Kenya: a multihospital retrospective cohort study.Tuti, T. Aluvaala, J. Akech, S. Agweyu, A. Irimu, G. English, M. Clinical Information Network Author, Group
BMJ Open, (2021). 11:e050995

The ethical implications of verbal autopsy: responding to emotional and moral distress.Hinga, A. Marsh, V. Nyaguara, A. Wamukoya, M. Molyneux, S.
BMC Med Ethics, (2021). 22:118

Prevalence of SARS-CoV-2 Antibodies From a National Serosurveillance of Kenyan Blood Donors, January-March 2021.Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Otiende, M. Yegon, C. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G.
JAMA, (2021). 326:1436-1438

The Etiology of Pneumonia in HIV-uninfected Children in Kilifi, Kenya: Findings From the Pneumonia Etiology Research for Child Health (PERCH) Study.Awori, J. O. Kamau, A. Morpeth, S. Kazungu, S. Silaba, M. Sande, J. Karani, A. Nyongesa, S. Mwarumba, S. Musyimi, R. Bett, A. Wande, S. Shebe, M. Ngama, M. Munywoki, P. K. Muturi, N. Nokes, D. J. Feikin, D. R. Murdoch, D. R. Prosperi, C. O'Brien, K. L. Deloria Knoll, M. Hammitt, L. L. Scott, J. A. G.
Pediatr Infect Dis J, (2021). 40:S29-S39