Publications

Epidemiology and Demography

Characterizing the Countrywide Epidemic Spread of Influenza A(H1N1)pdm09 Virus in Kenya between 2009 and 2018.Owuor, D. C. de Laurent, Z. R. Kikwai, G. K. Mayieka, L. M. Ochieng, M. Muller, N. F. Otieno, N. A. Emukule, G. O. Hunsperger, E. A. Garten, R. Barnes, J. R. Chaves, S. S. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Viruses, (2021). 13:

A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa.Wilkinson, E. Giovanetti, M. Tegally, H. San, J. E. Lessells, R. Cuadros, D. Martin, D. P. Rasmussen, D. A. Zekri, A. N. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sesay, A. K. Priscilla, A. Kemi, A. S. Olubusuyi, A. M. Oluwapelumi, A. O. O. Hammami, A. Amuri, A. A. Sayed, A. Ouma, A. E. O. Elargoubi, A. Ajayi, N. A. Victoria, A. F. Kazeem, A. George, A. Trotter, A. J. Yahaya, A. A. Keita, A. K. Diallo, A. Kone, A. Souissi, A. Chtourou, A. Gutierrez, A. V. Page, A. J. Vinze, A. Iranzadeh, A. Lambisia, A. Ismail, A. Rosemary, A. Sylverken, A. Femi, A. Ibrahimi, A. Marycelin, B. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Dhaala, B. Herring, B. L. Njanpop-Lafourcade, B. M. Kleinhans, B. McInnis, B. Tegomoh, B. Brook, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Peyrefitte, C. Daubenberger, C. Morang'a, C. M. Nokes, D. J. Amoako, D. G. Bugembe, D. L. Park, D. Baker, D. Doolabh, D. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Bassirou, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Shumba, E. El Fahime, E. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Leendertz, F. Ajili, F. Enoch, F. O. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Mosha, F. S. Takawira, F. T. Derrar, F. Bouzid, F. Onikepe, F. Adeola, F. Muyembe, F. M. Tanser, F. Dratibi, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Githinji, G. van Zyl, G. Awandare, G. A. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Lemriss, H. Anise, H. Abe, H. Karray, H. H. Nansumba, H. Elgahzaly, H. A. Gumbo, H. Smeti, I. Ayed, I. B. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Gaaloul, I. Gazy, I. Mudau, I. Ssewanyana, I. Konstantinus, I. Lekana-Douk, J. B. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Li, J. Yasuda, J. Mends, J. Q. Kiconco, J. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Okolie, J. C. Kayiwa, J. T. Edwards, J. A. Gyamfi, J. Farah, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. O'Grady, J. Siddle, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Said, K. M. Hae-Young, K. Duedu, K. O. Belyamani, L. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Martins, L. O. Tyers, L. Ramuth, M. Mastouri, M. Aouni, M. El Hefnawi, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Turki, M. Paye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. Nwando, M. Owusu, M. Wiley, M. R. Youtchou, M. T. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Sekhele, M. Ouadghiri, M. Diagne, M. M. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Touil, N. Rujeni, N. Kharrat, N. Ismael, N. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Nsenga, N. Gumede, N. Mulder, N. Ndodo, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Judith, O. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Peter, O. Femi, O. Idowu, O. Testimony, O. Chukwuma, O. E. Ogah, O. E. Onwuamah, C. K. Cyril, O. Faye, O. Tomori, O. Ondoa, P. Combe, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Carr, R. A. A. El Kabbaj, S. Gargouri, S. Masmoudi, S. Sankhe, S. Lawal, S. B. Kassim, S. Trabelsi, S. Metha, S. Kammoun, S. Lemriss, S. Agwa, S. H. A. Calvignac-Spencer, S. Schaffner, S. F. Doumbia, S. Mandanda, S. M. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Elhamoumi, S. Andriamandimby, S. Tope, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. Mundeke, S. A. Rudder, S. Panji, S. Pillay, S. Engelbrecht, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Aanniz, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Schindler, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. Jessica, U. George, U. Fonseca, V. Enouf, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Sall, A. A. Rebai, A. von Gottberg, A. Kouriba, B. Williamson, C. Bridges, D. J. Chikwe, I. Bhiman, J. N. Mine, M. Cotten, M. Moyo, S. Gaseitsiwe, S. Saasa, N. Sabeti, P. C. Kaleebu, P. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. Happi, C. Nkengasong, J. de Oliveira, T.
Science, (2021). 374:423-431

Anti-Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Immunoglobulin G Antibody Seroprevalence Among Truck Drivers and Assistants in Kenya.Kagucia, E. W. Gitonga, J. N. Kalu, C. Ochomo, E. Ochieng, B. Kuya, N. Karani, A. Nyagwange, J. Karia, B. Mugo, D. Karanja, H. K. Tuju, J. Mutiso, A. Maroko, H. Okubi, L. Maitha, E. Ajuck, H. Mukabi, D. Moracha, W. Bulimu, D. Andanje, N. Aman, R. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Nyaguara, A. Voller, S. Otiende, M. Bottomley, C. Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Adetifa, I. M. O. Etyang, A. O. Gallagher, K. E. Uyoga, S. Barasa, E. Bejon, P. Tsofa, B. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G. Magarini Sub-County Tda Sars-CoV-2 Serosurveillance Team, The Busia County T. D. A. Sars-CoV-Serosurveillance Team
Open Forum Infect Dis, (2021). 8:ofab314

COVID-19 transmission dynamics underlying epidemic waves in Kenya.Brand, S. P. C. Ojal, J. Aziza, R. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Nyagwange, J. Karanja, H. Gitonga, J. N. Mugo, D. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Murunga, N. Otiende, M. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Githinji, G. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Barasa, E.
Science, (2021). 374:989-994

Whole genome sequencing of two human rhinovirus A types (A101 and A15) detected in Kenya, 2016-2018.Luka, M. M. Kamau, E. de Laurent, Z. R. Morobe, J. M. Alii, L. K. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Wellcome Open Res, (2021). 6:178

Pulse oximetry adoption and oxygen orders at paediatric admission over 7 years in Kenya: a multihospital retrospective cohort study.Tuti, T. Aluvaala, J. Akech, S. Agweyu, A. Irimu, G. English, M. Clinical Information Network Author, Group
BMJ Open, (2021). 11:e050995

The ethical implications of verbal autopsy: responding to emotional and moral distress.Hinga, A. Marsh, V. Nyaguara, A. Wamukoya, M. Molyneux, S.
BMC Med Ethics, (2021). 22:118

Prevalence of SARS-CoV-2 Antibodies From a National Serosurveillance of Kenyan Blood Donors, January-March 2021.Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Otiende, M. Yegon, C. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Scott, J. A. G.
JAMA, (2021). 326:1436-1438

The Etiology of Pneumonia in HIV-uninfected Children in Kilifi, Kenya: Findings From the Pneumonia Etiology Research for Child Health (PERCH) Study.Awori, J. O. Kamau, A. Morpeth, S. Kazungu, S. Silaba, M. Sande, J. Karani, A. Nyongesa, S. Mwarumba, S. Musyimi, R. Bett, A. Wande, S. Shebe, M. Ngama, M. Munywoki, P. K. Muturi, N. Nokes, D. J. Feikin, D. R. Murdoch, D. R. Prosperi, C. O'Brien, K. L. Deloria Knoll, M. Hammitt, L. L. Scott, J. A. G.
Pediatr Infect Dis J, (2021). 40:S29-S39

Malaria infection and severe disease risks in Africa.Paton, R. S. Kamau, A. Akech, S. Agweyu, A. Ogero, M. Mwandawiro, C. Mturi, N. Mohammed, S. Mpimbaza, A. Kariuki, S. Otieno, N. A. Nyawanda, B. O. Mohamed, A. F. Mtove, G. Reyburn, H. Gupta, S. Bejon, P. Lourenco, J. Snow, R. W.
Science, (2021). 373:926-931

Tracking the introduction and spread of SARS-CoV-2 in coastal Kenya.Githinji, G. de Laurent, Z. R. Mohammed, K. S. Omuoyo, D. O. Macharia, P. M. Morobe, J. M. Otieno, E. Kinyanjui, S. M. Agweyu, A. Maitha, E. Kitole, B. Suleiman, T. Mwakinangu, M. Nyambu, J. Otieno, J. Salim, B. Kasera, K. Kiiru, J. Aman, R. Barasa, E. Warimwe, G. Bejon, P. Tsofa, B. Ochola-Oyier, L. I. Nokes, D. J. Agoti, C. N.
Nat Commun, (2021). 12:4809

Incidence and predictors of hospital readmission in children presenting with severe anaemia in Uganda and Malawi: a secondary analysis of TRACT trial data.Connon, R. George, E. C. Olupot-Olupot, P. Kiguli, S. Chagaluka, G. Alaroker, F. Opoka, R. O. Mpoya, A. Walsh, K. Engoru, C. Nteziyaremye, J. Mallewa, M. Kennedy, N. Nakuya, M. Namayanja, C. Nabawanuka, E. Sennyondo, T. Amorut, D. Williams Musika, C. Bates, I. Boele van Hensbroek, M. Evans, J. A. Uyoga, S. Williams, T. N. Frost, G. Gibb, D. M. Maitland, K. Walker, A. S. Tract trial group
BMC Public Health, (2021). 21:1480

Revitalizing child health: lessons from the past.Strong, K. L. Requejo, J. Agweyu, A. Billah, S. M. Boschi-Pinto, C. Horiuchi, S. Jamaluddine, Z. Lazzerini, M. Maiga, A. McKerrow, N. Munos, M. Schellenberg, J. Weigel, R.
Glob Health Action, (2021). 14:1947565

Spatially resolved simulations of the spread of COVID-19 in three European countries.Parisi, A. Brand, S. P. C. Hilton, J. Aziza, R. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
PLoS Comput Biol, (2021). 17:e1009090

Improving statistical power in severe malaria genetic association studies by augmenting phenotypic precision.Watson, J. A. Ndila, C. M. Uyoga, S. Macharia, A. Nyutu, G. Mohammed, S. Ngetsa, C. Mturi, N. Peshu, N. Tsofa, B. Rockett, K. Leopold, S. Kingston, H. George, E. C. Maitland, K. Day, N. P. Dondorp, A. M. Bejon, P. Williams, T. N. Holmes, C. C. White, N. J.
Elife, (2021). 10:

Temporal trends of SARS-CoV-2 seroprevalence during the first wave of the COVID-19 epidemic in Kenya.Adetifa, I. M. O. Uyoga, S. Gitonga, J. N. Mugo, D. Otiende, M. Nyagwange, J. Karanja, H. K. Tuju, J. Wanjiku, P. Aman, R. Mwangangi, M. Amoth, P. Kasera, K. Ng'ang'a, W. Rombo, C. Yegon, C. Kithi, K. Odhiambo, E. Rotich, T. Orgut, I. Kihara, S. Bottomley, C. Kagucia, E. W. Gallagher, K. E. Etyang, A. Voller, S. Lambe, T. Wright, D. Barasa, E. Tsofa, B. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I. Agweyu, A. Scott, J. A. G. Warimwe, G. M.
Nat Commun, (2021). 12:3966

The Plasmodium falciparum Rh5 invasion protein complex reveals an excess of rare variant mutations.Ndwiga, L. Osoti, V. Ochwedo, K. O. Wamae, K. Bejon, P. Rayner, J. C. Githinji, G. Ochola-Oyier, L. I.
Malar J, (2021). 20:278

Prevalence and fluid management of dehydration in children without diarrhoea admitted to Kenyan hospitals: a multisite observational study.Omoke, S. English, M. Aluvaala, J. Gathara, D. Agweyu, A. Akech, S. Clinical Information, Network
BMJ Open, (2021). 11:e042079

Modifying gut integrity and microbiome in children with severe acute malnutrition using legume-based feeds (MIMBLE): A pilot trial.Calder, N. Walsh, K. Olupot-Olupot, P. Ssenyondo, T. Muhindo, R. Mpoya, A. Brignardello, J. Wang, X. McKay, E. Morrison, D. Holmes, E. Frost, G. Maitland, K.
Cell Rep Med, (2021). 2:100280

Nocturnal dipping of heart rate and blood pressure in people with HIV in Tanzania.Nolan, C. Reis, K. Fadhil, S. Etyang, A. Ezeomah, C. Kingery, J. R. Desderius, B. Lee, M. H. Kapiga, S. Peck, R. N.
J Clin Hypertens (Greenwich), (2021). 23:1452-1456