Publications

Epidemiology and Demography

Benchmarking large language models and clinicians using locally generated primary healthcare vignettes in Kenya.Mwaniki, P. Musau, W. Isaaka, L. Wanyama, C. Menon, V. Denniston, A. K. Liu, X. Emmanuel-Fabula, M. Williams, G. Mateen, B. A. Agweyu, A.
BMJ Digit Health Ai, (2026). 2:e000081

Trends and patterns of varicella zoster virus infection in Kilifi: A population-based serosurvey.Sigilai, A. K. Mburu, C. N. Selim, R. Ombati, R. Akech, D. Karia, B. Tuju, J. Smits, G. P. P, G. M. Vg van der Klis, F. Kagucia, E. W. Scott, J. A. G. I, M. O. A.
PLOS Glob Public Health, (2026). 6:e0006013

Functional Data Analysis of Wearable Devices Reveals Subtle Time-Varying Differences of Sleep Efficiency on 24-Hour Blood Pressure Dynamics in People With HIV.Venkatraman, S. Lee, M. H. Etyang, A. Cichowitz, C. Kisigo, G. Willkens, M. Yan, L. D. Lucinde, R. K. Krieger, A. C. Devereux, R. Kapiga, S. Peck, R.
Hypertension, (2026). :

A natural experiment in Kenya reveals durable immunosuppressive effects of early childhood malaria: a longitudinal cohort study.Safari, M. S. Makori, T. O. Gicheru, E. T. Mburu, M. W. Nyawa, O. K. Shee, F. M. Nyagwange, J. Kagucia, E. W. Ndungu, F. M. Kuria, T. C. Tuju, J. O. Sande, C. J.
Elife, (2026). 14:

Comparison of capillary microsampling and venous blood for multi-pathogen serosurveillance.Ombati, R. Kimani, M. Akech, D. Kutima, B. Sigilai, A. K. Karia, B. Osoti, V. Karani, A. Ziraba, A. Bigogo, G. Munywoki, P. Scott, J. A. G. Agweyu, A. Kagucia, E. W. Nyagwange, J.
Sci Rep, (2026). :

Improving risk analysis of environmentally driven zoonotic biological threats as a primary pandemic prevention approach: A case study of the Tripartite Joint Risk Assessment Operational Tool operationalization in Kenya.Ajumobi, O. Etyang, A. Kabubei, K. M. Kasera, K. Kenyanya, R. Davis, M. George, C. M. von DobSchuetz, S. Watson, C. Nuzzo, J.
PLOS Glob Public Health, (2026). 6:e0006560

Severe anaemia and invasive bacterial infections in Kenyan children: a 26-year hospital surveillance observational study.Abuga, K. M. Muriuki, J. M. Mutua, A. M. Wambui, K. M. Mturi, N. Mohammed, S. Fondo, J. K. Mwarumba, S. Ngetsa, C. J. Newton, C. R. Maitland, K. Bejon, P. MacLennan, C. A. Nairz, M. Scott, J. A. G. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
Lancet Glob Health, (2026). 14:103976

Severe anaemia and invasive bacterial infections in Kenyan children: a 26-year hospital surveillance observational study.Abuga, K. M. Muriuki, J. M. Mutua, A. M. Wambui, K. M. Mturi, N. Mohammed, S. Fondo, J. K. Mwarumba, S. Ngetsa, C. J. Newton, C. R. Maitland, K. Bejon, P. MacLennan, C. A. Nairz, M. Scott, J. A. G. Williams, T. N. Atkinson, S. H.
Lancet Glob Health, (2026). 14:103976

Safety of a large language model-based clinical decision support system in African primary healthcare.Agweyu, A. Mwaniki, P. Musau, W. Korom, R. Isaaka, L. Wanyama, C. Kiptinness, S. Adan, N. Emmanuel-Fabula, M. Mateen, B. A.
Nat Health, (2026). 1:607-618

Feasibility of a community-based intervention for the diagnosis and management of hypertension in two rural populations in Kenya and The Gambia: IMPLEMENT-IHCoR feasibility study protocol.Hassan, S. Kagwanja, N. Diallo, B. Willis, R. Hine, J. Brazeal, A. Obure, V. Kalu, C. Mwagwabi, N. C. Shah, A. S. Mumba, N. Oyando, R. Perkins, A. Nolte, E. Tsofa, B. Barasa, E. Perel, P. Jobe, M. Etyang, A. Murphy, A.
BMJ Open, (2026). 16:e108926

Intravenous Artesunate in Artemisinin-Resistant Severe Malaria in Uganda.Maitland, K. Okao, M. Conrad, M. D. Etwop, T. Akite, M. Oguda, E. Alaroker, F. Aromut, D. Muhindo, R. Uyoga, S. Olupot-Olupot, P. Mogaka, C. Connon, R. Katairo, T. Okitwi, M. Briggs, J. Gibb, D. M. Day, N. P. J. White, N. J. Williams, T. N. Dondorp, A. M. Walker, A. S. George, E. C. Rosenthal, P. J. Smaart-Charisma group
N Engl J Med, (2026). 394:2380-2382

Cumulative Plasmodium falciparum infections do not drive long-term telomere shortening in Kenyan children.Miglar, A. Amadi, D. Grannas, D. Widman, L. Mwacharo, J. Musyoki, J. Kai, O. Bejon, P. Maccharia, A. Williams, T. N. Farnert, A. Asghar, M. Ndungu, F. M.
Front Cell Infect Microbiol, (2026). 16:1750881

Global approaches to infectious disease surveillance and modeling.Khurana, M. P. Tsui, J. L. Gutierrez, B. Chopra, A. Scheidwasser, N. Zhu, H. B. H. Chang, S. Y. Duchene, D. A. Mills, C. Inward, R. P. D. Reddy, B. Brittain, J. Dasgupta, A. Sheldon, J. Githinji, G. Brownstein, J. S. Monod, M. Ferretti, L. Bershan, S. Tietze, S. Ferres, L. Argimon, S. Dallman, T. J. Koua, E. Ratmann, O. Cauchemez, S. Meyers, L. A. Su, L. Vespignani, A. Pronyk, P. O'Toole, A. Rambaut, A. Loman, N. J. Holmes, E. C. Flaxman, S. Mulder, N. Morgan, O. W. Tegally, H. Gomez-Rodriguez, M. Shadbolt, N. Happi, C. Chand, M. Tessema, S. K. Mbala-Kingebeni, P. Suchard, M. A. Pybus, O. G. Scarpino, S. V. Bhatt, S. Kraemer, M. U. G.
Nat Med, (2026). 32:1646-1660

Wastewater-based genomic surveillance reveals high-risk multidrug-resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Windhoek, Namibia.Kandanda, G. K. Musundi, S. Kakungu, A. Nangolo, L. Odoyo, S. Oclu, A. Danso, J. Egyir, B. Ashipala, L. Swartbooi, W. Nsawotebba, A. Ayitewala, A. Githinji, G. Onywera, H. Mwapagha, L. M.
Microb Pathog, (2026). 216:108551

Growth and puberty in African children with sickle cell anemia treated with hydroxyurea.Backeljauw, P. Tomlinson, G. Smart, L. R. Tshilolo, L. Williams, T. N. Santos, B. Olupot-Olupot, P. Stuber, S. Lane, A. Latham, T. Ware, R. E.
Blood Adv, (2026). 10:4483-4494

African-specific genetic loci determine iron status and risk of severe malaria and bacteremia in African children.Muriuki, J. M. Mentzer, A. J. Band, G. Chong, A. Y. Macharia, A. W. Mogire, R. M. Abuga, K. M. Mitchell, R. Gilchrist, J. J. Webb, E. L. Ndungu, F. M. Raffield, L. M. Ekunwe, L. Bentley, A. R. Sirima, S. B. Madhi, S. A. Hill, A. V. S. Prentice, A. M. Bejon, P. Hemani, G. Smith, G. D. Sandhu, M. S. Elliott, A. M. Williams, T. N. Adeyemo, A. Atkinson, S. H.
Nat Commun, (2026). 17:

Cholera in Kenya: A scoping review of current research, evidence gaps and future directions.Wamae, K. Magudha, J. Kakungu, A. Aricha, S. Langat, D. Kinyanjui, S. Mokaya, J. Thomson, N. R. Agoti, C. Githinji, G.
PLOS Glob Public Health, (2026). 6:e0006011

Multimodal pulse oximeters to support the integrated management of childhood illnesses: A usability and diagnostic accuracy assessment from a multi-country hybrid type 2 study.Storey, H. L. Fielding, T. L. Mwesigwa, J. Green, R. K. Parker, M. E. Jacob, A. Lwambura, S. Kitonga, M. Maina, L. Tyagi, M. Mwikamba, A. Ngunu, C. Pandey, A. K. Sougou, N. M. Tine, J. Steele, A. Habte, T. Endriyas, M. Baker, K. Rivas, V. Walke, S. Ba, M. Miheso, A. Mjungu, D. Sharma, K. Emmanuel-Fabula, M. Ruffo, M. Agweyu, A. Awasthi, S. Singh, S. N. Kumar, D. Mhalu, G. Faye, P. M. Ndiaye, O.
PLOS Glob Public Health, (2026). 6:e0004655

Longitudinal Epidemiology and Variant Dynamics of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya (2020-2025): Clinical Features and Wave Patterns.Lambisia, A. W. Nyiro, J. Githinji, G. Katama, E. N. Moraa, E. Mwita, J. M. Mutunga, M. Maina, G. Bejon, P. Phan, M. V. T. Cotten, M. Dellicour, S. Ochola-Oyier, L. I. Sande, C. Holmes, E. C. Nyagwange, J. Agoti, C. N.
Open Forum Infect Dis, (2026). 13:ofag084

Eight coding-complete genomes of human metapneumovirus recovered by virus metagenomics in coastal Kenya, 2021-2024.Mwasya, S. K. Okanda, D. Odoyo, S. Katama, E. N. Lewa, C. Lambisia, A. W. Githinji, G. Agoti, C. N.
Microbiol Resour Announc, (2026). 15:e0006526