Publications

Epidemiology and Demography

Safety of Induced Sputum Collection in Children Hospitalized With Severe or Very Severe Pneumonia.DeLuca, A. N. Hammitt, L. L. Kim, J. Higdon, M. M. Baggett, H. C. Brooks, W. A. Howie, S. R. C. Deloria Knoll, M. Kotloff, K. L. Levine, O. S. Madhi, S. A. Murdoch, D. R. Scott, J. A. G. Thea, D. M. Amornintapichet, T. Awori, J. O. Chuananon, S. Driscoll, A. J. Ebruke, B. E. Hossain, L. Jahan, Y. Kagucia, E. W. Kazungu, S. Moore, D. P. Mudau, A. Mwananyanda, L. Park, D. E. Prosperi, C. Seidenberg, P. Sylla, M. Tapia, M. D. Zaman, S. M. A. O'Brien, K. L. Perch Study Group
Clin Infect Dis, (2017). 64:S301-S308

Defining the vaccination window for respiratory syncytial virus (RSV) using age-seroprevalence data for children in Kilifi, Kenya.Nyiro, J. U. Kombe, I. K. Sande, C. J. Kipkoech, J. Kiyuka, P. K. Onyango, C. O. Munywoki, P. K. Kinyanjui, T. M. Nokes, D. J.
PLoS One, (2017). 12:e0177803

Resistance to malaria through structural variation of red blood cell invasion receptors.Leffler, E. M. Band, G. Busby, G. B. J. Kivinen, K. Le, Q. S. Clarke, G. M. Bojang, K. A. Conway, D. J. Jallow, M. Sisay-Joof, F. Bougouma, E. C. Mangano, V. D. Modiano, D. Sirima, S. B. Achidi, E. Apinjoh, T. O. Marsh, K. Ndila, C. M. Peshu, N. Williams, T. N. Drakeley, C. Manjurano, A. Reyburn, H. Riley, E. Kachala, D. Molyneux, M. Nyirongo, V. Taylor, T. Thornton, N. Tilley, L. Grimsley, S. Drury, E. Stalker, J. Cornelius, V. Hubbart, C. Jeffreys, A. E. Rowlands, K. Rockett, K. A. Spencer, C. C. A. Kwiatkowski, D. P. Malaria Genomic Epidemiology, Network
Science, (2017). 356:

Myocardial and haemodynamic responses to two fluid regimens in African children with severe malnutrition and hypovolaemic shock (AFRIM study).Obonyo, N. Brent, B. Olupot-Olupot, P. Boele van Hensbroek, M. Kuipers, I. Wong, S. Shiino, K. Chan, J. Fraser, J. van Woensel, J. B. M. Maitland, K.
Crit Care, (2017). 21:103

Transmission patterns and evolution of respiratory syncytial virus in a community outbreak identified by genomic analysis.Agoti, C. N. Munywoki, P. K. Phan, M. V. T. Otieno, J. R. Kamau, E. Bett, A. Kombe, I. Githinji, G. Medley, G. F. Cane, P. A. Kellam, P. Cotten, M. Nokes, D. J.
Virus Evol, (2017). 3:vex006

Case-control vaccine effectiveness studies: Preparation, design, and enrollment of cases and controls.Verani, J. R. Baqui, A. H. Broome, C. V. Cherian, T. Cohen, C. Farrar, J. L. Feikin, D. R. Groome, M. J. Hajjeh, R. A. Johnson, H. L. Madhi, S. A. Mulholland, K. O'Brien, K. L. Parashar, U. D. Patel, M. M. Rodrigues, L. C. Santosham, M. Scott, J. A. Smith, P. G. Sommerfelt, H. Tate, J. E. Victor, J. C. Whitney, C. G. Zaidi, A. K. Zell, E. R.
Vaccine, (2017). 35:3295-3302

Case-control vaccine effectiveness studies: Data collection, analysis and reporting results.Verani, J. R. Baqui, A. H. Broome, C. V. Cherian, T. Cohen, C. Farrar, J. L. Feikin, D. R. Groome, M. J. Hajjeh, R. A. Johnson, H. L. Madhi, S. A. Mulholland, K. O'Brien, K. L. Parashar, U. D. Patel, M. M. Rodrigues, L. C. Santosham, M. Scott, J. A. Smith, P. G. Sommerfelt, H. Tate, J. E. Victor, J. C. Whitney, C. G. Zaidi, A. K. Zell, E. R.
Vaccine, (2017). 35:3303-3308

Blood Pressure and Arterial Stiffness in Kenyan Adolescents With alpha(+)Thalassemia.Etyang, A. O. Khayeka-Wandabwa, C. Kapesa, S. Muthumbi, E. Odipo, E. Wamukoya, M. Ngomi, N. Haregu, T. Kyobutungi, C. Tendwa, M. Makale, J. Macharia, A. Cruickshank, J. K. Smeeth, L. Scott, J. A. Williams, T. N.
J Am Heart Assoc, (2017). 6:

High Frequency of Blackwater Fever Among Children Presenting to Hospital With Severe Febrile Illnesses in Eastern Uganda.Olupot-Olupot, P. Engoru, C. Uyoga, S. Muhindo, R. Macharia, A. Kiguli, S. Opoka, R. O. Akech, S. Ndila, C. Nyeko, R. Mtove, G. Nteziyaremye, J. Chebet, M. George, E. C. Babiker, A. G. Gibb, D. M. Williams, T. N. Maitland, K.
Clin Infect Dis, (2017). 64:939-946

Human genetic and metabolite variation reveals that methylthioadenosine is a prognostic biomarker and an inflammatory regulator in sepsis.Wang, L. Ko, E. R. Gilchrist, J. J. Pittman, K. J. Rautanen, A. Pirinen, M. Thompson, J. W. Dubois, L. G. Langley, R. J. Jaslow, S. L. Salinas, R. E. Rouse, D. C. Moseley, M. A. Mwarumba, S. Njuguna, P. Mturi, N. Wellcome Trust Case Control, Consortium Kenyan Bacteraemia Study, Group Williams, T. N. Scott, J. A. Hill, A. V. Woods, C. W. Ginsburg, G. S. Tsalik, E. L. Ko, D. C.
Sci Adv, (2017). 3:e1602096

Mortality after Inpatient Treatment for Severe Pneumonia in Children: a Cohort Study.Ngari, M. M. Fegan, G. Mwangome, M. K. Ngama, M. J. Mturi, N. Scott, J. A. G. Bauni, E. Nokes, D. J. Berkley, J. A.
Paediatr Perinat Epidemiol, (2017). 31:233-242

Recent sequence variation in probe binding site affected detection of respiratory syncytial virus group B by real-time RT-PCR.Kamau, E. Agoti, C. N. Lewa, C. S. Oketch, J. Owor, B. E. Otieno, G. P. Bett, A. Cane, P. A. Nokes, D. J.
J Clin Virol, (2017). 88:21-25

Spread and Evolution of Respiratory Syncytial Virus A Genotype ON1, Coastal Kenya, 2010-2015.Otieno, J. R. Kamau, E. M. Agoti, C. N. Lewa, C. Otieno, G. Bett, A. Ngama, M. Cane, P. A. Nokes, D. J.
Emerg Infect Dis, (2017). 23:264-271

Characterisation of the opposing effects of G6PD deficiency on cerebral malaria and severe malarial anaemia.Clarke, G. M. Rockett, K. Kivinen, K. Hubbart, C. Jeffreys, A. E. Rowlands, K. Jallow, M. Conway, D. J. Bojang, K. A. Pinder, M. Usen, S. Sisay-Joof, F. Sirugo, G. Toure, O. Thera, M. A. Konate, S. Sissoko, S. Niangaly, A. Poudiougou, B. Mangano, V. D. Bougouma, E. C. Sirima, S. B. Modiano, D. Amenga-Etego, L. N. Ghansah, A. Koram, K. A. Wilson, M. D. Enimil, A. Evans, J. Amodu, O. K. Olaniyan, S. Apinjoh, T. Mugri, R. Ndi, A. Ndila, C. M. Uyoga, S. Macharia, A. Peshu, N. Williams, T. N. Manjurano, A. Sepulveda, N. Clark, T. G. Riley, E. Drakeley, C. Reyburn, H. Nyirongo, V. Kachala, D. Molyneux, M. Dunstan, S. J. Phu, N. H. Quyen, N. N. Thai, C. Q. Hien, T. T. Manning, L. Laman, M. Siba, P. Karunajeewa, H. Allen, S. Allen, A. Davis, T. M. Michon, P. Mueller, I. Molloy, S. F. Campino, S. Kerasidou, A. Cornelius, V. J. Hart, L. Shah, S. S. Band, G. Spencer, C. C. Agbenyega, T. Achidi, E. Doumbo, O. K. Farrar, J. Marsh, K. Taylor, T. Kwiatkowski, D. P. Malaria, G. E. N. Consortium
Elife, (2017). 6:

Predicting the relative impacts of maternal and neonatal respiratory syncytial virus (RSV) vaccine target product profiles: A consensus modelling approach.Pan-Ngum, W. Kinyanjui, T. Kiti, M. Taylor, S. Toussaint, J. F. Saralamba, S. Van Effelterre, T. Nokes, D. J. White, L. J.
Vaccine, (2017). 35:403-409

Differing rates of antibody acquisition to merozoite antigens in malaria: implications for immunity and surveillance.McCallum, F. J. Persson, K. E. Fowkes, F. J. Reiling, L. Mugyenyi, C. K. Richards, J. S. Simpson, J. A. Williams, T. N. Gilson, P. R. Hodder, A. N. Sanders, P. R. Anders, R. F. Narum, D. L. Chitnis, C. Crabb, B. S. Marsh, K. Beeson, J. G.
J Leukoc Biol, (2017). 101:913-925

Cohort Profile: The Kilifi Vaccine Monitoring Study.Adetifa, I. M. O. Bwanaali, T. Wafula, J. Mutuku, A. Karia, B. Makumi, A. Mwatsuma, P. Bauni, E. Hammitt, L. L. Nokes, D. J. Maree, E. Tabu, C. Kamau, T. Mataza, C. Williams, T. N. Scott, J. A. G.
Int J Epidemiol, (2017). 46:792-792h

Linking health facility data from young adults aged 18-24 years to longitudinal demographic data: Experience from The Kilifi Health and Demographic Surveillance System [version 1; referees: 1 approved, 1 approved with reservations].Nyundo, C Doyle, AM Walumbe, D Otiende, M Kinuthia, M Amadi, D Jibendi, B Mochamah, G Kihuha, N Williams, TN Ross, DA Bauni, E
Wellcome Open Res, (2017). 2:

Quantification and determinants of the amount of respiratory syncytial virus (RSV) shed using real time PCR data from a longitudinal household study.Wathuo, M. Medley, G. F. Nokes, D. J. Munywoki, P. K.
Wellcome Open Res, (2016). 1:27

Clinical and Epidemiological Implications of 24-Hour Ambulatory Blood Pressure Monitoring for the Diagnosis of Hypertension in Kenyan Adults: A Population-Based Study.Etyang, A. O. Warne, B. Kapesa, S. Munge, K. Bauni, E. Cruickshank, J. K. Smeeth, L. Scott, J. A.
J Am Heart Assoc, (2016). 5: