Publications

Biosciences

Pre-COVID-19 ex vivo cross-reactive IFN-gamma cellular response to SARS-CoV-2 spike overlapping peptides is more prevalent among Kenyan compared to Swedish adults.Wanjiku, P. Orindi, B. Mwacharo, J. Chemweno, J. Karanja, H. K. Kronsteiner, B. Kai, O. Wright, D. Ochola-Oyier, L. I. Sundling, C. Dunachie, S. Warimwe, G. M. Farnert, A. Bejon, P. Ndungu, F. M. Nduati, E. W.
BMC Infect Dis, (2026). 26:174

Low-dose yellow fever vaccination in infants: a randomised, double-blind, non-inferiority trial.Kimathi, D. Juan-Giner, A. Bob, N. S. Orindi, B. Namulwana, M. L. Diatta, A. Cheruiyot, S. Fall, G. Dia, M. Hamaluba, M. M. Nyehangane, D. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. Mugo, D. Omuoyo, D. O. Hussein, M. Oloo, E. Kamau, N. Wafula, J. Bendera, J. Silvester, N. Mwavita, J. Joshua, M. Thuranira, J. M. Agababyona, C. Ngetsa, C. Aisha, N. Moki, F. Buluku, T. Munene, M. Mwanga-Amumpaire, J. Lutwama, J. Kayiwa, J. Kamaara, E. Barrett, A. D. Kaleebu, P. Bejon, P. Sall, A. A. Grais, R. F. Warimwe, G. M.
Lancet, (2026). 407:497-504

Malaria vaccine protection against intradermal or venous parasites: a randomized phase 2b human challenge trial.Kapulu, M. C. Orenge, F. Kimani, D. Kibwana, E. Kibet, H. Mutahi, M. Datoo, M. S. Bellamy, D. Musembi, J. Ngoto, O. Rashid, H. Akinyi, S. Mwatasa, M. H. Nyamako, L. Keter, K. Gatheru, R. Mutiso, A. Musyoki, J. Mwacharo, J. Abebe, Y. James, E. R. Billingsley, P. F. Ngetsa, C. Mosobo, M. Makale, J. Tawa, B. Wamae, K. Ochola-Oyier, L. I. Lawrie, A. Ramos-Lopez, F. Roberts, R. Richie, T. L. Sim, B. K. L. Hoffman, S. L. Ewer, K. J. Hill, A. V. S. Hamaluba, M. Bejon, P.
Nat Med, (2026). 32:178-185

Community Experiences and Perceptions of the Broad One Health Endectocide-Based Malaria Intervention in Africa Trial of Ivermectin Mass Drug Administration: A Longitudinal Qualitative Study in Kwale County, Kenya.Wangari, W. Onyango, T. Kazungu, K. Nuru, K. Kasiwa, L. Chaccour, C. Rabinovich, N. R. Mwangangi, J. Maia, M. Jones, C.
Am J Trop Med Hyg, (2026). 114:72-84

Characterizing Plasmodium falciparum genetic diversity and complexity of infections in clinical malaria infections in Western and Coastal Kenya using the poly-alpha microsatellite marker.Abade, N. A. Mgawe, C. Ndwiga, L. Kimenyi, K. M. Ochola-Oyier, L. I.
Malar J, (2025). 24:452

Inflammation impairs post-hospital discharge growth among children hospitalised with acute illness in sub-Saharan Africa and south Asia.Njunge, J. M. Mudibo, E. O. Bogaert, J. Orindi, B. Sande, C. J. Bourdon, C. Tigoi, C. Ngari, M. M. Ngao, N. Omer, E. Gumbi, W. Musyimi, R. Timbwa, M. Mwaringa, S. Gwela, A. Thitiri, J. Mupere, E. Lancioni, C. L. Gonzales, G. B. Singa, B. O. Mbale, E. Voskuijl, W. P. Denno, D. M. Diallo, A. H. Bamouni, R. M. Chisti, M. J. Shahid, Asmsb Ahmed, T. Saleem, A. F. Ali, S. A. Uhlig, H. H. Tickell, K. D. Bandsma, R. H. J. Walson, J. L. Berkley, J. A.
Nat Commun, (2025). 16:10788

Plasma lipopolysaccharide levels predict mortality in acutely ill children in Low- and Middle-Income Countries.Allen, C. A. D. Ghate, A. Njunge, J. M. Gartner, L. Diallo, A. H. Lancioni, C. Mupere, E. Gwela, A. Tigoi, C. Singa, B. O. Gumbi, W. Bandsma, R. H. J. Voskuijl, W. P. Chisti, M. J. Ahmed, T. Shahid, Asmsb Ahmed, D. Saleem, A. Kazi, Z. Jones, K. Tickell, K. D. Walson, J. L. Berkley, J. A. Uhlig, H. H.
Nat Commun, (2025). 16:10787

Corrigendum to 'Volatile pyrethroid spatial repellents for preventing mosquito bites: a systematic review and meta-analysis' EBioMedicine Volatile pyrethroid spatial repellents for preventing mosquito bites: a systematic review and meta-analysis 119 (2025) 105891/10.1016/j.ebiom.2025.105891 Sep: 119: 105891.Chen, I. Miller, S. L. Msellemu, D. Lugenge, A. G. Swai, J. K. Achee, N. Andres, M. Bibbs, C. S. Chareonviriyaphap, T. Charlwood, J. D. Devine, G. Elman, N. Fillinger, U. Flores-Mendoza, C. Gibson, S. Govella, N. Gowelo, S. Horstmann, S. Kawada, H. Kline, D. Lloyd, A. Lobo, N. F. Maia, M. F. Mmbando, A. Moreno-Gomez, M. Morrison, A. C. Mponzi, W. Mwanga, E. P. Njoroge, M. Ogoma, S. B. Okumu, F. O. Opiyo, M. Oumbouke, W. A. Paliga, J. Pongsiri, A. Ponlawat, A. Saeaung, M. Salazar, F. Sangoro, O. Stevenson, J. C. Sukkanon, C. Syafruddin, D. Tambwe, M. M. Tangena, J. A. Vajda, E. A. Vazquez-Prokopec, G. Wagman, J. M. Yan, C. Allen, I. E. Moore, S. J.
EBioMedicine, (2025). 122:106049

Pf8: an open dataset of Plasmodium falciparum genome variation in 33,325 worldwide samples.Malaria Genomic Epidemiology, Network Abdel Hamid, M. M. Abdelraheem, M. H. Acheampong, D. O. Adam, I. Aide, P. Ajibaye, O. Ali, M. Almagro-Garcia, J. Amambua-Ngwa, A. Amenga-Etego, L. Aniebo, I. Aninagyei, E. Ansah, F. Apinjoh, T. O. Ariani, C. V. Auburn, S. Awandare, G. A. Balmer, A. Bejon, P. Boene, S. Bwire, G. Candrinho, B. Chidimatembue, A. Chindavongsa, K. Comiche, K. Conway, D. Dara, A. Diakite, M. Djimde, A. Dondorp, A. Doumbia, S. Drury, E. Fanello, C. A. Ferdig, M. Figueroa, K. Gamboa, D. Golassa, L. Goncalves, S. Guindo, M. D. A. Hamaluba, M. Hanboonkunupakarn, B. Howe, K. Hussien, M. Imwong, M. Ishengoma, D. Jeans, J. Kabaghe, A. Kamuhabwa, A. Kindermans, J. M. Konate, D. S. Kwiatkowski, D. P. Lee, C. Lee, S. K. Lee, S. J. Ley, B. Llanos-Cuentas, A. Marfurt, J. Matambisso, G. Maude, R. R. Maude, R. J. Mayor, A. Mayxay, M. Maiga-Ascofare, O. McCann, R. S. Miles, A. Miotto, O. Mohamed, A. O. Morang'a, C. M. Murie, K. Ngasala, B. E. Nguyen, T. N. Nolasco, O. Nosten, F. Noviyanti, R. O'Connor, I. Oboh, M. Ochola-Oyier, L. I. Olufunke Falade, C. Olukosi, A. Olumide, A. Olusola, F. I. Onyamboko, M. A. Oriero, E. C. Oyibo, W. A. Pannebaker, D. Pearson, R. D. Phiri, K. van der Pluijm, R. W. Price, R. N. Quang, H. H. Rajkumar Devaraju, V. Randrianarivelojosia, M. Ranford-Cartwright, L. Rayner, J. C. Rovira-Vallbona, E. Rowlands, K. Ruano-Rubio, V. Sanchez, J. F. Saute, F. Shettima, S. da Silva, C. Simpson, V. J. Suddaby, S. Takken, W. Thu, A. M. Toure, M. Unlu, E. Valdivia, H. O. van Vugt, M. Waithira, N. Wellems, T. Wendler, J. White, N. Wuendrich Ogidan, R.
Wellcome Open Res, (2025). 10:325

A scoping review of antimalarial drug resistance markers in Kenya (1987-2022): toward a National Surveillance Framework and Data Repository.Wamae, K. Magudha, J. Asiimwe, E. Kimani, K. Kandie, R. Keitany, K. Snow, R. W. Ochola-Oyier, L. I.
Malar J, (2025). 24:413

Serial cross-sectional school surveys identifies C469Y, P553L, R561H and A675V kelch 13 mutations associated with artemisinin resistance in Western Kenya.Osoti, V. Wamae, K. Musau, M. M. Magudha, J. B. Ndwiga, L. Gichuki, P. M. Okoyo, C. Rosebella, K. Mahugu, S. Aricha, S. Kandie, R. Keitany, K. Kepha, S. Mwandawiro, C. Bejon, P. Snow, R. W. Ochola-Oyier, L. I.
Sci Rep, (2025). 15:38303

MALDI-TOF MS for malaria vector surveillance: A cost-comparison analysis using a decision-tree approach.Karisa, J. Rist, C. Tuwei, M. Ominde, K. Bartilol, B. Ondieki, Z. Musani, H. Wanjiku, C. Mwangangi, J. Mbogo, C. Rono, M. Bejon, P. Maia, M.
PLoS One, (2025). 20:e0335764

A Pragmatic Trial of Glucocorticoids for Community-Acquired Pneumonia.Lucinde, R. K. Gathuri, H. Mwaniki, P. Orindi, B. Otieno, E. O. Mwakio, S. Mulemi, L. Isaaka, L. Shangala, J. Saisi, M. Isinde, E. Oginga, I. N. Wachira, A. W. Manuthu, E. Kariuki, H. Asaava, P. Nyikuli, J. Wekesa, C. Otedo, A. Bosire, H. Okoth, S. B. Ongalo, W. Mukabi, D. M. Lusamba, W. Muthui, B. Adembesa, I. Mithi, C. Sood, M. Aliyan, N. A. Gituma, B. Matiko, M. G. Omondi, C. A. Ombajo, L. A. Kirui, N. Ochola, L. Abdi, A. I. Kagucia, E. W. English, M. Hamaluba, M. Ochola-Oyier, I. Kamuya, D. Bejon, P. Barasa, E. Agweyu, A. Akech, S. Etyang, A. O.
N Engl J Med, (2025). 393:2187-2197

Validation of high-throughput oxford nanopore technology for HIV-1 transmitted/founder virus identification.Byamukama, D. Ndekezi, C. Omara, D. Nakyanzi, A. Natwijuka, F. Kato, F. Mugaba, S. Kimuda, M. P. Kapaata, A. Nduati, E. Kaleebu, P. Balinda, S. N.
Int J Infect Dis, (2025). 161:108138

Genetic isolation drives divergent insecticide resistance between coastal and western Kenya Anopheles funestus populations.Polo, B. Milanoi, S. Omoke, D. N. Odhiambo, C. A. Nagi, S. C. Nwezeobi, J. Makunin, A. I. Bodde, M. Abong'o, B. Midega, J. Kamau, L. Onguru, D. Miles, A. Lawniczak, M. Ochomo, E.
Sci Rep, (2025). 15:35920

Controlled human malaria infection studies: insights into recent advances and key immunological and ethical implementation lessons.Ogwang, R. Adan, M. Bejon, P. Kapulu, M. C.
Front Immunol, (2025). 16:1672945

Assessing the Impact of SARS-CoV-2 Spike Mutations on Antibody Binding: A Comparative Assessment of the Wuhan and JN.1 Variants' Full-Length Spikes in a Multiplex Luminex Assay.Waweru, G. Nyakundi, R. Kutima, B. Owuor, S. Konyino, G. Gitonga, J. Lugano, D. Maina, A. Musyoki, J. Ochola, L. Omondi, M. Kariuki, C. K. Ogongo, P. Mwachari, C. Shee, F. Agoti, C. Sande, C. Uyoga, S. Kagucia, E. Agweyu, A. Bejon, P. Scott, J. A. G. Warimwe, G. M. Ochola-Oyier, L. I. Nyagwange, J.
Viruses, (2025). 17:

Induction of an early IFN-gamma cellular response and high plasma levels of SDF-1alpha are inversely associated with COVID-19 severity and residence in rural areas in Kenyan patients.Wanjiku, P. Orindi, B. Kimotho, J. Sayed, S. Shah, R. Saleh, M. Mwacharo, J. Maronga, C. Olouch, V. Karanu, A. Shah, J. Nneka, Z. Ochola-Oyier, L. I. Abdi, A. I. Dunachie, S. Bejon, P. Nduati, E. W. Ndungu, F. M.
PLoS One, (2025). 20:e0316967

Genomic and clinical epidemiology of SARS-CoV-2 in coastal Kenya: insights into variant circulation, reinfection, and multiple lineage importations during a post-pandemic wave.Lambisia, A. W. Katama, E. N. Moraa, E. Mwita, J. M. Gallagher, K. Mutunga, M. Nyale, E. Omungala, J. Mwanga, M. Murunga, N. Nyiro, J. Nyagwange, J. Sande, C. Bejon, P. Githinji, G. Dellicour, S. Phan, M. V. T. Cotten, M. Ochola-Oyier, L. I. Holmes, E. C. Agoti, C. N.
BMC Glob Public Health, (2025). 3:80

MALDI-TOF MS for identification of Afro-tropical secondary malaria vectors.Tuwei, M. Karisa, J. Wanjiku, C. Kiuru, C. Ondieki, Z. Odongo, T. Mure, F. Otieno, B. Meli, P. Okoko, M. Bartilol, B. Gona, R. Constantino, L. Cole, G. Anastacio, T. Armazia, R. Alves, C. Rui, P. Ramaita, E. Rono, M. Candrinho, B. Mwangangi, J. Mbogo, C. Charlwood, D. Saute, F. Rabinovich, R. Chaccour, C. Maia, M. F.
Malar J, (2025). 24:284