Publications

Epidemiology and Demography

High false discovery rate of the Architect anti-HCV screening test in blood donors in Uganda and evaluation of an algorithm for confirmatory testing.Lucey, O. Acana, S. Olupot-Olupot, P. Muhindo, R. Ayikobua, R. Uyoga, S. Kyeyune-Byabazaire, D. Cooke, G. Maitland, K.
Vox Sang, (2022). 117:1360-1367

Revealing the extent of the first wave of the COVID-19 pandemic in Kenya based on serological and PCR-test data.Ojal, J. Brand, S. P. C. Were, V. Okiro, E. A. Kombe, I. K. Mburu, C. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Adetifa, I. M. O. Scott, J. A. G. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Tsofa, B. Bejon, P. Barasa, E. Keeling, M. J. Nokes, D. J.
Wellcome Open Res, (2022). 6:127

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.Tegally, H. San, J. E. Cotten, M. Moir, M. Tegomoh, B. Mboowa, G. Martin, D. P. Baxter, C. Lambisia, A. W. Diallo, A. Amoako, D. G. Diagne, M. M. Sisay, A. Zekri, A. N. Gueye, A. S. Sangare, A. K. Ouedraogo, A. S. Sow, A. Musa, A. O. Sesay, A. K. Abias, A. G. Elzagheid, A. I. Lagare, A. Kemi, A. S. Abar, A. E. Johnson, A. A. Fowotade, A. Oluwapelumi, A. O. Amuri, A. A. Juru, A. Kandeil, A. Mostafa, A. Rebai, A. Sayed, A. Kazeem, A. Balde, A. Christoffels, A. Trotter, A. J. Campbell, A. Keita, A. K. Kone, A. Bouzid, A. Souissi, A. Agweyu, A. Naguib, A. Gutierrez, A. V. Nkeshimana, A. Page, A. J. Yadouleton, A. Vinze, A. Happi, A. N. Chouikha, A. Iranzadeh, A. Maharaj, A. Batchi-Bouyou, A. L. Ismail, A. Sylverken, A. A. Goba, A. Femi, A. Sijuwola, A. E. Marycelin, B. Salako, B. L. Oderinde, B. S. Bolajoko, B. Diarra, B. Herring, B. L. Tsofa, B. Lekana-Douki, B. Mvula, B. Njanpop-Lafourcade, B. M. Marondera, B. T. Khaireh, B. A. Kouriba, B. Adu, B. Pool, B. McInnis, B. Brook, C. Williamson, C. Nduwimana, C. Anscombe, C. Pratt, C. B. Scheepers, C. Akoua-Koffi, C. G. Agoti, C. N. Mapanguy, C. M. Loucoubar, C. Onwuamah, C. K. Ihekweazu, C. Malaka, C. N. Peyrefitte, C. Grace, C. Omoruyi, C. E. Rafai, C. D. Morang'a, C. M. Erameh, C. Lule, D. B. Bridges, D. J. Mukadi-Bamuleka, D. Park, D. Rasmussen, D. A. Baker, D. Nokes, D. J. Ssemwanga, D. Tshiabuila, D. Amuzu, D. S. Y. Goedhals, D. Grant, D. S. Omuoyo, D. O. Maruapula, D. Wanjohi, D. W. Foster-Nyarko, E. Lusamaki, E. K. Simulundu, E. Ong'era, E. M. Ngabana, E. N. Abworo, E. O. Otieno, E. Shumba, E. Barasa, E. Ahmed, E. B. Ahmed, E. A. Lokilo, E. Mukantwari, E. Philomena, E. Belarbi, E. Simon-Loriere, E. Anoh, E. A. Manuel, E. Leendertz, F. Taweh, F. M. Wasfi, F. Abdelmoula, F. Takawira, F. T. Derrar, F. Ajogbasile, F. V. Treurnicht, F. Onikepe, F. Ntoumi, F. Muyembe, F. M. Ragomzingba, F. E. Z. Dratibi, F. A. Iyanu, F. A. Mbunsu, G. K. Thilliez, G. Kay, G. L. Akpede, G. O. van Zyl, G. U. Awandare, G. A. Kpeli, G. S. Schubert, G. Maphalala, G. P. Ranaivoson, H. C. Omunakwe, H. E. Onywera, H. Abe, H. Karray, H. Nansumba, H. Triki, H. Kadjo, H. A. A. Elgahzaly, H. Gumbo, H. Mathieu, H. Kavunga-Membo, H. Smeti, I. Olawoye, I. B. Adetifa, I. M. O. Odia, I. Ben Boubaker, I. B. Muhammad, I. A. Ssewanyana, I. Wurie, I. Konstantinus, I. S. Halatoko, J. W. A. Ayei, J. Sonoo, J. Makangara, J. C. Tamfum, J. M. Heraud, J. M. Shaffer, J. G. Giandhari, J. Musyoki, J. Nkurunziza, J. Uwanibe, J. N. Bhiman, J. N. Yasuda, J. Morais, J. Kiconco, J. Sandi, J. D. Huddleston, J. Odoom, J. K. Morobe, J. M. Gyapong, J. O. Kayiwa, J. T. Okolie, J. C. Xavier, J. S. Gyamfi, J. Wamala, J. F. Bonney, J. H. K. Nyandwi, J. Everatt, J. Nakaseegu, J. Ngoi, J. M. Namulondo, J. Oguzie, J. U. Andeko, J. C. Lutwama, J. J. Mogga, J. J. H. O'Grady, J. Siddle, K. J. Victoir, K. Adeyemi, K. T. Tumedi, K. A. Carvalho, K. S. Mohammed, K. S. Dellagi, K. Musonda, K. G. Duedu, K. O. Fki-Berrajah, L. Singh, L. Kepler, L. M. Biscornet, L. de Oliveira Martins, L. Chabuka, L. Olubayo, L. Ojok, L. D. Deng, L. L. Ochola-Oyier, L. I. Tyers, L. Mine, M. Ramuth, M. Mastouri, M. ElHefnawi, M. Mbanne, M. Matsheka, M. I. Kebabonye, M. Diop, M. Momoh, M. Lima Mendonca, M. D. L. Venter, M. Paye, M. F. Faye, M. Nyaga, M. M. Mareka, M. Damaris, M. M. Mburu, M. W. Mpina, M. G. Owusu, M. Wiley, M. R. Tatfeng, M. Y. Ayekaba, M. O. Abouelhoda, M. Beloufa, M. A. Seadawy, M. G. Khalifa, M. K. Matobo, M. M. Kane, M. Salou, M. Mbulawa, M. B. Mwenda, M. Allam, M. Phan, M. V. T. Abid, N. Rujeni, N. Abuzaid, N. Ismael, N. Elguindy, N. Top, N. M. Dia, N. Mabunda, N. Hsiao, N. Y. Silochi, N. B. Francisco, N. M. Saasa, N. Bbosa, N. Murunga, N. Gumede, N. Wolter, N. Sitharam, N. Ndodo, N. Ajayi, N. A. Tordo, N. Mbhele, N. Razanajatovo, N. H. Iguosadolo, N. Mba, N. Kingsley, O. C. Sylvanus, O. Femi, O. Adewumi, O. M. Testimony, O. Ogunsanya, O. A. Fakayode, O. Ogah, O. E. Oludayo, O. E. Faye, O. Smith-Lawrence, P. Ondoa, P. Combe, P. Nabisubi, P. Semanda, P. Oluniyi, P. E. Arnaldo, P. Quashie, P. K. Okokhere, P. O. Bejon, P. Dussart, P. Bester, P. A. Mbala, P. K. Kaleebu, P. Abechi, P. El-Shesheny, R. Joseph, R. Aziz, R. K. Essomba, R. G. Ayivor-Djanie, R. Njouom, R. Phillips, R. O. Gorman, R. Kingsley, R. A. Neto Rodrigues, Rmdesa Audu, R. A. Carr, R. A. A. Gargouri, S. Masmoudi, S. Bootsma, S. Sankhe, S. Mohamed, S. I. Femi, S. Mhalla, S. Hosch, S. Kassim, S. K. Metha, S. Trabelsi, S. Agwa, S. H. Mwangi, S. W. Doumbia, S. Makiala-Mandanda, S. Aryeetey, S. Ahmed, S. S. Ahmed, S. M. Elhamoumi, S. Moyo, S. Lutucuta, S. Gaseitsiwe, S. Jalloh, S. Andriamandimby, S. F. Oguntope, S. Grayo, S. Lekana-Douki, S. Prosolek, S. Ouangraoua, S. van Wyk, S. Schaffner, S. F. Kanyerezi, S. Ahuka-Mundeke, S. Rudder, S. Pillay, S. Nabadda, S. Behillil, S. Budiaki, S. L. van der Werf, S. Mashe, T. Mohale, T. Le-Viet, T. Velavan, T. P. Schindler, T. Maponga, T. G. Bedford, T. Anyaneji, U. J. Chinedu, U. Ramphal, U. George, U. E. Enouf, V. Nene, V. Gorova, V. Roshdy, W. H. Karim, W. A. Ampofo, W. K. Preiser, W. Choga, W. T. Ahmed, Y. A. Ramphal, Y. Bediako, Y. Naidoo, Y. Butera, Y. de Laurent, Z. R. Africa Pathogen Genomics Initiative double, dagger Ouma, A. E. O. von Gottberg, A. Githinji, G. Moeti, M. Tomori, O. Sabeti, P. C. Sall, A. A. Oyola, S. O. Tebeje, Y. K. Tessema, S. K. de Oliveira, T. Happi, C. Lessells, R. Nkengasong, J. Wilkinson, E.
Science, (2022). 378:eabq5358

Substantial misdiagnosis of severe malaria in African children.White, N. J. Watson, J. A. Uyoga, S. Williams, T. N. Maitland, K. M.
Lancet, (2022). 400:807

A computational framework for modelling infectious disease policy based on age and household structure with applications to the COVID-19 pandemic.Hilton, J. Riley, H. Pellis, L. Aziza, R. Brand, S. P. C. K. Kombe I Ojal, J. Parisi, A. Keeling, M. J. Nokes, D. J. Manson-Sawko, R. House, T.
PLoS Comput Biol, (2022). 18:e1010390

The significance of spleen size in children with sickle cell anemia.Nardo-Marino, A. Glenthoj, A. Brewin, J. N. Petersen, J. Braunstein, T. H. Kurtzhals, J. A. L. Williams, T. N. Rees, D. C.
Am J Hematol, (2022). 97:1520-1528

"We should be at the table together from the beginning": perspectives on partnership from stakeholders at four research institutions in sub-Saharan Africa.Voller, S. Chitalu, C. M. Nyondo-Mipando, A. L. Opobo, T. Bangirana, C. A. Thorogood, N. Schellenberg, J. Chi, P.
Int J Equity Health, (2022). 21:111

Differences in epidemiology of enteropathogens in children pre- and post-rotavirus vaccine introduction in Kilifi, coastal Kenya.Agoti, C. N. Curran, M. D. Murunga, N. Ngari, M. Muthumbi, E. Lambisia, A. W. Frost, S. D. W. Blacklaws, B. A. Nokes, D. J. Drumright, L. N.
Gut Pathog, (2022). 14:32

Epidemiological impact and cost-effectiveness analysis of COVID-19 vaccination in Kenya.Orangi, S. Ojal, J. Brand, S. P. Orlendo, C. Kairu, A. Aziza, R. Ogero, M. Agweyu, A. Warimwe, G. M. Uyoga, S. Otieno, E. Ochola-Oyier, L. I. Agoti, C. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Ng'ang'a, W. Adetifa, I. M. Scott, J. A. G. Bejon, P. Keeling, M. J. Flasche, S. Nokes, D. J. Barasa, E.
BMJ Glob Health, (2022). 7:

BIRC6 modifies risk of invasive bacterial infection in Kenyan children.Gilchrist, J. J. Kariuki, S. N. Watson, J. A. Band, G. Uyoga, S. Ndila, C. M. Mturi, N. Mwarumba, S. Mohammed, S. Mosobo, M. Alasoo, K. Rockett, K. A. Mentzer, A. J. Kwiatkowski, D. P. Hill, A. V. S. Maitland, K. Scott, J. A. G. Williams, T. N.
Elife, (2022). 11:

Improving the diagnosis of severe malaria in African children using platelet counts and plasma PfHRP2 concentrations.Watson, J. A. Uyoga, S. Wanjiku, P. Makale, J. Nyutu, G. M. Mturi, N. George, E. C. Woodrow, C. J. Day, N. P. J. Bejon, P. Opoka, R. O. Dondorp, A. M. John, C. C. Maitland, K. Williams, T. N. White, N. J.
Sci Transl Med, (2022). 14:eabn5040

Phagocytosis of Plasmodium falciparum ring-stage parasites predicts protection against malaria.Musasia, F. K. Nkumama, I. N. Frank, R. Kipkemboi, V. Schneider, M. Mwai, K. Odera, D. O. Rosenkranz, M. Fürle, K. Kimani, D. Tuju, J. Njuguna, P. Hamaluba, M. Kapulu, M. C. Wardemann, H. Abdi, A. I. Abebe, Y. Bejon, P. Billingsley, P. F. Bull, P. C. de Laurent, Z. Hoffman, S. L. James, E. R. Kariuki, S. Kimathi, R. Kinyanjui, S. Kivisi, C. Makale, J. Marsh, K. Mohammed, K. S. Mosobo, M. Musembi, J. Musyoki, J. Muthui, M. Mwacharo, J. Ndungu, F. Ngoi, J. M. Ngoto, O. Ogutu, B. Olewe, F. Omuoyo, D. Ong’echa, J. Otieno, E. Shangala, J. Sim, B. K. L. Richie, T. L. Wambua, J. Williams, T. N. Osier, F. H. A.
Nature Communications, (2022). 13:4098

Sickle cell anaemia and severe Plasmodium falciparum malaria: a secondary analysis of the Transfusion and Treatment of African Children Trial (TRACT).Uyoga, S. Olupot-Olupot, P. Connon, R. Kiguli, S. Opoka, R. O. Alaroker, F. Muhindo, R. Macharia, A. W. Dondorp, A. M. Gibb, D. M. Walker, A. S. George, E. C. Maitland, K. Williams, T. N.
Lancet Child Adolesc Health, (2022). 6:606-613

Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Seychelles, 2020-2021.Morobe, J. M. Pool, B. Marie, L. Didon, D. Lambisia, A. W. Makori, T. Mohammed, K. S. de Laurent, Z. R. Ndwiga, L. Mburu, M. W. Moraa, E. Murunga, N. Musyoki, J. Mwacharo, J. Nyamako, L. Riako, D. Ephnatus, P. Gambo, F. Naimani, J. Namulondo, J. Tembo, S. Z. Ogendi, E. Balde, T. Dratibi, F. A. Yahaya, A. A. Gumede, N. Achilla, R. A. Borus, P. K. Wanjohi, D. W. Tessema, S. K. Mwangangi, J. Bejon, P. Nokes, D. J. Ochola-Oyier, L. I. Githinji, G. Biscornet, L. Agoti, C. N.
Viruses, (2022). 14:

Transmission networks of SARS-CoV-2 in Coastal Kenya during the first two waves: A retrospective genomic study.Agoti, C. N. Ochola-Oyier, L. I. Dellicour, S. Mohammed, K. S. Lambisia, A. W. de Laurent, Z. R. Morobe, J. M. Mburu, M. W. Omuoyo, D. O. Ongera, E. M. Ndwiga, L. Maitha, E. Kitole, B. Suleiman, T. Mwakinangu, M. Nyambu, J. K. Otieno, J. Salim, B. Musyoki, J. Murunga, N. Otieno, E. Kiiru, J. N. Kasera, K. Amoth, P. Mwangangi, M. Aman, R. Kinyanjui, S. Warimwe, G. Phan, M. Agweyu, A. Cotten, M. Barasa, E. Tsofa, B. Nokes, D. J. Bejon, P. Githinji, G.
Elife, (2022). 11:

The impact of malaria-protective red blood cell polymorphisms on parasite biomass in children with severe Plasmodium falciparum malaria.Uyoga, S. Watson, J. A. Wanjiku, P. Rop, J. C. Makale, J. Macharia, A. W. Kariuki, S. N. Nyutu, G. M. Shebe, M. Mosobo, M. Mturi, N. Rockett, K. A. Woodrow, C. J. Dondorp, A. M. Maitland, K. White, N. J. Williams, T. N.
Nat Commun, (2022). 13:3307

The erythrocyte membrane properties of beta thalassaemia heterozygotes and their consequences for Plasmodium falciparum invasion.Introini, V. Marin-Menendez, A. Nettesheim, G. Lin, Y. C. Kariuki, S. N. Smith, A. L. Jean, L. Brewin, J. N. Rees, D. C. Cicuta, P. Rayner, J. C. Penman, B. S.
Sci Rep, (2022). 12:8934

Global, regional, and national disease burden estimates of acute lower respiratory infections due to respiratory syncytial virus in children younger than 5 years in 2019: a systematic analysis.Li, Y. Wang, X. Blau, D. M. Caballero, M. T. Feikin, D. R. Gill, C. J. Madhi, S. A. Omer, S. B. Simoes, E. A. F. Campbell, H. Pariente, A. B. Bardach, D. Bassat, Q. Casalegno, J. S. Chakhunashvili, G. Crawford, N. Danilenko, D. Do, L. A. H. Echavarria, M. Gentile, A. Gordon, A. Heikkinen, T. Huang, Q. S. Jullien, S. Krishnan, A. Lopez, E. L. Markic, J. Mira-Iglesias, A. Moore, H. C. Moyes, J. Mwananyanda, L. Nokes, D. J. Noordeen, F. Obodai, E. Palani, N. Romero, C. Salimi, V. Satav, A. Seo, E. Shchomak, Z. Singleton, R. Stolyarov, K. Stoszek, S. K. von Gottberg, A. Wurzel, D. Yoshida, L. M. Yung, C. F. Zar, H. J. Respiratory Virus Global Epidemiology, Network Nair, H. Resceu investigators
Lancet, (2022). 399:2047-2064

Incidence of chikungunya virus infections among Kenyan children with neurological disease, 2014-2018: A cohort study.Nyamwaya, D. K. Otiende, M. Mwango, L. Kariuki, S. M. Otieno, B. Omuoyo, D. O. Githinji, G. Kitsao, B. S. Karanja, H. K. Gitonga, J. N. de Laurent, Z. R. Davies, A. Mwarumba, S. Agoti, C. N. Thumbi, S. M. Hamaluba, M. M. Newton, C. R. Bejon, P. Warimwe, G. M.
PLoS Med, (2022). 19:e1003994

Epidemiology of COVID-19 infections on routine polymerase chain reaction (PCR) and serology testing in Coastal Kenya.Nyagwange, J. Ndwiga, L. Muteru, K. Wamae, K. Tuju, J. Testing Team, C. Kutima, B. Gitonga, J. Karanja, H. Mugo, D. Kasera, K. Amoth, P. Murunga, N. Babu, L. Otieno, E. Githinji, G. Nokes, D. J. Tsofa, B. Orindi, B. Barasa, E. Warimwe, G. Agoti, C. N. Bejon, P. Ochola-Oyier, L. I.
Wellcome Open Res, (2022). 7:69